SARS-CoV-2-virusmuunnokset

Wikipediasta
Siirry navigaatioon Siirry hakuun
Tämän artikkelin tai sen osan viitteitä on pyydetty muotoiltavaksi.
Voit auttaa Wikipediaa muotoilemalla viitteet ohjeen mukaisiksi, esimerkiksi siirtämällä linkit viitemallineille.
Tarkennus: Viitemallineet suomeksi

SARS-CoV-2-virusmuunnokset eli SARS-CoV-2-virusvariantit ovat COVID-19-tautia aiheuttavia, geeniperimältään merkittävästi alkuperäisestä Kiinan Wuhanissa alkujaan 7. tammikuuta 2020 eristetystä SARS-CoV-2-viruskannasta muuttuneita viruksia.[1][2][3][4][5] Terveyden ja hyvinvoinnin laitoksen 24. helmikuuta 2021 julkaiseman viikkokatsauksen mukaan erityisesti alfavarianttina tai brittimuunnoksena tunnettu, tavanomaista tarttuvampi virusmuunnos (B.1.1.7) on merkittävästi osallisena Suomessa tammi-helmikuussa 2021 yleistyneissä COVID-19-tapauksissa.[2] Alfavariantin ohella joulukuussa 2020 Suomessa havaittiin ensimmäiset beetavariantin eli eteläafrikkalaisen muunnoksen (B.1.351) aiheuttamat tartunnat.[6] Näillä, samoin kuin gammavariantilla eli brasilialaisella virusmuunnoksella (P.1), on kaksi yhteistä geenimutaatiota: N501Y ja D614G. Ainakin D614G-mutaation omaavat virukset saattavat tarttua muita muunnoksia herkemmin.[7] Kesällä 2021 Suomessa valtavirukseksi tuli aiempia muunnoksia leviävämpi deltavariantti.[8]

Helmikuun 2021 alussa ei ollut vielä käytössä maailmanlaajuisesti hyväksyttyä nimikkeistöä SARS-CoV-2-virusmuunnoksille. Maailman terveysjärjestö WHO kertoi tammikuussa 2021 laativansa virusmuunnoksille poliittisesti ja maantieteellisesti neutraaleja, standardoitavia nimityksiä.[9] Variantit päätettiin nimetä kreikkalaisten aakkosten nimillä. Uusia nimiä alettiin käyttää mediassa julkistamisen jälkeen 1.6.2021.[10]

Osasta virusmuunnoksista on esitetty havaintoja, että ne pystyisivät kiertämään osan vasta-aineista, jotka sairastettu COVID-19 tai SARS-CoV-2-rokote on muodostanut. Tämä on merkityksellistä arvioitaessa, miten hyvin eri rokotteet pystyvät suojaamaan COVID-19-taudilta.[4][7][11] Kliinisten havaintojen perusteella ainakin osa rokotteista, jotka on suunniteltu alkuperäisen viruskannan perusteella suojaamaan ihmisiä covid-19-taudilta, toimisivat heikommin joidenkin virusmuunnosten kohdalla.[12] Toisen ja myöhempien sukupolvien rokotteilla pyritään tarvittaessa vastaamaan virusmuunnosten muuttuneisiin ominaisuuksiin.[11]

Tärkeimpien virusmuunnosten nopeaan luokitteluun soveltuvaa analysointiohjelmistoa ja metodiikkaa on kehitetty myös Helsingin yliopistossa (engl. Helsinki university Ana­lyzer for Vari­ants Of Con­cern, HAVoC).[13]

SARS-CoV-2 -virusmuunnosten luokittelutapoja

[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]
SARS-CoV-2-viruskantojen nimitys [14][15]
Pango-viruslinjat[16] Huomautuksia Pango-viruslinjoihin[14] Nextstrainin kladit, 2021[17] GISAID kladit Merkittäviä muunnoksia
A.1–A.6 19B S sisältää viruksen "referenssisekvenssin" WIV04/2019[18]
B.3–B.7, B.9, B.10, B.13–B.16 19A L
O[19]
B.2 V
B.1 B.1.5–B.1.72 20A G viruslinja B.1[16]
B.1.9, B.1.13, B.1.22, B.1.26, B.1.37 GH
B.1.3–B.1.66 20C sisältää viruslinjan B.1.429 (Epsilon) / CAL.20C[20]
20G vallitsevana Yhdysvalloissa (01/2021)[20]
20H sisältää viruslinjan B.1.351 eli 20H/501Y.V2 eli 501.V2
B.1.1 20B GR sisältää viruslinjan B.1.1.207
20D sisältää viruslinjat P.1 (Gamma) ja P.2 (Zeta)[21]
20F
20I sisältää viruslinjan B.1.1.7 (Alfa)eli VOC-202012/01 (engl. Variant of Concern 202012/02) eli 20I/501Y.V1
B.1.177 20E (EU1)[17] GV[19][22] kehittynyt 20A:sta[17]

Maailman terveysjärjestön mukaan alkukesään 2020 mennessä oli havaittu jo tuhansia SARS-CoV-2-viruksen geenimuunnoksia eli variantteja.[23][23] Suomessakin on luokiteltu uusi muunnos (Fin-796H), jonka tartuntaketju saattaa olla peräsin maasta tai alueelta, jossa virusten perimän sekvensointia tehdään vähän tai ei lainkaan.[24] Virusmuunnosten alatyypit voidaan ryhmitellä kuitenkin kehityshistoriansa perusteella suuremmiksi alatyypeiksi, joita kutsutaan kehityslinjoiksi tai kladeiksi.[25] Kolmea virusmuunnosten ehdotettua nimitystapaa on käytetty laajalti:[26]

  • vuonna 2017 julkaistu Nextstrain, joka pyrkii "patogeenien evoluution reaaliaikaiseen seurantaan",[27] Nextstrain-lähestymistä on käytetty SARS-CoV-2-seurannassa, ja tammikuussa 2021 sillä oli tunnistettu 11 viruksen pääkladia (19A, 19B ja 20A–20I).[28][17] Hanke julkaisee aineistoja myös SARS-CoV-2-muunnosten maakohtaisesta kehityksestä, esimerkiksi Suomessa julkaistujen luokiteltujen osalta.[29]
  • Vuonna 2020 Rambautin ja kollegoiden tutkimusryhmä esitti Pango-viruslinjoiksi kutsumaansa globaalisti leviävien viruslinjojen nimityskäytäntöä (engl. Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages).[30][16] Tällä käytännöllä löytyi helmikuuhun 2021 mennessä kuusi viruksen päälinjaa (A, B, B.1, B.1.1, B.1.177, B.1.1.7).[31]
  • tammikuussa 2021 julkaistu GISAID, joka viittaa SARS-CoV-2-virukseen nimellä hCoV-19, on tunnistanut kahdeksan maailmanlaajuista kladia (S, O, L, V, G, GH, GR, and GV).[14][32]

Toukokuun lopulla 2021 WHO esitteli yleistajuisemman, kreikkalaisiin kirjaimiin perustuvan nimeämiskäytännön, jota se suosittelee käytettävän muunnosten löytöpaikkojen leimaamisen välttämiseksi[33][34]. Tämän järjestelmän mukaan esimerkiksi Yhdistyneen kuningaskunnan muunnosta B.1.1.7:ää kutsutaan nimellä Alpha ja Etelä-Afrikan muunnos B.1.351 on nimeltään Beta[35].

Virusmuutosten merkittävyyden ehtoja

[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

Virukset yleensä mutatoituvat ajan kuluessa synnyttäen uusia virusmuunnoksia. Jos uusi muunnos tarttuu väestössä aiempaa enemmän, sitä voidaan kutsua leviäväksi muunnokseksi.lähde?

Leviävien virusmuunnosten mahdollisia seurauksia ovat muun muassa:[36][37]

  • lisääntynyt tarttuvuus (transmissivisyys)
  • lisääntynyt sairaustuttavuus (taudinaiheutuskyky)
  • lisääntynyt kuolleisuus
  • kyky jäädä havaitsematta diagnostisilla testeillä
  • alentunut herkkyys viruslääkkeille (jos ja kun tällaisia lääkkeitä on saatavilla)
  • vähentynyt herkkyys neutraloiville vasta-aineille joko terapeuttisissa käytössä (esimerkiksi sairaudesta toipuneen henkilön plasmalle tai monoklonaalisille vasta-aineille) tai laboratoriotesteissä
  • kyky kiertää luontainen immuniteetti (esimerkiksi aiheuttaen uusia infektioita)
  • kyky infektoida rokotettuja
  • lisääntynyt erityisseurausten (kuten hyperinflammatorisen oireyhtymän tai pitkäkestoisen Covidin) riski
  • lisääntynyt taipumus kohdentua joihinkin väestöllisiin tai kliinisiin ihmisryhmiin, kuten lapsiin tai immuunipuutoksellisiin.

Merkittäviä SARS-CoV-2-virusmuunnoksia

[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]
SARS-CoV-2-virusmuunnokset Suomen tartuntatautirekisterissä 2020–2023

Maailmanlaajuisesti yleisimmät testeissä luokitellut virusmuunnokset (helmikuussa 2021) olivat B.1.1.7 (Britanniasta levinnyt virusmuunnos), B.1.351 (Etelä-Afrikasta levinnyt muunnos) ja P.1 (Brasiliasta levinnyt muunnos).[38][39][40] Eri maissa kyky analysoida tautimuunnoksia edustavasti poikkeaa huomattavasti toisistaan. Siksi maailmanlaajuiseen tautimuunnosten todellinen levinneisyys voi poiketa huomattavasti esimerkiksi oheisissa kartoissa esitetyistä tiedoista.

Virusmuunnos B.1.1.7 (Alfa)

[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

Virusmuunnos B.1.1.7 (eli 20I/501Y.V1, Britanniassa käytetään lyhennystä VOC 202012/01, engl. Variant of Concern 202012/01), jota on kutsuttu myös brittimuunnokseksi tai alfamuunnokseksi[41], havaittiin lokakuussa 2020 edelliskuun aikana otetuista näytteistä osana COVID-19-pandemiaa Britanniassa.[42][43][44][45][36] Muunnos korreloi Britannian koronatapausten huomattavan kasvun kanssa joulukuusta 2020 lähtien. Tämä liittyy osaksi muuntuneen viruksen N501Y-mutaatioon piikkiproteenissa. Virusmuunnoksen tarttuvuuden noususta 40–80 prosenttia (arviot painottuvat vaihteluvälin keskivaiheille tai yläosaan),[46] on jotakin näyttöä ja alustavaa näyttöä kuolleisuuden lisääntymisestä.[47][48]

Britanniassa virusmuunnos levisi nopeasti vallitsevaksi kannaksi joulukuussa 2020. Esimerkiksi GISAID-genomiaineiston mukaan B.1.1.7-muunnoksen osuus oli 10,15 prosenttia covid-19-sairastuneista viikolla 48 (2020), 45,67 prosenttia viikolla 51 ja kohosi 70,61 prosenttiin viikolla 53 (2020/2021) ja 89,06 prosenttiin viikolla 4 (2021).[49] Vastaava erittäin nopea virusmuunnoksen B.1.1.7 osuuden kasvaminen tuli esille myös runsaasti geenisekvensointeja covid-19-positiivista näytteistä viikoittain tekevässä Tanskassa. Siellä virusmuunnoksella oli 3,7 prosentin osuus covid-19-tartunnan saaneista viikolla 1 (2021), mutta jo 19,5 prosentin osuus viikolla 4 ja 65,8 prosentin osuus viikolla 7 (2021).[50] Suomessa geenisekvensoitujen näytteiden osuus covid-19-positiiviseksi todetuista tapauksista on ollut huomattavasti pienempi kuin Tanskassa, joten niin tarkkaa kuvaa brittimuunnoksen B.1.1.7 leviämisosuudesta ja -aikataulusta ei sekvensoitujen näytteiden edustavuutta tuntematta voi muodostaa. THL:n mukaan viikolla 3 (2021) Helsingin ja Uudenmaan sairaanhoitopiirin (HUS) alueella otetuista covid-19-positiivista näytteistä runsas viidennes sekvensoitiin, ja tämän aineiston mukaan 54,8 prosenttia edusti jo brittimuunnosta. Muissa Suomen sairaanhoitopiireissä otetuista koronapositiivista näytteistä sekvensoitiin muutama prosentti vähemmän, mutta tämän aineiston mukaan virusmuunnoksen B.1.1.7 osuus vaihteli viikoilla 2-3 (2021) 10-19 prosentin välillä ja oli runsas 30 prosenttia viikolla 5 (2021).[51]

Alfa oli merkittävin koronavirusmuunnos Suomessa vuoden 2020 viikolta 53 vuoden 2021 viikolle 23[52]. Sen jälkeen merkittävimmäksi muodostui deltamuunnos[52]. Alfa on hävinnyt Suomesta kokonaan vuoden 2021 puolivälissä[52].

Virusmuunnos B.1.1.7 mutaatiolla E484K

[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

Englannin kansanterveyslaitos Public Health England (PHE) on kutsunut virusmuunnosta VOC 202102/02 (engl. Variant of Concern 202102/02) virusmuunnoksi B.1.1.7 mutaatiolla E484K.[53] Se on Rambaut-luokittelun mukaan samaa viruslinjaa kuin muunnos B.1.1.7, mutta siinä on ylimääräinen E484K-mutaatio. Näitä VOC-202102/02-muunnoksia oli vahvistettu 18. helmikuuta 2021 mennessä 26 sekvensoidusta brittiläisestä potilastapauksesta.[53]

Virusmuunnos B.1.351 (Beeta)

[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

Viruslinjasta B.1.351 eli virusmuunnoksesta 501.V2 (tai 20H/501Y.V2 tai VOC-202012/02 (PHE)) raportoi ensin Etelä-Afrikan terveysministeriö.[36][54] Muunnos tunnetaan myös nimellä beetamuunnos.[33] WHO:n tulkinnan mukaan virusmuunnosta on havaittu näytteistä elokuun 2020 alkupuolelta lähtien.[55] Tutkijat ja viranomaiset raportoivat tämän virusmuunnoksen olevan yleisempää nuorten, perusterveiden ihmisten joukossa. Lisäksi näissä tapauksissa virusmuunnos johtaa useammin vakavaan sairastumisiin.[56][57] Etelä-Afrikan terveysministeriön mukaan muunnos saattoi olla Etelä-Afrikan toista COVID-19 pandemia-aaltoa ajava voima, koska virusmuunnos leviää nopeammin kuin aiemmat muunnokset.[54][56]

Suomessa beetamuunnosta havaittiin vuoden 2021 viikolta 4 viikolle 18, minkä jälkeen sitä ei ole enää tavattu[52]. Beetan huippuaikoinakin alfa ja muut linjat olivat yleisempiä[52].

Virusmuunnos P.1 (Gamma)

[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

Virusmuunnoksen P.1. tunnisti ensimmäisenä Japanin kansallinen tartuntatautien instituutti (NIID) 6. tammikuuta 2021. WHO antoi sille nimen Gamma. Ensin se havaittiin neljässä henkilössä, jotka olivat saapuneet Tokioon Brasilian Amazonasista 2. tammikuuta 2021.[58] Brasilian viranomaiset vahvistivat 12. tammikuuta, että tämä muunnos oli todettu 13 henkilöllä Amazonin sademetsäalueella.[59] Se syntyi muunnoksena variantista B.1.1.28, mutta jotta tunnukset eivät tulisi kovin pitkiksi, se sai tunnuksen P.1 (eikä B.1.1.28.1.).[60]. Muunnos sisältää 17 aminohappojen vaihdosta, joista 10 piikkiproteiinissa.[59].

Gammaa on tavattu Suomessa vain hyvin harvoin[52].

Virusmuunnos B.1.617.2 (Delta)

[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

Intiassa ensi kertaa syksyllä 2020 todettu virusmuunnos, niin sanottu kaksoismutaatiovirus, joka leviää nopeasti.[61][62][63] Virusmuunnos tunnetaan yleisesti nimellä deltamuunnos.[33] Yhdysvaltojen tautikeskuksen arvion mukaan deltavariantti on kaksi kertaa aiempia variantteja tarttuvampi. Lisäksi sen on arvioitu aiheuttavan rokottamattomille ihmisille muita variantteja vakavampaa tautia.[64] Muunnos aiheutti Intiassa koronaviruksen toisen aallon keväällä 2021. Huhtikuuhun 2021 mennessä se oli Intiassa valtavirus.[63] Suomeen deltamuunnos saapui ensi kertaa maaliskuussa 2021.[65] WHO luokitteli deltan tehostetun seurannan alaiseksi varianttilinjaksi 4. huhtikuuta 2021 ja huolestuttavaksi varianttilinjaksi 11. toukokuuta 2021.[33] Suomessa delta nousi valtavirukseksi heinäkuussa 2021. Leviämistä voimisti Jalkapallon euroopanmestaruuskilpailuihin Venäjälle suuntautunut kisaturismi.[8] Loppuvuodesta 2021 99% EU-alueen koronatapauksista oli deltavarianttia, ja se oli siten EU:n alueella ylivoimainen valtavirus. [66] Delta oli Suomen yleisin koronavirusmuunnos vuoden 2021 viikolta 24 viikolle 50, jolloin sen syrjäytti omikron.[52] Deltaa ei ole tavattu enää vuoden 2022 ensimmäisen viikon jälkeen.[52]

Vietnamin virusmuunnos

[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

Keväällä 2021 havaittiin Vietnamissa uusi muunnos, joka tarttuu helpommin kuin mikään muu virusmuunnos aikaisemmin. Vietnamin muunnos on kehittynyt Britannian ja Intian virusmuunnoksesta.[67]

Virusmuunnos B.1.1.529 (Omikron)

[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

Marraskuussa 2021 Etelä-Afrikassa havaittiin uusi virusmuunnos, joka tunnetaan Pango-viruslinjakoodilla B.1.1.529.[68] WHO nimesi sen 26. marraskuuta 2021 omikroniksi, ja samalla se luokiteltiin huolestuttavaksi varianttilinjaksi.[69] Nimeämisen yhteydessä hypättiin kahden kreikkalaisen aakkosen yli: nyy sivuutettiin, sillä sen lausunnan arveltiin muistuttavan liikaa englannin sanaa new ('uusi'), ja ksii, koska se olisi voinut sekaantua sukunimeen "Xi".[70] Muunnos sisältää 50 mutaatiota, joista yli kolmekymmentä on viruksen piikkiproteiinissa.[71] Siitä puuttuu yksi PCR-testin havaitsemista geeneistä, S-geeni, mitä voidaan käyttää apuna sen erottamisessa. Tämä nopeuttaa tapausten havaitsemista.[72] Sen ominaisuudet ovat vielä epäselvät, mutta muunnosten vuoksi sen pelätään leviävän nopeammin ja kiertävän rokotteen tai sairastetun koronataudin aiheuttamaa suojaa.[70][73][72]

Muunnosta luonnehdittiin tuoreeltaan "merkittävimmäksi tähän asti".[71][68] Euroopan tautikeskus luonnehti sen riskejä suuriksi.[74]

Muunnosta havaittiin aluksi Botswanassa ja Etelä-Afrikassa, jossa muunnos levisi nopeasti koko maan alueelle.[75][76] Muunnos nousi Etelä-Afrikassa valtavirukseksi alle kolmessa viikossa.[77] Ensimmäinen tapaus eteläisen Afrikan ulkopuolella havaittiin Hongkongissa Etelä-Afrikasta saapuneella matkailijalla. Virus tarttui häneltä karanteenihotellissa toiseen matkailijaan.[78] Seuraava tartunta eteläisen Afrikan ulkopuolella löydettiin Israelissa Malawista saapuneelta matkailijalta.[79] Euroopan ensimmäinen tartunta löytyi Belgiasta Egyptistä 11. marraskuuta 2021 saapuneelta matkailijalta. Hän hakeutui testiin oireiden vuoksi 22. marraskuuta ja tapauksesta uutisoitiin 26. marraskuuta.[80] Seuraavana päivänä uusia varmennettuja tartuntoja oli löydetty Isosta-Britanniasta, Italiasta ja Saksasta.[81][82][83] Lisäksi Itävallassa ja Tšekissä epäiltiin tartuntoja.[84][85] Hollannissa todettiin 61 koronavirustartuntaa kahdella lennolla Etelä-Afrikasta saapuneilla ihmisillä 27. marraskuuta 2021. Tartuntojen varianttia ei kuitenkaan tiedetty.[86]

Omikron syrjäytti muut koronavirusmuunnokset ja nousi Suomen yleisimmäksi muunnokseksi vuoden 2021 viikolla 51.[52] Kolmen viikon kuluttua koronatautitapausten määrä nousi suuremmaksi kuin koskaan aiemmin.[52] Helmikuussa 2022 omikron oli todennäköisesti Suomen ainoa koronavirusmuunnos.[52] Tällöin kyseessä oli omikronin alavariantti BA.1.[87]

BA.2

[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

Maaliskuun 2022 puolivälissä omikron BA.1:n paikan yleisimpänä virusmuotona otti toinen omikronin muunnos nimeltä BA.2.[87] Samoihin aikoihin BA.2:sta tuli viruksen yleisin muunnos koko maailmassa.[88] BA.2-alalinja oli Suomessa valtavirus kesäkuun 2022 loppupuolelle saakka.[89]

BA.5

[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

Ensimmäinen BA.5-muunnoksen aiheuttama tartunta havaittiin toukokuussa 2022.[90] Alalinjoihin BA.4 tai BA.5 kuuluvat virukset ohittivat BA.2-alalinjan virukset juhannuksen 2022 tienoilla.[89] Elokuussa 2022 omikronmuunnoksen BA.4/BA.5-alalinjat olivat yleisimpiä koronavirusmuunnoksia Suomessa.[89]

XBB.1.5 (Kraken)

[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

Omikronmuunnoksen alalinjan XBB.1.5 virusta havaittiin ensimmäisen kerran Yhdysvalloissa lokakuussa 2022.[91] XBB.1.5:tä on mediassa kutsuttu myös krakeniksi.[92] Se tuli Suomeen tammikuussa 2023[91]. Marraskuussa 2023 se on lähes kaikkien Suomen tautitapausten aiheuttaja[93]. XBB.1.5-linja on yhdistelmä kahden BA.2-omikronmuunnoksen ominaisuuksista[92]. WHO on arvioinut uuden muunnoksen olevan tähänastisista tarttuvin[92], mutta sen ei tiedetä aiheuttavan muita omikronmuunnoksia vakavampaa tautia[91]. Rokote suojaa XBB.1.5:tä vastaan erinomaisesti[91].

EG.5 (Eris)

[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

XBB.1.9.2-alalinjasta periytyvä muunnos EG.5 sai nimekseen Eris. Se saapui Suomeen vuoden 2023 kesäkuun alussa. Toistaiseksi ei ole syytä olettaa, että tämä muunnos poikkeaisi merkittävästi muista omikronin alalinjoista. [94] Joulukuussa 2023 EG.5 on Suomen yleisin variantti.[95]

BA.2.86

[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

On havaittu Suomessa syyskuusta 2023 alkaen [95]

JN.1

[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

On havaittu Suomessa vuoden 2023 viikosta 42 lähtien. JN.1-variantin piikki­proteiinissa on yksi mutaatio verrattuna BA.2.86-varianttiin, mikä tarkoittaa todennäköisesti sitä, että se on tarttuvampi. JN.1-variantin aiheuttamista oireista toipuminen saattaa kestää kauemmin kuin muilla varianteilla tai se voi aiheuttaa niitä vakavamman taudin.[95]

XEC

[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]

XEC-variantti tunnistettiin ensimmäisen kerran Saksassa kesäkuussa 2024 ja tapauksia on esiintynyt muun muassa Iso-Britanniassa, Tanskassa ja Yhdysvalloissa. Suomessa havaintoja ei vielä ole.


  • Varmennettujen B.1.1.7-muunnostapausten (brittimuunnos) lukumäärä 23. tammikuuta 2021 eri maissa. Huom. Kartan aineisto on vanhentunut, ei kuvaa enää hyvin helmi-maaliskuun taitteen tilannetta.[96][97] Selite:   1000+ varmennettua tapausta   100–999 varmennettua tapausta   50–99 varmennettua tapausta   10–49 varmennettua tapausta   5–9 varmennettua tapausta   2–4 varmennettua tapausta   1 varmennettu tapaus   Ei tarkkoja lukuja   Epäiltyjä tapauksia   Ei varmennettuja tapauksia, ei väestötietoa, tai ei aineistoa
    Varmennettujen B.1.1.7-muunnostapausten (brittimuunnos) lukumäärä 23. tammikuuta 2021 eri maissa. Huom. Kartan aineisto on vanhentunut, ei kuvaa enää hyvin helmi-maaliskuun taitteen tilannetta.[96][97] Selite:
      1000+ varmennettua tapausta
      100–999 varmennettua tapausta
      50–99 varmennettua tapausta
      10–49 varmennettua tapausta
      5–9 varmennettua tapausta
      2–4 varmennettua tapausta
      1 varmennettu tapaus
      Ei tarkkoja lukuja
      Epäiltyjä tapauksia
      Ei varmennettuja tapauksia, ei väestötietoa, tai ei aineistoa
  • Varmennettujen 501.V2-muunnostapausten (B.1.351, eteläafrikkalainen muunnos) lukumäärä 29. tammikuuta 2021 eri maissa. Selite:   100–999 varmennettua tapausta   50–99 varmennettua tapausta   10–49 varmennettua tapausta   5–9 varmennettua tapausta   2–4 varmennettua tapausta   1 varmennettu tapaus   Ei varmennettuja tapauksia, ei väestötietoa, tai ei aineistoa .
    Varmennettujen 501.V2-muunnostapausten (B.1.351, eteläafrikkalainen muunnos) lukumäärä 29. tammikuuta 2021 eri maissa. Selite:
      100–999 varmennettua tapausta
      50–99 varmennettua tapausta
      10–49 varmennettua tapausta
      5–9 varmennettua tapausta
      2–4 varmennettua tapausta
      1 varmennettu tapaus
      Ei varmennettuja tapauksia, ei väestötietoa, tai ei aineistoa
    .

Yhteenveto virusmuunnoksista

[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]
Nimi Ensimmäinen havainto Keskeisiä mutaatioita viruksessa Todisteita kliinisistä muutoksista, osin (englanniksi)[98] Levinneisyys Viitteet
WHO:n käyttämä nimitys Nimi / merkintätapa (Pango[16]) Muita nimityksiä Sijainti Ajankohta tarttuvuus taudinaiheuttamiskyky antigeenisyys
B.1.1.207  Nigeria elokuu 2020 P681H tuntematon tuntematon tuntematon kohtalainen (paikallinen). Muunnos on löydetty 3. elokuuta ja 9. lokakuuta 2020 Nigerian Osunin osavaltiosta kerätyistä virusnäytteistä. Sekvensoinnin on tehnyt Redeemerin yliopiston ACEGID (African Centre of Excellence for Genomics of Infectious Diseases). [36][99][100]
Alfa[35] B.1.1.7 VOC-202012/01, 20I/501Y.V1  Yhdistynyt kuningaskunta 20. syyskuuta 2020 P681H, N501Y, H69–V70 välinen deleetio, Y144 deleetio, E484K, A570D, D614G korkea (kohonnut ~50%) (NERVTAG), (kohonnut 36-75 prosenttia ja toisen hyökkäyksen osalta 10–13 prosenttia) (WHO) korkea (potentiaalisesti 30 prosentin kuolleisuuden kasvu) (NERVTAG), mahdollisesti kohonnut kuolleisuus ja vakavuus (WHO) kohtalainen (Indications of ostensible reduced antigenic activity) (ECDC) maailmanlaajuinen (WHO: ainakin 101 valtiossa 23.2.2021) [55][36][101][47][102]
— klusteri 5 (tarhaminkeissä havaittu kanta), ΔFVI-piikkiproteeni (Tanskan valtion seerumi-instituutti, SSI)  Tanska, lokakuu 2020 Y453F, H69–V70 välinen deleetio tuntematon tuntematon korkea (Moderately decreased sensitivity to neutralising antibodies) (WHO) hyvin alhainen (todennäköisesti kuollut sukupuuttoon) [103][104][105]
Beeta[33] B.1.351 501.V2, 20H/501Y.V2,
VOC-202012/02 		 Etelä-Afrikka joulukuu 2020 (raportoitu), levinnyt elokuu 2020- N501Y, D614G, K417N, E484K, L242/A243/L244 deleetio korkea (kohonnut 50%) (ECDC) tuntematon kohtalainen (21 prosenttia reduction in antigenicity, but effective neutralisation) (ECDC) maailmanlaajuinen (vallitseva viruskanta Etelä-Afrikassa marraskuun alkupuolella 2020; WHO: ainakin 51 valtiossa 23.2.2021) [55][40][36][106][107][101][108][109] [110]
Gamma[111] P.1 [111] B.1.1.28.1, 20J/501Y.V3, VOC-202101/02,  Brasilia[111] marraskuu 2020[111] N501Y, D614G, E484K, K417N kohtalainen (todennäköisesti kohonnut) (CDC), ehdotettu olevan kohonnut (WHO) tuntematon korkea (Overall reduction in effective neutralisation) (ECDC) maailmanlaajuinen (WHO: ainakin 29 valtiossa 23.2.2021) [55][40][107][112][113][114][110][101]
Delta[111] B.1.617.2[111] Intia[111] lokakuu 2020[111]
Epsilon[33] B.1.427 ja B.1.429 CAL.20C, 20C/S:452R;/B1429; "Kalifornian muunnos"  Yhdysvallat heinäkuu 2020- (B.1.429) tunnetaan huonosti (todennäköisesti kohonnut) tunnetaan huonosti (todennäköisesti korkea, Sciencen mukaan 4,8-kertainen riski joutua teholle ja 11-kertainen riski menehtyä) tunnetaan huonosti (Sciencessa esitetyn arvion mukaan kohtalainen mutta merkittävä) toistaiseksi erityisesti Yhdysvallat (saavuttanut 25 prosenttia suhteellisen osuuden Kalifornian eteläosan koronatartunnoista, havaittu myös New Yorkissa ja Washington DC:ssä) [40][115]
Zeeta P.2 B1.1.28.2, brasilialainen muunnos, VUI-21JAN-01  Brasilia 13. huhtikuuta 2021 E484 — — — Brasilia, Yhdysvallat, Kanada, Paraguay, Argentiina [116]
Eeta[33] B.1.525 VUI-202102/03 (Public Health England)  Nigeria ja  Yhdistynyt kuningaskunta joulukuu 2020 E484K, F888, Q677H ja deleetioita B.1.1.7:n tapaan tunnetaan huonosti (todennäköisesti kohonnut) tunnetaan huonosti kansainvälinen. Luokiteltiin ensi kerran Britanniassa ja Nigeriassa joulukuussa 2020. Nigerian tautikeskuksen (NCDC) tiedonannon (2021-02-19) mukaan tauti löydettiin kuitenkin Nigerian Lagosin osavaltiossa 23. marraskuuta 2020 kerätystä potilasnäytteestä. NCDC on yksi kolmesta koroonavirussekvensointeja tekevästä referenssilaboratoriosta Nigeriassa, minkä lisäksi Ibadanin yliopisto on tehnyt joitain sekvensointeja nigerialaisesta aineistosta yhdysvaltalaisen Northwestern-yliopiston kanssa.[117] 16. helmikuuta 2021 mennessä muunnosta on löydetty 17 valtiosta, mukaan luettuna Nigeria, Britannia ja Tanska sekä Suomi, Alankomaat, Australia, Belgia, Espanja, Ghana, Irlanti, Japani, Jordania, Kanada, Mayotte, Norja, Ranska, Singapore, ja Yhdysvallat. Monet tartuntaketjuista kytkeytyvät liittyvät Nigeriaan, jossa 15. helmikuuta 2021 mennessä muunnos on noussut merkittävimmäksi viruskannaksi.[118] [55][119][120][118][121][122][123][124][125][99][117][126]
Theeta P.3 B.1.1.28.3, VUI-21MAR-02  Filippiinit 18. helmikuuta 2021 E484K, N501Y, P681H, 141-143 välinen deleetio korkeampi kuin muilla samaan kehityslinjaan kuuluvilla — — Filippiinit, Yhdysvallat, Saksa, Malesia, Britannia [127]
Ioota[33] B.1.526 "New Yorkin muunnos", 20C  Yhdysvallat marraskuu 2020- E484K tai S477N, N501Y (ja L5F, T95I, D253G, D614G, A701V) tunnetaan huonosti (todennäköisesti kohonnut) tunnetaan huonosti toistaiseksi erityisesti Yhdysvallat (helmikuun 2021 puolivälissä 27 prosenttia New Yorkin tartunnoista tätä kantaa) [40][128][129][130]
Kappa[35] B.1.617.1 VUI-21APR-01  Intia 3. maaliskuuta 2020 — — — Intia, Britannia, Kanada, Yhdysvallat, Irlanti [131]
Lambda[111] C.37[111] Peru[111] joulukuu 2020[111] Heinäkuussa 2021 arveltiin, että rokotteet tehoavat tähän varianttiin huonommin kuin useimpiin muihin.[132]
Myy[111] B.1.621[111] Kolumbia[111] tammikuu 2021[111]
Omikron[133][134][135] B.1.1.529[136] Botswana[78], Etelä-Afrikka[136] marraskuu 2021[136] Paikallinen. Ensimmäiset tapaukset Botswanassa. [137] Suurin osa todetuista tapauksista Etelä-Afrikassa Gautengissa. [69] Ensimmäinen eteläisen Afrikan ulkopuolella todettu tartunta Hongkongissa, jossa se tarttui karanteenihotellissa Etelä-Afrikasta saapuneelta matkailijalta toiselle. [78] Seuraavaksi yksi tapaus havaittiin Malawilta saapuneella matkailijalla Israelissa.[138] Ensimmäinen tapaus Euroopassa havaittiin Belgiassa 26.11. Egyptissä ja Turkissa matkailleella naisella. [139] Monet maat, mukaan lukien EU ja Britannia, suunnittelevat tai ovat tehneet tiukennuksia matkustusrajoituksiin eteläisestä Afrikasta. Variantin on arvioitu olevan mahdollisesti rokotesuojaa kiertävä.[140]

Lähteet

[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]
  1. ↑ Johannes Blom ja Tarja Sironen (haastateltavat): Ylen aamu: Virusmuunnos, variantti, mutaatio (videotallenne, kesto 14 minuuttia 57 sekuntia) 5.2.2021. areena.yle.fi. Viitattu 26.2.2021.
  2. ↑ a b COVID-19-epidemian hybridistrategian seuranta – tilannearvioraportti 24.2.2021 (pdf) 24.2.2021. thl.fi. Viitattu 25.2.2021.
  3. ↑ Johannes Blom ja Meeri Niinistö: Suomesta löytyi uusi koronavariantti 17.2.2021. yle.fi. Viitattu 26.2.2021.
  4. ↑ a b Anne Seppänen: Koronaviruksen sekvensointia pyritään laajentamaan koko Suomeen laakarilehti.fi. 5.1.2021. Viitattu 26.2.2021.
  5. ↑ Anne Seppänen: Ajan pelaaminen koronaviruksen muunnosten kanssa kannattaa laakarilehti.fi. 25.1.2021. Viitattu 26.2.2021.
  6. ↑ Pauliina Happo ja Meeri Niinistö: Suomessa todettu 14 uutta, muuntunutta koronavirustartuntaa – 4.1.2021. yle.fi. Viitattu 26.2.2021.
  7. ↑ a b SARS-CoV-2 Variants 31.1.2021, updated. cdc.gov. Viitattu 26.2.2021. (englanniksi)
  8. ↑ a b Koronavirus | Deltamuunnoksesta tuli Suomen valtavirus: Muunnosta jo yli 80 prosentissa tutkituista näytteistä Helsingin Sanomat. 9.7.2021. Viitattu 26.11.2021.
  9. ↑ Statement on the sixth meeting of the International Health Regulations (2005) Emergency Committee regarding the coronavirus disease (COVID-19) pandemic 15.1.2021. who.int. Viitattu 25.2.2021. (englanniksi)
  10. ↑ Koronan virusmuunnokset saivat uudet nimet: WHO kertoi kaksi syytä muutokselle Ilta-Sanomat. 1.6.2021. Viitattu 26.11.2021.
  11. ↑ a b Risk assessment on COVID-19, 15 February 2021 15.2.2021. ecdc.europa.eu. Viitattu 26.2.2021. (englanniksi)
  12. ↑ Ewen Callaway & Heidi Ledford: How to redesign COVID vaccines so they protect against variants. Määritä julkaisu!29.1.2021. nature.com. Artikkelin verkkoversio. Viitattu 27.2.2021. (englanniksi)
  13. ↑ Phuoc Truong Nguyen, Ilya Plyusnin, Tarja Sironen, Olli Vapalahti, Ravi Kant, Teemu Smura: HaVoC, a bioinformatic pipeline for reference-based consensus assembly and lineage assignment for SARS-CoV-2 sequences 2021. biorxiv.org (preprint). Viitattu 2021-2-25. (englanniksi)
  14. ↑ a b c E. Alm, E. K. Broberg, et. al.: Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020. Euro Surveillance, 2020, 25. vsk, nro 32. PubMed:32794443 PubMed Central:7427299 doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410 (englanniksi)
  15. ↑ Taulukko on muunnelma ja laajennus Alm et al. kuvasta 1 (2020).
  16. ↑ a b c d A Rambaut et al: A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology. Nature Microbiology, 2020, 5. vsk, nro 11, s. 1403–1407. doi:10.1038/s41564-020-0770-5 ISSN 2058-5276 Artikkelin verkkoversio.
  17. ↑ a b c d Trevor Bedford, Emma B. Hodcroft, Richard A. Neher: Updated Nextstrain SARS-CoV-2 clade naming strategy (at least one of the following criteria must be met in order to count as a clade in the Nextstrain system (quote from source): "1. A clade reaches >20% global frequency for 2 or more months, 2. A clade reaches >30% regional frequency for 2 or more months, 3. A VOC (‘variant of concern’) is recognized (applies currently [6 January 2021] to 501Y.V1 and 501Y.V2)") 6.1.2021. nextstrain.org. Viitattu 25.2.2021. (englanniksi)
  18. ↑ Anna Zhukova, Luc Blassel, et al.: Origin, evolution and global spread of SARS-CoV-2. Comptes Rendus Biologies, 24.11.2020, s. 1–20. PubMed:33274614 doi:10.5802/crbiol.29 Artikkelin verkkoversio. (englanniksi)
  19. ↑ a b Toisessa lähteessä GISAID mainitsee 7 kladia ilman O kladia, mutta sisätäen GV kladin.
  20. ↑ a b Wenjuan Zhang, Brian Davis, et al.: Emergence of a novel SARS-CoV-2 strain in Southern California, USA. Määritä julkaisu!2021. doi:10.1101/2021.01.18.21249786 S2CID:231646931 Artikkelin verkkoversio.
  21. ↑ PANGO lineages-Lineage B.1.1.28 cov-lineages.org. Viitattu 4.2.2021. (englanniksi)
  22. ↑ clade tree (from 'Clade and lineage nomenclature') gisaid.org. 4 July 2020. Viitattu 7 January 2021.
  23. ↑ a b Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes. Bulletin of the World Health Organization, June 2020, 98. vsk, nro 7, s. 495–504. ”We detected in total 65776 variants with 5775 distinct variants.” PubMed:32742035 PubMed Central:7375210 doi:10.2471/BLT.20.253591 ISSN 0042-9686 Artikkelin verkkoversio. (englanniksi)
  24. ↑ Hertta Vierula: Uuden Fin-796H-koronavariantin koko genomi on määritetty laakarilehti.fi. 24.2.2021. Viitattu 28.2.2021.
  25. ↑ According to the WHO, "[l]ineages or clades can be defined based on viruses that share a phylogenetically determined common ancestor".
  26. ↑ WHO Headquarters: ”3.6 Considerations for virus naming and nomenclature”, SARS-CoV-2 genomic sequencing for public health goals: Interim guidance, 8 January 2021, s. 6. World Health Organization, 8 January 2021. Teoksen verkkoversio. (englanniksi)
  27. ↑ Hadfield, J.; Megill, C; Bell, S.M.; Huddleston, J.; Potter, B.; Callender, C.: Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution. Bioinformatics, May 2018, 34. vsk, nro 23, s. 4121–4123. PubMed:29790939 PubMed Central:6247931 doi:10.1093/bioinformatics/bty407 Artikkelin verkkoversio.
    ———: Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution. Määritä julkaisu!November 2017. doi:10.1101/224048 S2CID:196637131 Artikkelin verkkoversio.
  28. ↑ Nextclade (What are the clades?) clades.nextstrain.org. Arkistoitu 19 January 2021. Viitattu 19 January 2021.
  29. ↑ Phylogenetic analysis of SARS-CoV-2 diversity in Europe - Finland (nextstrain.org -verkkosivulla on ilmeinen virhe tekstissä maanimen kohdalla, kun haulla FIN kerättyä aineistoa nimitetään Sveitsiksi (Switzerland). Suomalaisen aineiston julkaisijana useimmiten Teemu Smura et al./ Huslab) nextstrain.org. Viitattu 25.2.2021. (englanniksi)
  30. ↑ cov-lineages/pangolin: Software package for assigning SARS-CoV-2 genome sequences to global lineages Github. Viitattu 2 January 2021.
  31. ↑ Lineages cov-lineages.org. Viitattu 24 December 2020.
  32. ↑ Global phylogeny, updated by Nextstrain 18 January 2021. GISAID. Viitattu 19 January 2021. (englanniksi)
  33. ↑ a b c d e f g h Tracking SARS-CoV-2 variants www.who.int. Viitattu 1.6.2021. (englanniksi)
  34. ↑ Jacqueline Howard CNN: WHO's new naming system for coronavirus variants uses Greek alphabet CNN. Viitattu 1.6.2021.
  35. ↑ a b c Tracking SARS-CoV-2 variants www.who.int. Viitattu 1.6.2021. (englanniksi)
  36. ↑ a b c d e f CDC: Emerging SARS-CoV-2 Variants Centers for Disease Control and Prevention. Viitattu 4.1.2021. (englanniksi) Artikkeli sisältää tekstiä tästä tekijänoikeuksiltaan vapaasta lähteestä.
  37. ↑ IDSA: COVID "Mega-variant" and eight criteria for a template to assess all variants sciencespeaksblog.org. 2.2.2021. Viitattu 27.2.2021. (englanniksi)
  38. ↑ Jonathan Corum & Carl Zimmer: Coronavirus Variants and Mutations nytimes.com. Viitattu 25.2.2021. (englanniksi)
  39. ↑ SARS-CoV-2 Variants 31.12.2020. who.int. Viitattu 25.2.2021. (englanniksi)
  40. ↑ a b c d e New COVID-19 In-Depth Report: Summary of SARS-CoV-2 Novel Variants 8.2.2021. washington.edu. Viitattu 26.2.2021. (englanniksi)
  41. ↑ Tracking SARS-CoV-2 variants www.who.int. Viitattu 26.11.2021. (englanniksi)
  42. ↑ Covid: Ireland, Italy, Belgium and Netherlands ban flights from UK. BBC News, 20.12.2020. Artikkelin verkkoversio. (englanniksi)
  43. ↑ Meera Chand, Susan Hopkins, et al.: Investigation of novel SARS-COV-2 variant: Variant of Concern 202012/01 21.12.2020. Public Health England. Viitattu 27.2.2021.
  44. ↑ Andrew Rambaut, Nick Loman, et al.: Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations 2020. Written on behalf of COVID-19 Genomics Consortium UK. Viitattu 20.12.2021. (englanniksi)
  45. ↑ Kai Kupferschmidt: Mutant coronavirus in the United Kingdom sets off alarms but its importance remains unclear sciencemag.org. 20.12.2020. Viitattu 27.2.2021. (englanniksi)
  46. ↑ Estimated transmissibility and severity of novel SARS-CoV-2 Variant of Concern 202012/01 in England 23.12.2020. CMMID Repository, Centre for the Mathematical Modelling of Infectious Diseases (CMMID). London School of Hygiene & Tropical Medicine (LSHTM). Viitattu 28.2.2021.
  47. ↑ a b Gallagher, James: Coronavirus: UK variant 'may be more deadly'. BBC News, 22.1.2021. Artikkelin verkkoversio.
  48. ↑ Peter Horby, Catherine Huntley, et al.: NERVTAG paper on COVID-19 variant of concern B.1.1.7: NERVTAG update note on B.1.1.7 severity (2021-02-11) assets.publishing.service.gov.uk. 11.2.2021. Viitattu 28.2.2021. (englanniksi)
  49. ↑ Theoretical Biology, Institute for Integrative Biology (IBZ), ETH Zürich: Covid Dashboard: SARS-CoV-2 Variants of Concern in Switzerland (B.1.1.7 Variant - International Comparison) x.2.2021. ETH Zürich via Github. Viitattu 28.2.2021. (englanniksi)
  50. ↑ Status for udvikling af SARS-CoV-2 Variants of Concern (VOC)i Danmark 27.2.2021. Statens Serum Institut, ssi.dk. Viitattu 28.2.2021. (tanskaksi)
  51. ↑ COVID-19-epidemian hybridistrategian seurantaErilliskatsaus, vaihtuva teemaMuuntuneiden koronavirusten seuranta 17.2.2021. thl.fi. Viitattu 1.3.2021. (suomeksi)
  52. ↑ a b c d e f g h i j k Terveyden ja hyvinvoinnin laitos: COVID-19-epidemian hybridistrategian seuranta – tilannearvioraportti 9.2.2022. Kuvaaja 10 s.15: Tartuntatautirekisteriin kirjatut koronaviruslinjat. https://thl.fi/documents/533963/5860112/COVID-19-epidemian+hybridistrategian+seurantaraportti+9.2.2022.pdf (Arkistoitu – Internet Archive)
  53. ↑ a b Public Health England: Variants: distribution of cases data gov.uk. 18.2.2021. Viitattu 27.2.2021. (englanniksi)
  54. ↑ a b South Africa announces a new coronavirus variant The New York Times. 18.12.2020. Viitattu 1.3.2021. (englanniksi)
  55. ↑ a b c d e COVID-19 Weekly epidemiological update - 25 February 2021 (pdf) 25.2.2021. who.int. Viitattu 28.2.2021. (englanniksi)
  56. ↑ a b Lesley Wroughton, Max Bearak: South Africa coronavirus: Second wave fueled by new strain, teen 'rage festivals' The Washington Post, washingtonpost.com. 18.12.2020. Viitattu 1.3.2021. (englanniksi)
  57. ↑ Dr. Zwelini Mkhize: Update on Covid-19 (18th December 2020) sacoronavirus.co.za. 18.12.2020. ”Our clinicians have also warned us that things have changed and that younger, previously healthy people are now becoming very sick.” Viitattu 1.3.2021. (englanniksi)
  58. ↑ Japan finds new coronavirus variant in travelers from Brazil Japan Today. Viitattu 21.12.2021.
  59. ↑ a b Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings virological.org. Viitattu 12.1.2021.
  60. ↑ P1 cov-lineages.org. Viitattu 21.12.2021.
  61. ↑ Intian virusmuunnoksesta on löytynyt yksittäisiä tapauksia Euroopassa Yle Uutiset. Viitattu 25.4.2021.
  62. ↑ Intiasta löydetty koronan ”tuplamuunnos” leviää nopeasti Ilta-Sanomat. 22.4.2021. Viitattu 25.4.2021.
  63. ↑ a b #author.fullName}: Delta covid-19 variant (B.1.617) New Scientist. Viitattu 26.11.2021. (englanti)
  64. ↑ CDC: Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Centers for Disease Control and Prevention. 11.2.2020. Viitattu 26.11.2021. (englanti)
  65. ↑ Muuntuneet koronavirukset Terveyden ja hyvinvoinnin laitos. Arkistoitu 26.11.2021. Viitattu 26.11.2021.
  66. ↑ Rapid Risk Assessment: Assessing SARS-CoV-2 circulation, variants of concern, non-pharmaceutical interventions and vaccine rollout in the EU/EEA, 16th update European Centre for Disease Prevention and Control. 30.9.2021. Viitattu 26.11.2021. (englanniksi)
  67. ↑ Covid: Vietnam detects new UK-Indian variant, health officials say BBC News. 29.5.2021. Viitattu 30.5.2021. (englanti)
  68. ↑ a b Etelä-Afrikassa tunnistettu koronavirusmuunnos on ”merkittävin tähän asti” Helsingin Sanomat. 25.11.2021. Viitattu 26.11.2021.
  69. ↑ a b New Covid variant: How worried should we be? BBC News. 25.11.2021. Viitattu 26.11.2021. (englanti)
  70. ↑ a b Miksi omikronvirus on niin huolestuttava? 9 kysymystä ja vastausta uudesta koronamuunnoksesta Ilta-Sanomat. 27.11.2021. Viitattu 27.11.2021.
  71. ↑ a b Mikä ihmeen B.1.1.529? Uusi eteläafrikkalainen virusmuunnos leviää ärhäkästi Yle Uutiset. 26.11.2021. Viitattu 26.11.2021.
  72. ↑ a b Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern www.who.int. Viitattu 27.11.2021. (englanniksi)
  73. ↑ Omicron’s full impact will be felt in countries where fewer are vaccinated the Guardian. 27.11.2021. Viitattu 27.11.2021. (englanniksi)
  74. ↑ ECDC publishes Threat assessment brief - Emergence of SARS-CoV-2 variant B.1.1.529 European Centre for Disease Prevention and Control. 26.11.2021. Viitattu 27.11.2021. (englanniksi)
  75. ↑ Uusi huolestuttava koronavirusmuunnos omikron (B.1.1.529) Terveyden ja hyvinvoinnin laitos. Arkistoitu 27.11.2021. Viitattu 27.11.2021.
  76. ↑ Christina Maxouris: What we know about the Omicron variant CNN. Viitattu 27.11.2021.
  77. ↑ Eteläafrikkalainen koronamuunnos sai nimekseen omikron Yle Uutiset. 26.11.2021. Viitattu 27.11.2021.
  78. ↑ a b c Ewen Callaway: Heavily mutated coronavirus variant puts scientists on alert. Nature, 25.11.2021. doi:10.1038/d41586-021-03552-w Artikkelin verkkoversio. (englanti)
  79. ↑ Israel detects its first case of new, highly mutated COVID-19 strain www.timesofisrael.com. Viitattu 27.11.2021. (englanti)
  80. ↑ Reuters: Belgium detects first case of new COVID-19 variant in Europe Reuters. 26.11.2021. Viitattu 27.11.2021. (englanniksi)
  81. ↑ Neue Corona-Variante: Bayern meldet zwei Omikron-Fälle www.zdf.de. Viitattu 27.11.2021. (saksa)
  82. ↑ https://twitter.com/sajidjavid/status/1464594748795146240 Twitter. Viitattu 27.11.2021.
  83. ↑ Covid, un caso di variante Omicron in Campania: isolati tutti i contatti la Repubblica. 27.11.2021. Viitattu 27.11.2021. (italia)
  84. ↑ Suspected Omicron Covid cases found in Germany and Czech Republic the Guardian. 27.11.2021. Viitattu 27.11.2021. (englanniksi)
  85. ↑ Amt der Tiroler Landesregierung: Ein Verdachtsfall auf Virus-Mutation B.1.1.529 Land Tirol. Viitattu 27.11.2021. (saksa)
  86. ↑ Etelä-Afrikasta saapuneet lentomatkustajat eristettiin Amsterdamissa Yle Uutiset. 27.11.2021. Viitattu 27.11.2021.
  87. ↑ a b Koronavirusmuunnokset jätevedessä Terveyden ja hyvinvoinnin laitos. Viitattu 21.4.2022.
  88. ↑ https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20220322_weekly_epi_update_84.pdf
  89. ↑ a b c Koronaviruksen jätevesiseuranta: omikronin uusimmat alalinjat yleisimpiä koronavirusmuunnoksia Suomessa Terveyden ja hyvinvoinnin laitos. Viitattu 11.8.2022.
  90. ↑ Koronavirus | Turussa todettiin Suomen ensimmäinen uuden omikronmuunnoksen aiheuttama tartunta: Mitä muunnoksesta tiedetään? Helsingin Sanomat. 19.5.2022. Viitattu 1.6.2022.
  91. ↑ a b c d Koronaviruksen uutta krakenmuunnosta löytyi ensimmäistä kertaa Suomesta Yle Uutiset. 13.1.2023. Viitattu 15.1.2023.
  92. ↑ a b c Suomeen saapunut uusi omikronmuunnos XBB.1.5 on tähänastisista tarttuvin Yle Uutiset. 14.1.2023. Viitattu 15.1.2023.
  93. ↑ Rokotuskaaos | THL jyrähtää: Rokotuksia ei ole hoidettu parhaalla mahdollisella tavalla Helsingin Sanomat. 7.11.2023. Viitattu 10.11.2023.
  94. ↑ Uusi koronamuunnos EG.5 eli ”Eris” on levinnyt myös Suomeen Yle Uutiset. 11.8.2023. Viitattu 13.8.2023.
  95. ↑ a b c Uusi koronavariantti rantautui Suomeen Ilta-Sanomat. 11.12.2023. Viitattu 11.12.2023.
  96. ↑ B.1.1.7 report cov-lineages.org. Viitattu 29.1.2021.
  97. ↑ Tracking of variants: VUI202012/01 GR/501Y.V1 (B.1.1.7) GISAID. Viitattu 19 February 2021.
  98. ↑ "—" tarkoittaa ettei luotettavia lähteitä löytynyt viitteiksi.
  99. ↑ a b Cara Anna: Africa CDC: New virus variant appears to emerge in Nigeria. Määritä julkaisu!24.12.2020. The Associated Press, apnews.com. Artikkelin verkkoversio. Viitattu 26.2.2021. (englanniksi)
  100. ↑ Detection of SARS-CoV-2 P681H Spike Protein Variant in Nigeria. Määritä julkaisu!2020-12. virological.org. Artikkelin verkkoversio. Viitattu 26.2.2021. (englanniksi)
  101. ↑ a b c ECDC: Risk related to the spread of new SARS-CoV-2 variants of concern in the EU/EEA - first update ecdc.europa.eu. 21.1.2021. Viitattu 2.2.2021.
  102. ↑ Chand et al. "Potential impact of spike variant N501Y" (p. 6)
  103. ↑ Ria Lassaunière: SARS-CoV-2 spike mutations arising in Danish mink and their spread to humans 11.11.2020. Statens Serum Institut. Arkistoitu 10 November 2020. Viitattu 11 November 2020. (englanniksi)
  104. ↑ SARS-CoV-2 mink-associated variant strain – Denmark 6 November 2020. World Health Organization. Viitattu 16 January 2021.
  105. ↑ De fleste restriktioner lempes i Nordjylland 19 November 2020. Sundheds- og Ældreministeriet. ”Sekventeringen af de positive prøver viser samtidig, at der ikke er påvist yderligere tilfælde af minkvariant med cluster 5 siden den 15. september, hvorfor Statens Serums Institut vurderer, at denne variant med stor sandsynlighed er døet ud. ("With high probability [...] died out")” Viitattu 16 January 2021.
  106. ↑ Derek Lowe: The New Mutations 22 December 2020. American Association for the Advancement of Science. ”I should note here that there's another strain in South Africa that is bringing on similar concerns. This one has eight mutations in the Spike protein, with three of them (K417N, E484K and N501Y) that may have some functional role.” Viitattu 23 December 2020. (englanniksi)
  107. ↑ a b Kai Kupferschmidt: New coronavirus variants could cause more reinfections, require updated vaccines. Science, 15 January 2021. American Association for the Advancement of Science. doi:10.1126/science.abg6028 Artikkelin verkkoversio.
  108. ↑ Coronavirus variants and mutations: The science explained. BBC News, 6.1.2021. Artikkelin verkkoversio. (englanti)
  109. ↑ NIID (National Institute of Infectious Diseases) (12 January 2021). "Brief report: New Variant Strain of SARS-CoV-2 Identified in Travelers from Brazil" (in (englanniksi)). Press release. https://www.niid.go.jp/niid/images/epi/corona/covid19-33-en-210112.pdf. Retrieved 2021-01-14. 
  110. ↑ a b Kai Kupferschmidt: New mutations raise specter of 'immune escape'. Science, January 22, 2021, 371. vsk, nro 6527, s. 329–330. PubMed:33479129 doi:10.1126/science.371.6527.329 Artikkelin verkkoversio. (englanniksi)
  111. ↑ a b c d e f g h i j k l m n o p Tracking SARS-CoV-2 variants www.who.int. Viitattu 26.11.2021. (englanniksi)
  112. ↑ Voloch, Carolina M.; et al. (2020). "Genomic characterization of a novel SARS-CoV-2 lineage from Rio de Janeiro, Brazil" full text (see figure 5). Retrieved 15 January 2021. doi:10.1101/2020.12.23.20248598 – via medRxiv.
  113. ↑ Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings virological.org. 12.1.2021. Viitattu 23.1.2021. (englanniksi)
  114. ↑ Lovett, Samuel: What we know about the new Brazilian coronavirus variant. The Independent, 14 January 2021. London. Artikkelin verkkoversio.
  115. ↑ Meredith Wadman: California coronavirus strain may be more infectious—and lethal Science, sciencemag.org. 23.2.2021. Viitattu 26.2.2021. (englanniksi)
  116. ↑ P.2 Cov-lineages.org. Viitattu 21.12.2021.
  117. ↑ a b Statement of variants of SARS-CoV-2 in Nigeria. Määritä julkaisu!19.2.2021. Nigeria CDC, ncdc.gov.ng. Artikkelin verkkoversio. Viitattu 26.2.2021. (englanniksi)
  118. ↑ a b B.1.525 Rambaut Group, University of Edinburgh. 15 February 2021. PANGO Lineages. Viitattu 16 February 2021.
  119. ↑ Status for udvikling af SARS-CoV-2 Variants of Concern (VOC) i Danmark 18 February 2021. Statens Serum Institut, ssi.dk. Viitattu 18 February 2021. (tanskaksi)
  120. ↑ Varianten van het coronavirus SARS-CoV-2 16 February 2021. Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu, RIVM. Viitattu 16 February 2021. (hollanti)
  121. ↑ A coronavirus variant with a mutation that 'likely helps it escape' antibodies is already in at least 11 countries, including the US. Määritä julkaisu!16.2.2021. Business Insider. Artikkelin verkkoversio.
  122. ↑ En ny variant av koronaviruset er oppdaget i Norge. Hva vet vi om den? Määritä julkaisu!18 February 2021. Aftenposten. Artikkelin verkkoversio. (norja)
  123. ↑ Cullen, Paul: Coronavirus: Variant discovered in UK and Nigeria found in State for first time. Määritä julkaisu!25.2.2021. The Irish Times. Artikkelin verkkoversio. Viitattu 25.2.2021.
  124. ↑ Gabija Gataveckaite: First Irish case of B1525 strain of Covid-19 confirmed as R number increases. Määritä julkaisu!25.2.2021. Irish Independent. Artikkelin verkkoversio. Viitattu 26.2.2021. (englanniksi)
  125. ↑ Michelle McGlynn: Nphet confirm new variant B1525 detected in Ireland as 35 deaths and 613 cases confirmed. Määritä julkaisu!25.2.2021. Irish Examiner. Artikkelin verkkoversio. Viitattu 25.2.2021.
  126. ↑ William A. Haseltine: A New Covid-19 Variant From Nigeria Raises Increased Concerns For Containment And Vaccination. Määritä julkaisu!24.2.2021. forbes.com. Artikkelin verkkoversio. Viitattu 26.2.2021. (englanniksi)
  127. ↑ P.3 Cov-lineages.org. Viitattu 21.12.2021.
  128. ↑ Anthony P. West Jr., Christopher O. Barnes, Zhi Yang, Pamela J. Bjorkman: SARS-CoV-2 lineage B.1.526 emerging in the New York region detected by software utility created to query the spike mutational landscape (vertaisarvioimaton ennakkojulkaisu, doi: https://doi.org/10.1101/2021.02.14.431043)+medrxiv.org. 2.2021. Viitattu 26.2.2021. (englanniksi)
  129. ↑ Medini K Annavajhala, Hiroshi Mohri, Jason E Zucker, Zizhang Sheng, Pengfei Wang, Angela Gomez-Simmonds, David D Ho, Anne-Catrin Uhlemann: A Novel SARS-CoV-2 Variant of Concern, B.1.526, Identified in New York (vertaisarvioimaton ennakkojulkaisu, doi: https://doi.org/10.1101/2021.02.23.21252259)+medrxiv.org. 23.2.2021. Viitattu 26.2.2021. (englanniksi)
  130. ↑ Apoorva Mandavilli: A New Coronavirus Variant Is Spreading in New York, Researchers Report New York Times, nytimes.com. 24.2.2021. Viitattu 26.2.2021. (englanniksi)
  131. ↑ B.1.617.1 Cov-lineages.org. Viitattu 21.12.2021.
  132. ↑ Covid-19: Lambda Variant may be more resistant to vaccines than other strains WION. Viitattu 21.12.2021.
  133. ↑ Peta Thornycroft, Will Brown: Will the ‘Nu’ variant bypass vaccines? South African experts say it will take ‘weeks’ to find out The Telegraph. 26.11.2021. Viitattu 26.11.2021. (englanti)
  134. ↑ Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern www.who.int. Viitattu 27.11.2021. (englanniksi)
  135. ↑ https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/
  136. ↑ a b c B.1.1.529 Covid variant ‘most worrying we’ve seen’, says top UK medical adviser the Guardian. 26.11.2021. Viitattu 26.11.2021. (englanniksi)
  137. ↑ Scientists warn of new Covid variant with high number of mutations the Guardian. 24.11.2021. Viitattu 26.11.2021. (englanniksi)
  138. ↑ Israel detects its first case of new, highly mutated COVID-19 strain www.timesofisrael.com. Viitattu 26.11.2021. (englanti)
  139. ↑ Lucy Campbell (now); Martin Belam, Samantha Lock (earlier), Daniel Boffey, Kate Connolly, Tobi Thomas: Covid live: first European case of B.1.1.529 variant identified in Belgium The Guardian. 26.11.2021. Viitattu 26.11.2021. (englanti)
  140. ↑ Stephanie Nebehay: WHO meets to designate new variant, cautions against travel measures Reuters. 26.11.2021. Viitattu 26.11.2021. (englanniksi)

Aiheesta muualla

[muokkaa | muokkaa wikitekstiä]
Käännös suomeksi
Käännös suomeksi
Tämä artikkeli tai sen osa on käännetty tai siihen on haettu tietoja muunkielisen Wikipedian artikkelista.
Alkuperäinen artikkeli: en:Variants of SARS-CoV-2
Noudettu kohteesta ”https://fi.wikipedia.org/w/index.php?title=SARS-CoV-2-virusmuunnokset&oldid=22639530”