In het najaar van 1999 werden door de voetbalclubs Sportclub Kotten, VV Ratum en SV Fortuna Winterswijk de eerste gesprekken gevoerd voor een mogelijke fusie. De aanleiding van een eventuele fusie was voornamelijk het teruglopende ledenaantal. Ook waren de sportcomplexen in oude staat en wilde de gemeente Winterswijk het aantal voetbalclubs in de gemeente terugdringen. Er speelden op dat moment namelijk liefs negen clubs in en rondom de gemeente. De gesprekken leidden uiteindelijk tot een eerste intentieverklaring tot een fusie in december 1999.
Op 30 januari 2001 stemden de leden van de drie verenigingen op afzonderlijke ledenvergaderingen in met een fusie. Een jaar later (6 januari 2002 werd de eerste nieuwjaarsreceptie georganiseerd. Op deze vergadering werden de clubkleuren en de naam van de nieuwe voetbalvereniging gekozen. De clubkleur werd blauw en tot nieuwe naam werd gekozen voor ’’FC Trias’’. In dit geval staat 'FC' niet voor Football Club maar voor Fusie Club.
Op 22 april werd de uiteindelijke oprichtingsvergadering gehouden. De officiële oprichting van de nieuwe voetbalvereniging werd daardoor op 1 juli 2002 een feit.
FC Trias speelde zijn wedstrijden op twee accommodaties: Sportcomplex Zwanenberg (gelegen in Winterswijk) en Sportcomplex Kotten (gelegen in Kotten, een buurtschap van Winterswijk). Eerstgenoemde complex werd voor de fusie gebruikt door SV Fortuna Winterswijk en Sportcomplex Kotten door Sportclub Kotten. Beide complexen waren oud en FC Trias begon al snel met het bouwen van een nieuwe complex. Na vijf jaar werd het nieuwe sportcomplex ’’t Huitinkveld’’ in gebruik genomen, deze accommodatie kent twee kunstgrasvelden (waaronder het hoofdveld), twee echte grasvelden, een klein kunstgrasveld (voor de F- en E-pupillen) en een warmloopveld. In 2012 begon FC Trias met het uitbreiden van het complex. Er kwam één voetbalveld bij en ook de plaatselijke honkbalvereniging voegde zich toe aan het complex aangezien de Winterswijkse Boys, WVC en SKVW zich samenvoegden tot één vereniging: FC Winterswijk. Zij zullen wedstrijden gaan spelen op een vernieuwd complex waar tot de vernieuwing ook de honkbalclub gevestigd was.
De senioren spelen zondagvoetbal. De jeugd kan bij FC Trias beginnen vanaf het zesde levensjaar. De club kent alleen veldvoetbal. De club kent ook meiden- en vrouwenvoetbal.
Het eerste elftal van de club behaalde in het seizoen 2009/10 het kampioenschap in de Vierde klasse, met als gevolg dat het eerste elftal vanaf 2010 zijn wedstrijden speelde in de Derde klasse. Hierin handhaafde de club zich, met als hoogtepunt de uitwedstrijd tegen aartsrivaal WVC waarin na een 3-0-achterstand bij rust werd gewonnen met 3-4 . Eerder in het seizoen eindigde deze ontmoeting in 2-2. In seizoen 2011/12 werd het hoogtepunt al op de eerste speeldag behaald. De uiteindelijke kampioen WVC werd met 5-0 verslagen.
Het seizoen 2012/13 liep uit in een mineur voor de Winterswijkers. FC Trias eindigde als voorlaatste, waardoor het team degradeerde naar de Vierde klasse. In het daaropvolgende seizoen was de club een middenmoter. In 2015 werd FC Trias kampioen en promoveerde ze terug naar de Derde klasse. Het daaropvolgende seizoen eindigde de club in de middenmoot.
