Naomoto begon haar carrière in 2007 bij Fukuoka J. Anclas. Ze tekende in 2012 bij Urawa Reds. Met deze club werd zij in 2014 kampioen van Japan. Ze tekende in 2018 bij Freiburg.
Naomoto nam met het Japans nationale elftal O17 deel aan het WK onder 17 in 2010[1] en Japan behaalde zilver op de wereldkampioenschap. Zij nam met het Japans nationale elftal O20 deel aan het WK onder 20 in 2012[1] en Japan behaalde brons op de wereldkampioenschap.