Op zesjarige leeftijd verloor Santisteban zijn beide ouders in de Spaanse Burgeroorlog. Hij groeide op in een weeshuis. Op vijftienjarige leeftijd speelde Santisteban met een jeugdelftal tegen Real Madrid, dat dusdanig onder de indruk was dat het hem contracteerde.
Santisteban speelde als middenvelder bij Real Madrid (1955-1961, 1963-1964), AC Venezia (1961-1963), Real Betis (1964-1966) en Baltimore Bays (1967-1968). Met Real Madrid won hij vijfmaal de Europacup I. De middenvelder kwam tussen 1957 en 1959 zevenmaal uit voor het Spaans nationaal elftal. Santisteban debuteerde op 6 november 1957 tegen Turkije en hij speelde op 28 februari 1959 tegen Italië zijn laatste interland.
In 1970 begon Santisteban als trainer in de jeugdopleiding van Real Madrid, de cantera. Vervolgens was hij assistent-trainer bij het eerste elftal. Sinds 1988 is Santisteban werkzaam bij de Spaanse voetbalbond RFEF als trainer van de jeugdelftallen. Onder zijn leiding werd zesmaal het Europees kampioenschap veroverd op het EK onder 17 (1988, 1991, 1997, 1999, 2001, 2007).