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Die Faxe Kondi Ligaen 1998/99 war die neunte Spielzeit der höchsten Spielklasse im dänischen Fußball, welche vom dänischen Fußballverband DBU ausgetragen wurde. Die Saison begann am 26. Juli 1998 und endete am 16. Juni 1999. Titelverteidiger war Brøndby IF.
Die zwölf Mannschaften traten in je drei Runden gegeneinander an, sodass 33 Spieltage zu absolvieren waren. Die Teams, die nach 22 Spielen die ersten sechs Plätze belegten hatten insgesamt 17 Heimspiele, die Teams auf den unteren sechs Plätzen insgesamt 16 Heimspiele. Die beiden Letzten stiegen direkt ab.