První lyonský koncil
První lyonský koncil svolal papež Inocenc IV. a sešel se 24. června 1245 v Lyonu. Účastníků koncilu bylo méně, něž Inocenc očekával (asi 150). Koncilu se účastnili i latinští patriarchové Konstantinopole, Antiochie a Akvileje a několik evropských panovníků, včetně latinského císaře Balduina II.
Ústředním tématem koncilu bylo sesazení římského císaře a krále Fridricha II., jednalo se tak o vyvrcholení dlouhodobého boje mezi Friedrichem a papežstvím. Po druhé exkomunikaci císaře, kterou vyhlásil Řehoř IX. roku 1239, a po papežově smrti (1243) vsadil císař své naděje do volby nového papeže, jímž se stal Inocenc IV. Sesazení císaře však měl Inocenc v plánu nejpozději od svého překvapivého útěku z Říma 29. června 1244, kdy mu již na jednotě s císařem nezáleželo.
Tadeáš ze Sessy, dlouholetý důvěrník císařův a jeho zástupce na koncilu, využil první příležitosti, aby předložil Fridrichovu nabídku ke smíření. Inocenc odpověděl nedůvěrou a odmítnutím, neboť císař dříve své slovo neplnil a nesnažil se odvrátit rozsudek koncilu nad císařem. K Fridrichovi byl do Verony vyslán jako posel Walter z Ocre, aby se vrátil v císařově doprovodu nebo s jeho instrukcemi. Papež se snažil ostatní přesvědčit, že císař nebojuje ve skutečnosti s ním, ale s celou církví. Na papežovu stranu se postavilo Španělsko, na císařovu Anglie.
Na druhém zaedání byly představeny další body obžaloby: pronásledování církve na Sicílii, heretické věroučné názory císařovy a především jeho kontakty se saracénskými vladaři, jeho údajný poměr se saracénskou dívkou a nemorální způsob života. Dále bylo císaři vytčeno zatýkání prelátů, kteří se chystali odjet do Říma na koncil svolaný Řehořem IX. Tadeáš se pokoušel císaře hájit a docílil pouze toho, že Inocenc poskytl císaři možnost, aby se 17. července sám před koncilem hájil.
Mezitím si papež zajistil plnou podporu kardinálů pro Friedrichovo sesazení a pro znění buly, která měla Fridricha odsoudit. Zároveň nechal sepsat 91 listin, které císaři i králové vystavili ve prospěch římské církve, mezi nimi i 35 privilegií přímo od Friedricha. Ty posléze posloužily jako důkazní materiál proti Fridrichovi a krom toho měly upevnit mocenské postavení římské církve a její hegemonii nad evropskými panovníky, které se papežové snažili podložit naukově.
Aniž by koncil na Friedricha nebo jeho vyslance čekal, sešel se 17. července k závěrečnému zasedání. Inocenc nechal vyhlásit konstituce, na nichž se účastníci koncilu usnesli. Tadeáš ještě jednou vystoupil a zpochybňoval mnohá privilegia, avšak s ohledem na nevyhnutelnost sesazení císaře a předem je spojoval s důvody pro neplatnost rozhodnutí koncilu.
Inocenc odmítl Tadeášovy námitky s poznámkou, že má před sebou všeobecný koncil a ohlásil sesazení císaře a uzavřel koncil vydáním buly proti císaři. Koncil nařídil novou křížovou výpravu (sedmou) pod vedením francouzského krále Ludvíka proti Saracénům a Mongolům. Mezi další důležitá rozhodnutí patřily odvody dvacetiny z každého obročí po tři roky na podporu Svaté země a odvody poloviny příjmu obročí, jejichž tituláři v nich nesídlili alespoň šest měsíců v roce, ve prospěch Latinského císařství.