Gerra garaian Nantesen bost futbol talde zeuden, Saint-Pierre, Stade Nantais UC, AC Batignolles, ASO Nantaise eta Mellinet. Azken honetako presidentea zen Marcel Saupinek bostak batuz talde indartsua osatzea proposatu zuen 1943an eta horrela sortu zen FC Nantes. Hala ere taldea ez zen lehen mailara igo 1963 arte. Marcel Saupin 1963ko ekainaren 10ean hil zen eta ezin izan zuen taldea lehen mailan jokatzen ikusi.
60. hamarkada bikaina izan zen taldearentzat bi liga eta superkopa bat irabazi zituelarik. José Arribas bilbotarra zen entrenatzailea eta famatu egin zen bere erasorako gogoa jeu à la nantaise izenarekin (Nantes erako jokoa). 1976 arte egon zen Nantesen eta bere lekukoa aurrez jokalari izan zen Jean Vincentek hartu zuen. 1983 artean hainbat Liga eta Kopa berri bat eskuratu zituen.
1992an izena aldatu zuen, FC Nantes Atlantique hartuaz. 2007 arte iraun zuen izen honekin eta bitartean garaipen berriak eskuratu zituen bi liga eta bi kopa, eta Txapeldunen Ligako finalerdietara ere iritsi zen 1996an.
Emaitza onak bukatu eta 2007an bigarren mailara jeitsi zen, 44 urte goren mailan egin ondoren. Ordutik lehen eta bigarren mailan aritu izan da txandaka. 2022an Frantziako Kopa irabazi zuen.
- Ligue 1 (8): 1965, 1966, 1973, 1977, 1980, 1983, 1995, 2001.
- Frantziako Kopa (4): 1979, 1999, 2000, 2022.
- Trophée des champions (Superkopa) (3): 1965, 1999, 2001.
Waldemar Kita
