A árvore filogenética que se segue estabelece a relação do reino Fungi e sua estreita relação com outros organismos, com base no trabalho de Philippe Silar[4] e na obra The Mycota: A Comprehensive Treatise on Fungi as Experimental Systems for Basic and Applied Research.[5][6] The holomycota tree is following Tedersoo et al.[7][8][9] A estrutura filogenética do clado Holomycota é a seguinte:
↑LIU, Y.; STEENKAMP, E.T.; BRINKMANN, H.; FORGET, L.; PHILIPPE, H.; LANG, B.F. (2009). «Phylogenomic analyses predict sistergroup relationship of nucleariids and Fungi and paraphyly of zygomycetes with significant support». BMC Evolutionary Biology. 9: 272e. PMID19939264. doi:10.1186/1471-2148-9-272 !CS1 manut: Nomes múltiplos: lista de autores (link)
↑STEENKAMP, E.T.; WRIGHT, J.; BALDAUF, S.L. (2006). «The Protistan Origins of Animals and Fungi». Molecular Biology and Evolution. 23 (1): 93–106. PMID16151185. doi:10.1093/molbev/msj011 !CS1 manut: Nomes múltiplos: lista de autores (link)
↑SHALCHIAN-TABRIZI, K.; MINGE, M.A.; ESPELUND, M.; ORR, R.; RUDEN, T.; JAKOBSEN, K.S.; CAVALIER-SMITH, T. (2008). «Multigene phylogeny of choanozoa and the origin of animals». PLoS ONE. 3 (5): e2098. PMID18461162. doi:10.1371/journal.pone.0002098 !CS1 manut: Nomes múltiplos: lista de autores (link)