De club werd in 1913 opgericht als Club Deportivo Basconia. In de periode van dictator Francisco Franco stond de club bekend onder de verspaanste naam CD Vasconia. In de loop der jaren speelde CD Baskonia zes seizoenen in de Segunda División A, acht seizoenen in de Segunda División B en 42 seizoenen in de Tercera División. In 1959 werd een basketbalafdeling opgericht, die later zelfstandig werd onder de naam Saski Baskonia. Tot 1997 was CD Baskonia een zelfstandige club, maar sindsdien wordt de club beschouwd als een reserveteam van Athletic de Bilbao. CD Baskonia kan hierdoor ook niet promoveren naar de Segunda B, waarin Bilbao Athletic speelt.
Daniel Aranzubía
Aymeric Laporte
· 
· 