Ao pepi e a bibi tem a origem dos ninjas é obscura e difícil de determinar, mas presume-se que foi por volta do [[século XIV]].<ref>Crowdy, Terry ([[2006]]), O inimigo interno: uma história de espionagem, Osprey Publishing, ISBN 978-1841769332</ref> No entanto, os antecedentes dos ninjas podem ter existido tão cedo quanto o [[Heian]] e no início da [[era]] [[Kamakura]]. Existem poucos registros escritos para detalhar as atividades do ninja. A palavra jounin não existia para descrever um ninja como agente até o [[século XV]], e é improvável que os [[espiões]] e [[mercenário]]s antes dessa época fossem vistos como um grupo especializado. Na agitação do [[período Sengoku]] (séculos XV - [[século XVII|XVII]]), mercenários e espiões contratados surgiram das regiões de [[Iga]] e [[Koga]] no Japão, e é a partir desses [[clã]]s que muito do conhecimento posterior sobre os ninjas é inferido. Após a unificação do [[Japão]] sob o [[xogunato Tokugawa]], os ninjas caíram novamente no esquecimento. No entanto, nos séculos XVII e [[século XVIII|XVIII]], manuais como o [[Bansenshukai]] ([[1676]]), muitas vezes centrados em torno da [[filosofia]] [[militar]] da [[China]], apareceram em número significativo. Estes escritos revelaram uma variedade de filosofias, [[crença]]s [[Religião|religiosas]], a sua aplicação na guerra, bem como as técnicas de espionagem que formam a base da arte ninja. A palavra [[Ninjutsu]] mais tarde viria a descrever uma grande variedade de práticas relacionadas com os ninja.
A natureza misteriosa dos ninjas capturou a [[imaginação]] popular no Japão, e depois o resto do mundo. Ninja são figuras proeminentes no [[folclore]] e [[lenda]]s, e como resultado muitas vezes é difícil separar [[fato]] [[histórico]] e [[mito]]. Algumas habilidades lendárias incluem [[invisibilidade]], andar sobre a [[água]], e controle sobre os elementos naturais. O ninja também é prevalente em cultura popular, aparecendo em várias formas de [[mídia]]s de entretenimento.