Le Tour de Burgos 2012 était composé de cinq étapes. Les coureurs ont parcouru un total de 775 kilomètres dans la province de Burgos. La course a débuté à Miranda de Ebro et a pris fin, comme chaque année, aux lacs de Neila dont l'ascension fait figure de juge de paix de l'épreuve avec des secteurs à près de 17 % de pente.
La première étape est accidentée et présente une arrivée en côte de catégorie 3 à Ojo Guareña(es). La seconde est un circuit autour de Burgos parcouru à trois reprises comportant l'ascension de l'Alto del Castillo (montée de troisième catégorie) au sommet duquel est jugée l'arrivée de l'étape. Les coureurs sont partis ensuite de Santo Domingo de Silos pour rejoindre Lerma dans une troisième étape, elle aussi, vallonnée avec trois ascensions de troisième catégorie. Toutefois la dernière difficulté, l'Alto de Majadal, est positionnée à 25 kilomètres de l'arrivée. La quatrième étape est longue de 170 kilomètres mais aucune côte n'y est répertoriée.
La dernière étape est l'étape reine de ce tour. En effet, elle comporte sept ascensions : trois de 2e catégorie, une de 1re, une de 3e et l'ascension finale hors-catégorie.
Les leaders de l'équipe Rabobank, Robert Gesink et Bauke Mollema contraints d'abandonner le Tour de France 2012 font figure de prétendants à la victoire finale au même titre que Joaquim Rodríguez et Daniel Moreno (Katusha), respectivement premier et second de l'édition précédente[1]. Les équipes espagnoles Movistar et Euskaltel-Euskadi inscrivent, elles aussi, des coureurs déjà en vue en 2011 : David Lopez (6e) et David Arroyo (11e) pour la Movistar, Igor Antón (8e) et Mikel Landa (meilleur grimpeur de l'épreuve[2] et vainqueur de la dernière étape) pour l'équipe Euskaltel-Euskadi.
Aitor Galdos passe en tête des trois sprints volants tandis que Maciej Paterski est le premier au sommet de l'Alto de Bocos (col de 3e catégorie et première des trois difficultés de l'étape). L'échappée est peu à peu réduite à 11 éléments et au sommet de la deuxième difficulté du jour, Jonathan Monsalve passe en tête devant le polonais de la Liquigas[6].
À 20 kilomètres de l'arrivée, Ángel Madrazo est le premier à déclencher les hostilités[5] dans l'échappée mais il est rapidement repris, alors qu'une chute a lieu à l'arrière du peloton (Alessandro Vanotti de la Liquigas, Francisco Moreno et Antonio Santoro de l'équipe Androni Giocattoli-Venezuela). À la suite d'une attaque du Canadien Christian Meier, c'est Ian Stannard qui réussit le premier à faire un véritable écart[7]. Il prend ainsi jusqu'à 45 secondes (à 5 kilomètres de l'arrivée) sur le peloton qui rattrape en fin de compte les rescapés de l'échappée[5].
À la suite de l'attaque d'Alberto Losada, coéquipier de Joaquim Rodriguez et Daniel Moreno, le peloton accélère fortement et revient sur Ian Stannard dans l'ascension finale. Daniel Moreno remporte de justesse ce sprint en côte devant Sergio Henao et Matti Breschel (Rabobank). Daniel Moreno gagne donc pour la deuxième année consécutive sur le Tour de Burgos et portera le maillot violet de leader lors de la deuxième étape.