FAM181A

FAM181A
Identifikatori
Aliasi	FAM181A
Vanjski ID-jevi	MGI: 3647570 HomoloGene: 34701 GeneCards: FAM181A
Lokacija gena (čovjek)
Hrom.	Hromosom 14 (čovjek)
Kraj	93,929,608 bp
Lokacija gena (miš)
Hrom.	Hromosom 12 (miš)
Kraj	103,283,324 bp
Ortolozi
	90050
	100504156
	ENSG00000140067; ENSG00000273533
	ENSMUSG00000096753
	Q8N9Y4
	n/a
	NM_001207071; NM_001207072; NM_001207073; NM_001207074; NM_138344
	NM_001195726
	NP_001194000; NP_001194001; NP_001194002; NP_001194003; NP_612353
	n/a
	Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjek	Pogledaj/uredi – miš

Član A porodice sa sličnošću sekvence 181 je protein koji je kod ljudi kodiran genom FAM181A. ^[5]

Aminokiselinska sekvenca

Dužina polipeptidnog lanca je 354 aminokiseline, a molekulska težina 38.724 Da.^[6].

Simboli

C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin

10	20	30	40	50
MPLEERRSSG	ERNDAAPTNH	RRPGEKRAST	AKQVSSVPFL	GAAGHQQSLP
SSWKASCSGP	LVMASDSDVK	MLLNFVNLAS	SDIKAALDKS	APCRRSVDHR
KYLQKQLKRF	SQKYSRLPRG	LPGRAAEPYL	KRGSEDRPRR	LLLDLGPDSS
PGGGGGCKEK	VLRNPYREEC	LAKEQLPQRQ	HPEAAQPGQV	PMRKRQLPAS
FWEEPRPTHS	YHVGLEGGLG	PREGPPYEGK	KNCKGLEPLG	PETTLVSMSP
RALAEKEPLK	MPGVSLVGRV	NAWSCCPFQY	HGQPIYPGPL	GALPQSPVPS
LGLWRKSPAF	PGELAHLCKD	VDGLGQKVCR	PVVLKPIPTK	PAVPPPIFNV
FGYL

Funkcija

Analizirajući 1,780.295 5-krajnih sekvenci ljudskih cDNK punih dužina, izvedenih iz 164 tipa oligo-cap biblioteka cDNK, identificirano je 269.774 nezavisnih položaja transkripcijskih početnih mjesta (TSS) za 14.628 ljudskih RefSeq gena. Ovi TSS su grupirani u 30.964 klastera koji su međusobno odvojeni za više od 500 bp i stoga vrlo vjerojatno predstavljaju međusobno različite alternativne promotore. Najmanje 7674 (52%) ljudskih gena RefSeq podlijegalo je navodnim alternativnim promotorima (PAP). U prosjeku je bilo 3,1 PAP po genu, sa sastavom jednog promotora koji sadrži CpG-tok po 2,6 promotora bez CpG. U 17% lokusa koji sadrže PAP uočena je specifična upotreba PAP-ova za tkivo.

Najbogatiji izvori tkiva PAP-a specifičnih za tkivo bili su sjemenici i mozak. Također je bilo intrigantno da su promotori koji sadrže PAP obogaćeni genima koji kodiraju proteine povezane sa transdukcijom signala i da su rjeđi u genima koji kodiraju vanćelijske proteine, što možda odražava različite funkcionalne potrebe i ograničenu ekspresiju tih kategorija gena. Obrasci prvih egzona također su bili veoma raznoliki. U prosjeku je bilo 7,7 različitih tipov slternativne prerade prvih egzona po lokusu, koje su djelomično proizveli PAP-ovi, što sugerira da se ovim mehanizmom može postići širok spektar transkripata. Nalazi sugeriraju da bi upotreba alternativnih promotora i posljedična alternativna upotreba prvih egzona trebali imati ključnu ulogu u stvaranju složenosti potrebne za visoko razrađeni molekulski sistem kod ljudi.^[7]

Reference

^ ^a ^b ^c ENSG00000273533 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000140067, ENSG00000273533 - Ensembl, maj 2017
^ ^a ^b ^c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000096753 - Ensembl, maj 2017
^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
^ "Entrez Gene: Family with sequence similarity 181, member A". Pristupljeno 24. 10. 2013.
^ "UniProt, Q8N9Y4". Pristupljeno 25. 7. 2021.
^ Kouichi Kimura, Ai Wakamatsu, Yutaka Suzuki, Toshio Ota, Tetsuo Nishikawa, Riu Yamashita, Jun-ichi Yamamoto, Mitsuo Sekine, Katsuki Tsuritani, Hiroyuki Wakaguri, Shizuko Ishii, Tomoyasu Sugiyama, Kaoru Saito, Yuko Isono, Ryotaro Irie, Norihiro Kushida, Takahiro Yoneyama, Rie Otsuka, Katsuhiro Kanda, Takahide Yokoi, Hiroshi Kondo, Masako Wagatsuma, Katsuji Murakawa, Shinichi Ishida, Tadashi Ishibashi, Asako Takahashi-Fujii, Tomoo Tanase, Keiichi Nagai, Hisashi Kikuchi, Kenta Nakai, Takao Isogai, Sumio Sugano (2006): Diversification of transcriptional modulation: large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes. Genome Res 16(1):55-65. doi:10.1101/gr.4039406; PMID 16344560

[refGRCh38Ensembl-1] ENSG00000273533 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000140067, ENSG00000273533 - Ensembl, maj 2017

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000096753 - Ensembl, maj 2017

[3] "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[4] "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.

[entrez-5] "Entrez Gene: Family with sequence similarity 181, member A". Pristupljeno 24. 10. 2013.

[UniProt-6] "UniProt, Q8N9Y4". Pristupljeno 25. 7. 2021.

[7] Kouichi Kimura, Ai Wakamatsu, Yutaka Suzuki, Toshio Ota, Tetsuo Nishikawa, Riu Yamashita, Jun-ichi Yamamoto, Mitsuo Sekine, Katsuki Tsuritani, Hiroyuki Wakaguri, Shizuko Ishii, Tomoyasu Sugiyama, Kaoru Saito, Yuko Isono, Ryotaro Irie, Norihiro Kushida, Takahiro Yoneyama, Rie Otsuka, Katsuhiro Kanda, Takahide Yokoi, Hiroshi Kondo, Masako Wagatsuma, Katsuji Murakawa, Shinichi Ishida, Tadashi Ishibashi, Asako Takahashi-Fujii, Tomoo Tanase, Keiichi Nagai, Hisashi Kikuchi, Kenta Nakai, Takao Isogai, Sumio Sugano (2006): Diversification of transcriptional modulation: large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes. Genome Res 16(1):55-65. doi:10.1101/gr.4039406; PMID 16344560

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]