Fondato nel 1906, i colori del club sono stati tradizionalmente bianco, giallo e rosso, che sono anche presenti sulla bandiera della città. Tuttavia, lo sponsor Mondi Business Paper SCP ha introdotto nuovi colori nel 2005: arancione, bianco e nero.
Nel 1993 il club ottenne la promozione nella Second Division slovacca per la prima volta e una seconda promozione nella Liga del Corgo nel 1997. La bacheca dei trofei del club rimase vuota fino al loro centenario, quando nel 2006 vinsero sia il titolo della Corgoň Liga sia il campionato slovacco, trionfo ottenuto con l'aiuto del capocannoniere Erik Jendrišek che realizzó 21 reti. Altre stelle della squadra in questa stagione di successo furono Jan Nezmar e Marek Sapara. La squadra è stata allenata a quel tempo da František Komňacký che, nel febbraio 2007, si è trasferito allo SKVO Rostov-on-Don.
La vittoria in campionato li ha fatti entrare nella seconda fase di qualificazione della UEFA Champions League 2006-2007 dove hanno eliminato la squadra svedese del Djurgårdens IF, ottenendo una sconfitta per 1-0 in trasferta, ribaltata poi al ritorno. Il turno successivo li ha visti incontrare i campioni russi del CSKA Mosca, che si sono imposti con 5 gol di scarto.
Nella Superliga 2016-2017 il club si piazza al terzo posto, guadagnandosi un posto per le qualificazioni di UEFA Europa League 2017-2018; qui gli slovacchi eliminano prima i serbi del Vojvodina ed in seguito i norvegesi del Brann (in entrambi i casi subendo una sconfitta all’andata, ribaltata poi al ritorno). Al terzo turno, però, nulla possono contro i più quotati dell’Everton, perdendo entrambi i match per 1-0.