KIAA1704
| KIAA1704 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | GPALPP1 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 1914717 HomoloGene: 10234 GeneCards: GPALPP1 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 13: 44.99 – 45.04 Mb | Chr 14: 76.32 – 76.35 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
KIAA1704, znan i kao LSR7 (skr. od eng. Lipopolysaccharide-specific response protein 7, odnosno bosanski: protein 7 lipopolisaharid-specifičnog odgovora), je protein koji je kod ljudi kodiran genom GPALPP1 (protein 1 sa GPALPP motivom) . Funkcija KIAA1704 još nije dobro shvaćena. Sadrži jedan domen nepoznate funkcije, DUF3752. Protein sadrži konzervirani, nenabijeni, ponavljajući motiv GPALPP (GF) blizu N-terminala i neobičan, konzerviran, mješoviti naboj (lahko se izmjenjuje između pozitivnog i negativnog naboja).[5] Predviđeno je da se nalazi u jedru.[6]
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 340 aminokiselina, a molekulska težina 38.142 Da.[7]
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MARDLIGPAL | PPGFKARGTA | EDEERDPSPV | AGPALPPNYK | SSSSDSSDSD | ||||
| EDSSSLYEEG | NQESEEDDSG | PTARKQRKNQ | DDDDDDDDGF | FGPALPPGFK | ||||
| KQDDSPPRPI | IGPALPPGFI | KSTQKSDKGR | DDPGQQETDS | SEDEDIIGPM | ||||
| PAKGPVNYNV | TTEFEKRAQR | MKEKLTKGDD | DSSKPIVRES | WMTELPPEMK | ||||
| DFGLGPRTFK | RRADDTSGDR | SIWTDTPADR | ERKAKETQEA | RKSSSKKDEE | ||||
| HILSGRDKRL | AEQVSSYNES | KRSESLMDIH | HKKLKSKAAE | DKNKPQERIP | ||||
| FDRDKDLKVN | RFDEAQKKAL | IKKSRELNTR | FSHGKGNMFL |
mboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
Svojstva
[uredi | uredi izvor]| Broj egzona[8] | iRNK sequence length (bp)[8] | Protein sequence length (aa)[8] | Molekulska težina (kD)[6] | Izoelektrična tačka[6] | |
|---|---|---|---|---|---|
| 8 | 1431 | 340 | 38.1 | 5,0526 |
Alati ExPASy predviđaju da će KIAA1704 doživjeti nekoliko konzerviranih posttranslacijskih modifikacija, uključujući glikaciju, o-vezanu glikozilaciju, serinsku i treoninsku fosforilaciju te nekoliko kinaza-specifičnih fosforilacija (PKC, PKA i CKII).[6]
Sekundarna struktura
[uredi | uredi izvor]Četiri konzervirana predviđena alfa-heliksanalaze se prema C-kraju proteina. Predviđeno je da će N-terminalom dominirati upredene regije.[9]
Subćelijska lokalizacija
[uredi | uredi izvor]ExPASy PSORT predviđa 74% vjerovatnoće da je lokaliziran u jedru.[6]
Gen
[uredi | uredi izvor]Lokus
[uredi | uredi izvor]KIAA1704 nalazi se na hromozomu 13, lokus q14,12, sa genomskom sekvencom počevši od 45,563.687 bp i završavajući na 45,602.405 bp.[8]
Gensko susjedstvo
[uredi | uredi izvor]
KIAA1704 nalazi se na pozitivnom lancu okruženom sa pet obližnjih gena.
- Pozitivna orijentacija
- Opći faktor transkripcije IIF (GTF2F2) dalje je nizvodno usmjeren u istoj orijentaciji. Funkcionalno se veže za RNK-polimerazu II.[10]
Negativna orijentacija
- Jedarni rotein 1 fragilnog X za mentalnu retardaciju (NUFIp1) ispoljava aktivnost vezanja RNK sa specifičnom jedarnom ulogom za FMRP. Ovo je protein koji se veže za RNK, povezan s fragilnim X. Početna mjesta su besmislena za početak KIAA1704.[10]
- Domen za tetramerizaciju kalijdvog kanala koji sadrži četiri (KCTD4) predložen je za učešće u transportu kalijevih iona [10]
- Translacijski kontrolirani protein tumora 1 (TPT1) uključen je u vezivanje kalcija i stabilizaciju mikrotubula.[10]
- Mala jedarcetova RNK, H/ACA boks 31 (SNORA31) još nema poznatu funkciju
Ekspresija
[uredi | uredi izvor]KIAA1704 ima sveprisutne niske do umjerene obrasce ekspresije u tjelesnim tkivima (ispod 50%)[11]
Promotor
[uredi | uredi izvor]
Koristeći alate za analizu GenoMatix ElDorado, predviđeno je da promotor bude dug 727 parova baza, koji se projiciraju u egzon 1. Postoje dva predviđena početna mjesta za transkripciju za ovaj promotor, prikazana na susjednoj slici.[12]
Promotor KIAA1704 pokazao je značajne trimetilacijske vrhove histona (histon 3 lizin-4 u ćelijama K562 (eritroidna ćelijska linija). Također je pokazao povećanu relativnu ekspresiju u eritroidnim progenitorima zajedno sa susjednim genima, NUFIP1 i TPT1.[13]
Dodatna studija otkrila je da je proksimalni promotor jedna od mnogih hiljada direktnih meta transkripcijskog faktora, Myc, in vivo.[14]
iRNK
[uredi | uredi izvor]Varijante prerade
[uredi | uredi izvor]Prema Ensemblu, postoje četiri varijante kodiranja prerade. Nijedan od alternativnih oblika prerade nema povezane eksperimentalne dokaze. Jedna varijanta prolazi kroz nonsens degradaciju, dok se za drugu predviđa da će genski produkt biti prerađen direktno na pola i zadržati aminokiseline u sekvenci 171–340.[15]
Konzerviranost
[uredi | uredi izvor]NCBI-BLAST pretraživanja otkrivaju da od sisara postoje poznati ortolozi iRNK, kao i kod gmizavaca, ptica, žaba i riba, s najmanje 65% identiteta sekvence.[16]
Protein
[uredi | uredi izvor]Opća svojstva
[uredi | uredi izvor]
Sastav
[uredi | uredi izvor]Udonjoj tabeli prikazano je da KIAA1704 ima značajno veći postotak nabijenih aminokiselina (D, K, KR, KRED) od normalnog ljudskog proteina i uglavnom je konzerviran u svojim ortolog nimproteinima.[5]
| Analiza sastava | Abundancija aminokiselina (AA) H. sapiens | Aminokisline Mus musculus | Gallus gallus | AA Xenopus tropicales |
|---|---|---|---|---|
| D++ | 42 (12,4%) | 37 (10,7%) | 35 (10%) | 33 (9,8%) |
| V-- | 6 (1,8%) | 9 (26,%) | 9 (2,6%) | ----- |
| K+ | 37 (10,9%) | 37 (10,7%) | ----- | ----- |
| L- | 17 (5,0%) | 17 (4,9%) | 19 (5,4%) | ----- |
| KR+ | 62 (18,2%) | 62 (17,9%) | 60 (17,1%) | 56 (16,6%) |
| KRED++ | 134 (39,4%) | 135 (39,0%) | 135 (38,6%) | 122 (36,1%) |
| ED+ | 72 (21,2%) | 73 (21,1%) | 75 (21,4%) | 66 (19,5%) |
| LVIFM- | 54 (15,9%) | 59 (17,1%) | 58 (16,6%) | 57 (16,9%) |
KIAA1704 ima proteinske ortologe u rasponu od biljaka, prikazano u padajućem redoslijedu identiteta u donjoj tablici. Sisari imaju najviši stupanj konzerviranost sa 89 posto identiteta, a slijede ih ptice, žabe, ribe, beskičmenjaci, insekti i biljke.[16]
Konzervirani domeni
[uredi | uredi izvor]Što se tiče konzerviranih domena, do sada se čini da nema mnogo informacija o konzerviranim motivima GPALPP (GF) . Ovaj motiv predstavlja neutralne segmente u ovom visoko nabijenom proteinu.
DUF3752 se općenito nalazi u eukariotima i ima između 140-163 aminokiselina. Pripada pfam 12572, članu superporodice cl13947[17]
| Konzervirana regija | Aminokiselinsko mjesto H. sapiens | Naboj (kiselinkiseloa, bazno, neutralno) |
|---|---|---|
| Poli-serin | 41-49 | Neutralno |
| Poli-aspartat | 81-88 | Kiselo |
| GPALPP(GF) | 7-14; 32-37; 92-99; 112-119 | Neutralno |
| IIGP | 110-113; 146-149 | Neutralno |
| DUF3752 | 196-333 | Bazno (Izoelektrična tačka =10,51) |
Klinički značaj
[uredi | uredi izvor]KIAA1704 ima najmanje pet puta veći gubitak ekspresije povezan s limfomom ćelija plašta.[18]
U drugoj studiji, korištena je analiza disekvilibrija vezanjal i mapiranje lokusa 13q13-14, kako bi istražili potencijalnu osjetljivost na autizam preko vrha povezivanja od 1,5 Mb, uključujući KIAA1704. Analiza PDTPhaze s jednim markerom izvedena je za četiri jednonukleotidna polimorfizma (SNP)]] za KIAA1704; međutim, nijedan od SNP-ova nije bio statistički značajno u povezan marker sa lokusima.[19]
Studija ekspresije otkrila je da je KIAA1704 značajno reguliran u ćelijama U937 (ćelijska linija slična makrofazima) kada se tretira nikotinom.[20]
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000133114 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000022008 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ a b Brendel V, Bucher P, Nourbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (mart 1992). "Methods and algorithms for statistical analysis of protein sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89 (6): 2002–6. doi:10.1073/pnas.89.6.2002. PMC 48584. PMID 1549558.
- ^ a b c d e Gasteiger E, Gattiker A, Hoogland C, Ivanyi I, Appel RD, Bairoch A (juli 2003). "ExPASy: The proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis". Nucleic Acids Res. 31 (13): 3784–8. doi:10.1093/nar/gkg563. PMC 168970. PMID 12824418.
- ^ "UniProt, Q8IXQ4". Pristupljeno 11. 9. 2017.
- ^ a b c d "Genecards". Pristupljeno 14. 5. 2012.
- ^ "SDSC Biology Workbench PELE". Pristupljeno 14. 5. 2012.
- ^ a b c d "NCBI AceView".
- ^ Barrett T, Troup DB, Wilhite SE, Ledoux P, Rudnev D, Evangelista C, Kim IF, Soboleva A, Tomashevsky M, Edgar R (januar 2007). "NCBI GEO: mining tens of millions of expression profiles--database and tools update". Nucleic Acids Res. 35 (Database issue): D760–5. doi:10.1093/nar/gkl887. PMC 1669752. PMID 17099226.
- ^ "GenoMatix ElDorado". Arhivirano s originala, 22. 5. 2021. Pristupljeno 2. 8. 2021.
- ^ Sankaran VG, Menne TF, Šćepanović D, Vergilio JA, Ji P, Kim J, Thiru P, Orkin SH, Lander ES, Lodish HF (januar 2011). "MicroRNA-15a and -16-1 act via MYB to elevate fetal hemoglobin expression in human trisomy 13". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 108 (4): 1519–24. doi:10.1073/pnas.1018384108. PMC 3029749. PMID 21205891.
- ^ Kim, Jognhwan (2005). "Genome- wide mapping of DNA- protein interactions in eukaryotes". University of Austin Texas.
- ^ "Ensembl Genome Browser".
- ^ a b Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ (oktobar 1990). "Basic local alignment search tool". J. Mol. Biol. 215 (3): 403–10. doi:10.1016/S0022-2836(05)80360-2. PMID 2231712.
- ^ "NCBI Structure".
- ^ Schraders M, Jares P, Bea S, Schoenmakers EF, van Krieken JH, Campo E, Groenen PJ (oktobar 2008). "Integrated genomic and expression profiling in mantle cell lymphoma: identification of gene-dosage regulated candidate genes". Br. J. Haematol. 143 (2): 210–21. doi:10.1111/j.1365-2141.2008.07334.x. PMID 18699851.
- ^ del Pilar Garavito, Maria (2009). "Fine mapping of autism susceptibility loci on chromosome 1q23-24 and chromosome 13q13-q14". Rutgers University.
- ^ Koshi R, Sugano N, Orii H, Fukuda T, Ito K (decembar 2007). "Microarray analysis of nicotine-induced changes in gene expression in a macrophage-like human cell line". J. Periodont. Res. 42 (6): 518–26. doi:10.1111/j.1600-0765.2007.00976.x. PMID 17956464.