真菌分类表

真菌界（学名：Fungi，单数为Fungus，复数可为Fungi或Funguses[3]）又称菌物界，是真核生物中的一大类群，包含酵母、霉菌之类的微生物以及为人熟知的菇类。真菌自成一界，独立于植物、动物和其他真核生物。

子囊菌门 （Ascomycota）

• Neolectomycetes
  • Neolectales
• Pneumocystidomycetes
  • Pneumocystidales
• Schizosaccharomycetes
  • Schizosaccharomycetales
  • 环境样本
• Taphrinomycetes
  • Taphrinales
• Archaeorhizomycetes
  • Archaeorhizomycetales
  • 环境样本
• Arthoniomycetes
  • Arthoniales
  • Lichenostigmatales
  • 目未定
• Dothideomycetes
  • Capnodiales
  • Dothideales
  • Myriangiales
  • Jahnulales
  • Mytilinidiales
  • Pleosporales
  • Botryosphaeriales
  • Microthyriales
  • Patellariales
  • Trypetheliales
  • 目未定及环境、菌根样本
• Eurotiomycetes
  • Chaetothyriales
  • Pyrenulales
  • Verrucariales
  • Coryneliales
  • Arachnomycetales
  • Ascosphaerales
  • Eurotiales
  • Onygenales
  • Mycocaliciales
  • 目未定及环境样本
• Geoglossomycetes
  • Geoglossales
  • 目未定
• Laboulbeniomycetes
  • Laboulbeniales
  • Pyxidiophorales
  • 目未定及环境样本
• Lecanoromycetes
  • Acarosporales
  • Lecanorales
  • Lecideales
  • Peltigerales
  • Teloschistales
  • Agyriales
  • Baeomycetales
  • Ostropales
  • Rhizocarpales
  • Pertusariales
  • Candelariales
  • Umbilicariales
  • 目未定及环境样本
• Leotiomycetes
  • Cyttariales
  • Erysiphales
  • Helotiales
  • Leotiales
  • Rhytismatales
  • Thelebolales
  • Medeolariales
  • 目未定及环境、菌根样本
• Lichinomycetes
  • Eremothallales
  • Lichinales
• Orbiliomycetes
  • Orbiliales
• Pezizomycetes
  • Pezizales
  • 目未定
• Pneumocystidomycetes
  • Pneumocystidales
• Sordariomycetes
  • Coronophorales
  • Hypocreales
  • Melanosporales
  • Microascales
  • Boliniales
  • Calosphaeriales
  • Chaetosphaeriales
  • Coniochaetales
  • Diaporthales
  • Ophiostomatales
  • Sordariales
  • Lulworthiales
  • Xylariales
  • Phyllachorales
  • Trichosphaeriales
  • 目未定及环境、菌根样本
• Saccharomycetes
  • Saccharomycetales
• 纲未定及环境、菌根样本

担子菌门 (Basidiomycota)

• Tremellomycetes
  • Cystofilobasidiales
  • Filobasidiales
  • Tremellales
  • Holtermanniales
  • 目未定
• Dacrymycetes
  • Dacrymycetales
• Agaricomycetes
  • Agaricales
  • Atheliales
  • Boletales
  • †Prototaxales
  • Amylocorticiales
  • Jaapiales
  • Lepidostromatales
  • Geastrales
  • Gomphales
  • Hysterangiales
  • Phallales
  • Auriculariales
  • Cantharellales
  • Corticiales
  • Gloeophyllales
  • Hymenochaetales
  • Polyporales
  • Russulales
  • Sebacinales
  • Thelephorales
  • Trechisporales
  • 目未定及环境样本
• Agaricostilbomycetes
  • Agaricostilbales
  • Spiculostilbales
  • 目未定及环境样本
• Atractiellomycetes
  • Atractiellales
• Classiculomycetes
  • Classiculales
• Cryptomycocolacomycetes
  • Cryptomycocolacales
• Cystobasidiomycetes
  • Cystobasidiales
  • Erythrobasidiales
  • Naohideales
  • 目未定
• Microbotryomycetes
  • Heterogastridiales
  • Kriegeriales
  • Leucosporidiales
  • Microbotryales
  • Sporidiobolales
  • 目未定及环境样本
• Mixiomycetes
  • Mixiales
• Pucciniomycetes
  • Helicobasidiales
  • Pachnocybales
  • Platygloeales
  • Pucciniales
  • Septobasidiales
  • 目未定及环境样本
• Entorrhizomycetes
  • Entorrhizales
• Ustilaginomycetes
  • Urocystales
  • Ustilaginales
  • 目未定及环境样本
• Exobasidiomycetes
  • Ceraceosorales
  • Doassansiales
  • Entylomatales
  • Exobasidiales
  • Georgefischeriales
  • Microstromatales
  • Tilletiales
  • Malasseziales
  • 目未定及环境样本
• Wallemiomycetes
  • Wallemiales
  • Geminibasidiales
  • 目未定
• 纲未定及环境、菌根样本

芽枝霉门(Blastocladiomycota)

• Blastocladiomycetes
  • Blastocladiales
  • 目未定
• 环境样本

壶菌门(Chytridiomycota)

• Chytridiomycetes
  • Chytridiales
  • Cladochytriales
  • Lobulomycetales
  • Polychytriales
  • Rhizophlyctidales
  • Rhizophydiales
  • Spizellomycetales
  • 目未定
• Monoblepharidomycetes
  • Monoblepharidales
• 纲未定及环境样本

球囊菌门 (Glomeromycota)

• Glomeromycetes
  • Archaeosporales
  • Diversisporales
  • Glomerales
  • Paraglomerales
  • 目未定及环境样本
• 纲未定及环境样本

微孢子虫门（Microsporidia）

• Minisporea
  • Minisporida
• Microsporea
  • Microsporida
• Metchnikovellea
  • Metchnikovellida
• 纲未定及环境样本

新美鞭菌门（Neocallimastigomycota）

• Neocallimastigomycetes
  • Neocallimastigales
• 纲未定及环境样本

接合菌门 (Zygomycota)

• Zygomycetes
  • Endogonales
  • Mucorales
  • Mortierellales
  • Asellariales
  • Kickxellales
  • Dimargaritales
  • Harpellales
  • Entomophthorales
  • Zoopagales
  • 目未定

门未定及环境、菌根样本

• 其余的真菌种类（包括早期真菌种类及混合DNA片段）