Právo účasti v tomto ročníku mělo 195 týmů z 53 členských zemí UEFA. Účastnická místa byla přidělena na základě ligového koeficientu UEFA, který hodnotil účast týmu v evropských šampionátech v letech 2005/06 – 2009/10:[4]
země z míst 1–6: 3 týmy
země z míst 7–9: 4 týmy
země z míst 10–51: 3 týmy (krom Lichtenštejnska – jeden tým)
Vítěz Evropské ligy 2010/11, Porto, měl zajištěný postup do skupinové fáze, ale díky vítězství v domácí lize byl zařazen do hry v Lize mistrů. Z toho důvodu vzniklo pro skupinovou fázi jedno neobsazené místo, vyřešeno následujícím způsobem:
Vítěz poháru zemí 16 a 17 (Skotsko a Bulharsko) přesunut do 4. předkola.
Vítěz poháru zemí 28 a 29 (Bělorusko a Irsko) přesunut do 3. předkola.
Vítěz poháru zemí 52 a 53 (Malta a San Marino), týmy z 2. místa ligy zemí 33 a 34 (Lotyšsko a Moldavie) přesunuti do 2. předkola.
Týmy soutěžící v této fázi
Týmy které postoupily z předchozí fáze
Týmy poražené v Lize mistrů
1. předkolo (54 týmy)
18 týmů z druhého místa v lize zemí 35–53 (krom Lichtenštejnska)
29 týmů z třetího místa v lize zemí 22–51 (krom Lichtenštejnska)
Situace v Irsku (IRL): Pátý tým irské ligy, St Patrick's Athletic FC, byl zařazen do 1. předkola protože Sporting Fingal, 4. tým ligy, kvůli finančním potižím nedostal domácí licenci.[8]
Situace v Kazachstánu (KAZ): Klub Lokomotiv Astana, vítěz poháru, existuje míň než 3 roky, a proto nemohl obdržet licenci UEFA. Proto byl FK Aktobe, druhý tým ligy, zařazen do 2. předkola a finalista poháru, Šachter Karagandy, do 1. předkola.[9]
Situace v Rumunsku (RUM): Klub FC Vaslui, 3. tým ligy, postoupil do 3. předkola nemistrovské části Ligy mistrů, namísto účastí v 4. předkole Evropské ligy, protože FC Temešvár, 2. tým ligy, nedostal domácí licenci na hru v sezóně 2011/12. Současně, Rapid Bucureşti a FC Dinamo București, týmy z 4. a 6. místa ligy, byly zařazené do 4. a 3. předkola EL, a Gaz Metan Mediaş, 7. tým ligy, byl zařazen do 2. předkola EL.[11]
Situace v Turecku (TUR): Fenerbahçe SK, mistr turecké Süper Lig 2010/11, byl 24. srpna 2011 obviněn Tureckou fotbalovou federací (TFA) obviněn z ovlivňování zápasů v rámci domácí ligy. UEFA následně zareagovala vyloučením klubu z Ligy mistrů UEFA 2011/12.[12] UEFA následně rozhodla, že Turecko neztratí svou pozici a klub původně nasazený až do základní skupiny nahradil Trabzonspor, vicemistr Süper Lig, který však již nastupoval v tomto ročníku LM a ve 3. předkole byl vyřazen portugalským týmem Sport Lisboa e Benfica. Trabzonspor, který měl nastoupit ve 4. předkole Evropské Ligy, tak své zápasy nesehrál a jeho původní soupeř Athletic Bilbao bez boje postoupil do základní skupiny EL.[13]
Pozn. 4: Opačné pořadí zápasů oproti původnímu v rozlosování.
Pozn. 5: Tým Olympiakos Volou byl zapleten ve své zemi do korupční aféry. 11. srpna 2011 disciplinární komise UEFA potrestala Volos vyřazením z evropských soutěží..[14] Na jeho místo nastoupíl lucemburký tým Differdange 03, který Volos vyřadil v 3. předkole.[15]
Pozn. 6: Trabzonspor byl přesunut do skupinové fáze Ligy mistrů kvůli korupční aféře a vyloučení z evropských soutěží týmu Fenerbahçe SK . Athletic postoupilo automatický do skupinové fáze Evropské ligy.[16]
Pozn. 7: Sion přešel ve čtvrtém předkole přes Celtic po remíze 0:0 ve Skotsku a následné domácí výhře 3:1. Disciplinární komise UEFA vyřadila ale švýcarský klub ze soutěže kvůli neoprávněnému startu pěti hráčů v kvalifikaci.[17]
V průběhu vyřazovací fáze soutěže hrál tým v každém kole proti jednomu soupeři dvojzápasovým systémem "doma-venku". Z tohoto souboje byl jeden vyřazen a druhý postoupil, díky čemuž již po 4. takto hraném kole zbyly pouze dva týmy. Ty pak utvořily finálovou dvojici a utkaly se na předem určeném (až 2 roky) neutrálním hřišti. Los šestnáctifinálových a osmifinálových dvojic proběhl 16. prosince 2011 od 13:00. Poté již následoval pouze jeden los, při kterém byl rozlosován zbytek soutěže. K tomu došlo po odehrání osmifinále, 16. března 2012.
Při losu šestnáctifinálových dvojic bylo 32 týmů rozděleno do dvou košů po šestnácti. Vítězové skupin byli v koši nasazených, kvalifikanti z druhých míst jako nenasazení. Týmy postupující ze třetích míst základních skupin Ligy mistrů byly seřazeny do žebříčku a nejlepší čtyři se přidali k nasazeným týmům a zbylí čtyři k nenasazeným. Do jedné dvojice nemohly být nalosovány dva kluby, které se již utkaly v základní skupině ani dva kluby z jedné země. Zároveň bylo nalosováno, na čím hřišti souboj začne (kromě šestnáctifinále, kde se začínalo na hřišti nenasazeného).
Při losu osmifinále a zbytku pavouku soutěže pak již kluby nebyly nijak nasazeny a mohl se utkat každý s každým včetně souboje klubů z jedné země.
↑ UEFA Cup to become UEFA Europa League. www.uefa.com. UEFA, 2008-03-28. Dostupné online [cit. 2008-03-28].Je zde použita šablona {{Cite news}} označená jako k „pouze dočasnému použití“.
↑ UEFA announces 2011 and 2012 final venues. www.uefa.com. UEFA, 2009-01-29. Dostupné online [cit. 2009-01-29].Je zde použita šablona {{Cite news}} označená jako k „pouze dočasnému použití“.
↑ UEFA.com. en.uefa.com [online]. [cit. 15-10-2010]. Dostupné v archivu pořízeném dne 23-07-2010.
↑Fulham handed Europa League place [online]. Premier League [cit. 2011-05-26]. Dostupné v archivu pořízeném dne 2011-08-30.Je zde použita šablona {{Cite web}} označená jako k „pouze dočasnému použití“.
↑ BK Häcken till Europa League. svenskfotboll.se [online]. [cit. 01-09-2011]. Dostupné v archivu pořízeném dne 12-11-2011.
↑ Archivovaná kopie. www.caravan.kz [online]. [cit. 2011-09-01]. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2015-09-23.
↑ EFA nesuteike "Žalgiriui" išimties del žaidimo Europos lygoje. www.lff.lt [online]. [cit. 2011-09-01]. Dostupné v archivu pořízeném z originálu dne 2011-06-01.
↑Timisoara si Bistrita nu au primit licenta si sunt retrogradate [online]. Onlinesport.ro [cit. 2011-05-31]. Dostupné v archivu pořízeném dne 29-05-2012. (Romanian)Je zde použita šablona {{Cite web}} označená jako k „pouze dočasnému použití“.
↑Fenerbahce withdrawn from Europe because of match-fix probe [online]. BBC, 24. srpna 2011 [cit. 2011-12-09]. Dostupné online. (anglicky)
↑Fenerbahçe replaced in UEFA Champions League [online]. UEFA.com [cit. 2011-12-09]. Dostupné online. (anglicky)
↑Fenerbahçe replaced in UEFA Champions League [online]. UEFA.com, August 24, 2011 [cit. 2011-08-24]. Dostupné online.Je zde použita šablona {{Cite web}} označená jako k „pouze dočasnému použití“.