Avec Toro Rosso, Dietrich Mateschitz, le patron de Red Bull, devient le premier homme à diriger deux équipes de F1 courant simultanément. Après une bonne vingtaine d'années de présence en Formule 1, l'équipe Minardi disparaît. Elle est rachetée pour 35 millions de dollars et rebaptisée Toro Rosso afin de garder son identité italienne.

Cependant, Mateschitz ne garde que quelques mois le plein contrôle de cette équipe. Début 2006, avant même le début de la saison, il vend 50% de ses parts à l'ancien pilote autrichien Gerhard Berger, qui devient ainsi copropriétaire. De son côté, Franz Tost est nommé directeur sportif.

Deux équipes de F1 en même temps, c'est l'idéal pour donner un volant de titulaire aux deux pilotes remplaçants Vitantonio Liuzzi, qui a assuré un court intérim en 2005 à la place de Christian Klien chez Red Bull, et l'américain Scott Speed dont le rôle était alors limité aux essais du vendredi. La monoplace, la STR01, une simple évolution de la Red Bull de 2005, est loin d'être compétitive. D'autant plus qu'elle est équipée d'un moteur Cosworth V10 bridé pour ne pas concurrencer les autres monoplaces équipées de V8.

Bref, il n'a pas grand-chose à attendre de cette saison, mais les deux pilotes donnent leur maximum pour rentrer dans les points. En Australie, Speed termine huitième avant qu'une pénalité ne le relègue à la neuvième place. C'est Tonio Liuzzi qui offre le premier point de son équipe lors de la course américaine...mais en finissant avant-dernier ! Mais outre ces deux exceptions, le reste de la saison voient les monoplaces reléguées bien loin des vainqueurs, surtout en fin d'année où le manque de développement de la monoplace se fait cruellement ressentir.

La saison 2007 s'annonce meilleure pour Toro Rosso. L'équipe bénéficie en effet de la même monoplace que Red Bull (la RB3 renommée STR02) et surtout d'un moteur V8 Ferrari. Côté pilotes, Liuzzi et Speed sont confirmés, même si Berger aurait préféré engager Sébastien Bourdais, mais ce dernier avait un contrat en ChampCar pour cette saison.

Malheureusement, la saison sera décevante. La monoplace ne se montre pas à la hauteur des espoirs placés en elle. Pour ne rien arranger, Liuzzi et surtout Speed ne vont guère se montrer. Après un Grand Prix d'Europe cauchemardesque qui a vu les deux pilotes sortir au même endroit sous la pluie, ils sont sérieusement pris à partie par leurs patrons dans les stands. Franz Tost va même jusqu'à frapper Scott Speed, qui est débarqué à l'issue de cette course. Il est remplacé par le jeune espoir allemand Sebastian Vettel, transfuge de chez BMW. Peu de temps après, on annonce le remplacement de Liuzzi par Bourdais pour la prochaine saison.

Lors du Grand Prix du Japon, sous le déluge, Vettel va faire des merveilles. L'Allemand va ainsi se hisser en haut de peloton et même mener un temps la course avant s'accrocher avec. Une semaine plus tard à Shanghai, toujours sous la pluie, l'écurie est enfin récompensée de ses efforts : Vettel finit quatrième et Liuzzi sixième. Ces huit points, les seuls de la saison, offrent à l'équipe la septième place au classement constructeur.

En 2008, Toro Rosso refait confiance au jeune allemand Sébastien Vettel et engage Sébastien Bourdais, le quadruple champion de Champ Car . Débutant la saison avec une évolution du modèle de 2007, Toro Rosso ne brille pas directement. Bourdais réussit tout de même à marquer les esprits dès le Grand Prix d'Australie, grand prix chaotique, en occupant la quatrième place et résistant sans rougir à la McLaren de Kovalainen et la Renault d'Alonso pendant une poignée de tours avant d'abandonner avec un problème de transmission. Cependant, le nombre d'abandons étant important, il marque deux précieux points pour son premier Grand Prix. Mais pour les Grands Prix suivants, la Toro Rosso fera moins d'étincelle, et est souvent reléguée en fond de grille et en fin de classement.

A Monaco apparaît alors enfin la tant attendue STR3 et Vettel termine la course à une brillante cinquième place, bien aidé par les conditions climatiques. C'est en trombe que l'écurie finit la saison, récoltant des points à chaque course. L'apothéose aura lieu à Monza, où Vettel signe sous une pluie battante la première pole de l'écurie, avant de signer le lendemain la première victoire de Toro Rosso ! Toro Rosso se classe sixième au championnat et se paie même le luxe d'être classé devant l'écurie Red Bull Racing.

Vettel parti rejoindre l'écurie-mère Red Bull, c'est le pilote suisse Sébastien Buemi qui a est choisi pour le remplacer au côté de Bourdais. Quant à Gerhard Berger, il quitte l'équipe et revend ses parts à Red Bull. La saison commence très bien pour la petite écurie italienne. Buemi marque ses premiers points à Melbourne profitant de l'accrochage entre Vettel et Kubica dans les derniers tours. Bourdais en profite également et finit huitième, juste derrière son coéquipier. Malgré ce bon résultat, Toro Rosso ne brillera pas autant que l'année passée.

Buemi obtient tout de même une belle huitième place sous la pluie en Chine. Bourdais fait de même à Monaco. Mais le Français ne parvient pas à élever son niveau et est souvent battu en qualifications par son coéquipier. Par conséquent, les rumeurs s'intensifient sur son futur départ. Le Grand Prix d'Allemagne sera la course de trop et Bourdais est remercié au soir de l'épreuve après un nouveau problème mécanique. Il est remplacé par le très (trop ?) inexpérimenté Jaime Alguersuari qui devient le pilote le plus jeune de l'histoire de la Formule 1 à participer à un Grand Prix. Quelques points viendront s'ajouter au compteur de Toro Rosso grâce à Buemi qui obtient la septième place au Brésil puis la huitième à Abu Dhabi. Alguersuari enchaine de son côté les abandons dont une violente sortie de piste au Japon dont il en sortira indemne.

Toro Rosso finit la saison 2009 à la dixième et dernière place au championnat constructeur avec huit maigres points soit près de trois fois moins qu'en 2008.

En 2010, une nouvelle réglementation oblige Toro Rosso à construire son propre châssis. Pour cela Franz Tost investit dans une nouvelle soufflerie et constitue des bureaux d'étude, faisant enfin de Toro Rosso une équipe à part entière. Ce qui n'empêche pas la nouvelle STR5 de ressembler beaucoup à la Red Bull RB6. Côté pilotes, Buemi et Alguersuari sont reconduits.

Les performances sont une nouvelle fois en demi-teintes. Tandis que Red Bull domine désormais la Formule 1 avec son écurie mère, la petite Scuderia reste engluée en milieu de peloton. La huitième place de Buemi au Canada est le meilleur résultat de la saison. Le Suisse est par ailleurs assez décevant et se fait sérieusement malmené par Alguersuari. Le jeune Espagnol, étonnamment solide et compétitif, prend de plus en plus d'assurance, et est même en fin de saison le vrai leader de l'équipe. Finalement Toro Rosso finit de nouveau dernière classée, avec seulement treize points.

Sébastien Buemi et Jaime Alguersuari sont reconduit pour la saison 2011. Toro Rosso commence la saison avec une huitième place pour Buemi lors du Grand Prix d'Australie. Tout au long de la saison, l'équipe continue de marquer des points à plusieurs reprises, bien que des moments de contre-performance aient également été présents. Parmi les moments marquants, le Grand Prix du Canada, où Alguersuari a terminé huitième, signant la meilleure performance de l'équipe lors des sept premières courses. Le pilote espagnol fera mieux lors du Grand Prix d'Italie, où il termine septième. Lors du Grand Prix de Corée, les deux pilotes terminent dans les points.

À l'issue de la saison, Toro Rosso se classe huitième au championnat du monde des constructeurs avec 41 points.

La saison 2012 marque un changement pour Toro Rosso, car l'équipe remplace ses deux pilotes par Daniel Ricciardo et Jean-Éric Vergne. La saison de Toro Rosso en 2012 est moyenne en termes de performances. L'équipe a commencé avec des résultats mitigés et a continué à connaître des hauts et des bas tout au long de la saison. La meilleure performance de l'équipe est réalisée lors du Grand Prix de Belgique, où Vergne a terminé en huitième position. Ricciardo a réussi à se qualifier dans le top 10 à plusieurs reprises, signe de la compétitivité de la STR. Ricciardo a terminé la saison avec un total de 10 points, tandis que Vergne en a récolté 16.

Au championnat du monde des constructeurs, Toro Rosso a terminé à la neuvième place avec un total de 26 points, un résultat qui a marqué une certaine régression par rapport à la saison précédente.

Pour la saison 2013, Toro Rosso conserve sa paire de pilotes de l'année précédente. Dans l'ensemble, les performances de l'équipe ont été similaires à celles de la saison précédente, avec des petits points marqués de manière assez régulière. Parmi les moments forts de la saison, mentionnons le Grand Prix du Canada, où Vergne termine sixième, soit le meilleur résultat de la saison pour l'équipe.

À la fin de la saison, Toro Rosso se classe huitième au championnat du monde des constructeurs avec 33 points.

Pour 2014, Daniil Kvyat remplace Daniel Ricciardo qui a été promu chez Red Bull Racing et Jean-Éric Vergne entame une troisième saison avec l'écurie qui cette année sera motorisée par Renault.

Les performances de l'équipe ont été plutôt mitigées tout au long de la saison, mais avec quelques points d'éclairage. Kvyat s'est particulièrement distingué lors de ses débuts, devenant le plus jeune pilote à marquer des points avec une neuvième place lors de la course d'ouverture en Australie. En revanche, l'équipe a eu du mal à maintenir une fiabilité constante tout au long de la saison, avec plusieurs abandons dus à des problèmes mécaniques. Toro Rosso termine la saison à la septième place au championnat.

Pour la saison 2015, Toro Rosso engage un nouveau duo de pilotes (tous deux débutants) avec Max Verstappen et Carlos Sainz Jr. pour piloter la Toro Rosso STR10 Renault. Les deux pilotes se sont tous deux illustrés tout au long de la saison avec des performances impressionnantes. Verstappen, en particulier, devient (une année après Daniil Kvyat) le plus jeune pilote à marquer des points lorsqu'il a terminé à la septième position lors de son deuxième Grand Prix en Malaisie.

Le meilleur résultat de l'équipe pour la saison est survenu au Grand Prix de Hongrie, où Verstappen termine quatrième. La paire de pilotes de Toro Rosso a souvent impressionné avec leur capacité à se battre avec les équipes mieux équipées du milieu de grille, malgré les problèmes de fiabilité du moteur de la voiture. Toro Rosso termine de nouveau la saison à la septième place du championnat des constructeurs.

En 2016 Toro Rosso conserve son duo de pilotes mais la STR11 va être de nouveau motorisé par Ferrari. Cependant, en Espagne, lors de la cinquième manche du championnat, Max Verstappen et Daniil Kvyat échangent leur baquet. Cela a créé une nouvelle dynamique au sein de l'équipe, avec Sainz et Kvyat essayant tous deux de prouver leur valeur. Sainz s'est distingué en particulier, terminant huit fois dans les points lors des onze premières courses. Kvyat a eu du mal à s'adapter à son retour chez Toro Rosso au début, mais a réussi à marquer des points lors de plusieurs courses lors de la seconde moitié de la saison.

Finalement, Toro Rosso termine encore la saison au septième rang du classement des constructeurs.

Pour la saison 2017, la Toro Rosso rechange de moteur pour être de nouveau propulsé par un moteur Renault. Toutefois, la dynamique de l'équipe a été bouleversée au milieu de la saison. Après le Grand Prix de Singapour, Sainz a été prêté à l'équipe Renault pour remplacer Jolyon Palmer et l'Espagnol est remplacé par Pierre Gasly, un membre du programme de jeunes pilotes Red Bull. Kvyat a également connu des problèmes, ayant été remplacé par Gasly pour les Grands Prix de Malaisie et du Japon en raison de performances jugées insuffisantes. Il est revenu pour le Grand Prix des États-Unis, mais a été définitivement remplacé par Brendon Hartley pour les trois dernières courses de la saison.

Malgré ces défis, l'équipe a réussi à obtenir des résultats respectables tout au long de la saison. Le meilleur résultat de l'équipe a été la quatrième place obtenue par Sainz lors du Grand Prix de Singapour. Pour la quatrième année consécutive, Toro Rosso termine la saison à la septième place du championnat.

En 2018, Toro Rosso commence la saison avec un tout nouveau duo de pilotes : Pierre Gasly et Brendon Hartley, pilotant la Toro Rosso STR13, équipée d'un moteur Honda. Gasly s'est particulièrement distingué tout au long de l'année. Son meilleur résultat a été une impressionnante quatrième place lors du Grand Prix de Bahreïn. Hartley a eu une saison plus difficile, il ne rentre dans les points qu'à trois reprises. L'équipe a rencontré des défis d'ordre technique, avec des problèmes de fiabilité du moteur qui ont entraîné des pénalités et ont nui à la performance de l'équipe au championnat.

De ce fait, Toro Rosso ne se classe que neuvième du championnat avec un total de 33 points. À la fin de la saison, Pierre Gasly est promu chez Red Bull Racing pour la saison 2019.

En 2019, pour remplacer Pierre Gasly, l'écurie engage Alexander Albon, mais a effectué un changement en milieu de saison. Albon a été promu à l'équipe Red Bull Racing pour remplacer Pierre Gasly, qui a été rétrogradé à Toro Rosso.

Lors du Grand Prix d'Allemagne, dans des conditions météorologiques imprévisibles, Daniil Kvyat a réussi à finir sur le podium à la troisième place. C'était la première fois que Toro Rosso se retrouvait sur le podium depuis 2008. Le moment le plus marquant de la saison a sans doute été la deuxième place de Pierre Gasly lors du Grand Prix du Brésil, démontrant sa vitesse et ses talents.

La saison 2019 a donc été une année significative pour Toro Rosso, avec deux podiums. L'écurie termine la saison à la sixième place du championnat constructeur. Ils ont obtenu ce résultat grâce à des performances constantes tout au long de la saison, notamment par de solides résultats en milieu de saison.

Pour la saison 2020, la scuderia de Faenza change d'identité: Toro Rosso cède la place à AlphaTauri, du nom d'une ligne de vêtements créée par Red Bull.