Jmol

	Jmol
	; Logo ; Trojdimenzionálna štruktúra strepavidínu zobrazená pomocou Jmolu
Základné informácie
Vývojár	tím vývojárov Jmolu
Posledná stabilná verzia	14.31.34, 7. marec 2021
Vyvinutý v	Java; JavaScript (JSmol)
Operačný systém	Multiplatformový softvér
Lokalizácia	angličtina, čeština, čínstina, dánčina, francúzština, holandčina, indonézština, katalánčina, kórejčina, maďarčina, nemčina, portugalčina, španielčina, taliančina, turečtina, ukrajinčina
Typ softvéru	molekulové modelovanie
Licencia	LGPL 2.0
Ďalšie odkazy
Webová stránka	www.jmol.org
	Pozri aj Informačný portál

Jmol je počítačový softvér na molekulové modelovanie chemických štruktúr v 3 dimenziách.^[2] Jmol vykresľuje 3D reprezentáciu molekuly, ktorú možno použiť vo výuke^[3] alebo vo výskume, napríklad chemickom alebo biochemickom. Jmol je napísaný v jazyku Java, takže funguje na operačných systémoch Windows, macOS, Linux a Unix, ak je Java nainštalovaná.^[3] Je to free and open source softvér vydaný pod lincenciou GNU Lesser General Public License verziou 2.0.^[3] Existujú i samostatná aplikácia a software development kit,^[3] ktoré možno integrovať do iných aplikácií využívajúcich Javu, napríklad Bioclipse alebo Taverna.^{[chýba zdroj]}

Populárnym spôsobom použitia Jmolu je využitie appletu, ktorý možno vložiť na webové stránky a zobraziť molekuly rôznymi spôsobmi.^[4] Jmol podporuje mnoho formátov chemických súborov vrátane Protein Data Bank (.pdb), Crystallographic Information File (.cif), MDL molfile (.mol) a Chemical Markup Language (.cml).^[3] Takisto existuje i verzia postavená na JavaScripte (HTML5), JSmol, ktorú možno použiť na počítačoch bez Javy.^[5]

Applet Jmolu okrem iného podporuje i použitie ako alternatívu k Chime plug-inu,^[3] ktorý už nie je aktívne vyvíjaný. I keď Jmol má mnoho funkcií, ktoré Chime nemá, netvrdí, že by sa snažil reprodukovať všetky funkcie Chimeu a chýba hlavne mód Sculpt (mód na úpravu molekúl, napr. konformácií).^{[chýba zdroj]} Chime vyžadoval inštaláciu v podobe plug-inu a Internet Explorer 6.0 či Firefox 2.0 na Windowse alebo Netscape Communicator 4.8 na Mac OS 9.^{[chýba zdroj]} Jmol vyžaduje inštaláciu Javy a funguje na mnohých platformách.^[3] Je funkčný napríklad v Mozille Firefox, Internet Exploreri, Opere, Google Chrome i Safari.^[3]

Galéria

Kryštálová štruktúra H/ACA boxu RNP z Pyrococcus furiosus.
Zvýraznenie dvoch soľných mostíkov v tetraméri hemoglobínu (hem je vpravo dole).
Fragment transkripčného faktoru TFIIIA, ktorý tvorí tri po sebe idúce zinkové prsty viazané na DNA.
Eubakteriálna 70S podjednotka ribozómu z Thermus thermophilus.

↑ Translations : Jmol [online]. Launchpad, 2010-09-14, [cit. 2023-07-28]. Dostupné online. (po anglicky)
↑ CHEN, Jim X.; CHEN, Chunyang. Guide to graphics software tools. London : Springer, 2008. (2. ed.) ISBN 978-1-84800-900-4.
↑ ^a ^b ^c ^d ^e ^f ^g ^h HERRÁEZ, Angel. Biomolecules in the computer: Jmol to the rescue. Biochemistry and Molecular Biology Education, 2006-07, roč. 34, čís. 4, s. 255–261. Dostupné online [cit. 2023-07-28]. DOI: 10.1002/bmb.2006.494034042644. (po anglicky)
↑ HERRÁEZ, Angel; HERRÁEZ, Angel. Learning to use Jmol: basic and intermediate levels. Morrisville, NC : Lulu.com, 2007. (1. ed.) ISBN 978-1-84799-259-8.
↑ JSmol [online]. [Cit. 2015-11-02]. Dostupné online. Archivované 2018-01-01 z originálu.

Tento článok je čiastočný alebo úplný preklad článku Jmol na anglickej Wikipédii.