רואיס, המכונה 'הדג הקטן', החל את הקריירה שלו בקבוצת מוניסיפל, מועדון כדורגל מעיר הולדתו, גואטמלה סיטי. הוא שיחק תקופה קצרה בפאס יואנינה היוונית, ובינואר2002, חתם בלוס אנג'לס גלאקסי. בעונתו הראשונה ב-MLS הוא כבש 24 שערים שזיכו אותו בתואר מלך השערים, הוביל את הגלאקסי לזכייה באליפות הליגה וזכה בתואר שחקן השנה. בפלייאוף הוא כבש שמונה שערים ובישל שני בישולים. בעונתו השנייה בקבוצה, הוא והקבוצה ירדו ביכולתם, אך למרות זאת רואיס סיים שוב כמלך השערים של הליגה. ב-2004, רואיס סיים עם 11 שערים בלבד.
בשנת 2005, לאחר שלנדון דונובן הודיע על חזרתו ל-MLS, הגלאקסי החליטו לשלוח את רואיס בטרייד לדאלאס. בדאלאס, כבש רואיס 11 שערים ובישל שני בישולים. בפלייאוף הוסיף רואיס עוד שני שערים מול קולורדו ראפידס, אבל דאלאס הודחו בבעיטות פנדלים. ב-2008 חזר רואיס ללוס אנג'לס גלאקסי, אך עוד באותה שנה עבר לקבוצה הקנדיתטורונטו. ב-2009 הוא עבר לשחק בפרגוואי כאשר הצטרף לאולימפיה, ובקיץ אותה שנה עבר לפואבלה המקסיקנית.
