Een berucht incident is het conflict tussen Bernard van Clairvaux en één van de andere grote geesten van zijn tijd: [[Petrus Abaelardus|Pierre Abélard]]. Bernard kon als [[Mystiek|mysticus]] moeilijk verteren dat er vanaf het einde van de 11e eeuw op de scholen van [[filosofie|filosofische]] en [[theologie|theologische]] opleidingsscholen (er waren nog geen universiteiten) enige tijd een geest van onafhankelijkheid heerste. Dit leidde tot de verheerlijking van de menselijke rede en het rationalisme. Deze beweging vond een vurig en krachtig pleitbezorger in de persoon van Pierre Abélard. Diens verhandeling over de [[Drie-eenheid]] werd in 1121 veroordeeld, omdat hetze teveelte veel met behulp van de ratio de basisbeginselen van het [[christendom|christelijk]] geloof probeerde te benaderen. Abélard werd gedwongen zijn eigen boek tijdens een boekverbranding in het vuur te gooien. In 1139 bepleitte hij opnieuw denkbeelden die in tegenspraak waren met die van Rome. Bernard van Clairvaux, hiervan op de hoogte gesteld door [[Willem van Sint-Thierry]], sprak Abélard hier streng op aan. Toen deze hem vervolgens op beledigende wijze van repliek diende, kaartte Bernard deze zaak bij de paus aan, die vervolgens in 1141 in [[Sens]] een [[concilie]] belegde om deze zaak uit de wereld te helpen. Tijdens dit concilie vroeg Abélard om een openbaar debat met zijn tegenstander. Bernard bepleitte de zaak van Rome echter met een zo uitmuntende helderheid en met zulk een logische kracht, dat zijn opposant ervan afzag hem van repliek te dienen. Abélard werd veroordeeld en werd gedwongen zich uit het openbare leven terug te trekken. De paus bevestigde deze uitspraak van het concilie van Sens. Abélard legde zich hier zonder verzet bij neer. Hij vestigde zich onder abt [[Petrus Venerabilis]] als monnik in Cluny, waar hij twee jaar later stierf. <ref name="autogenerated2" />
Op deze theorieën is het personage 'Bernard van Clairvaux' gebaseerd dat terugkomt in het boek ''Het Bruidsbed'' van Mireille Calmel.
