T7 RNA polimeraz
T7 RNA Polymeraz T7 bakteriyofaja ait bir RNA polimerazdır. Bu enzim, faj genlerindeki genetik bilginin mesajcı RNA molekülü şeklinde transkripsiyonunu katalizler.
Etkinlik
[değiştir | kaynağı değiştir]T7 RNA polimeraz sadece T7 promotörünün akış aşağısının transkripsiyonunu yapar. RNA oluşturmak için T7 polimerazının bir DNA kalıba, ayrıca kofaktör olarak Mg2+ iyonuna gereği vardır. RNA'yı 5'→ 3' yönünde oluşturur. Hata oranı çok düşüktür. Moleküler ağırlığı 99 kDa'dır.[1]
Nükleaz etkinliği
[değiştir | kaynağı değiştir]T7 RNA polimeraz, polimeraz özelliğinin yanı sıra tek iplikli DNA ve RNA üzerinde eksonükleaz etkinliğine de sahiptir. Bu etkinlik çift iplikli DNA üzerinde bir promotörden başlamış polimerizasyon sırasında görünmez ama transkripsiyonun durdurulması halinde nükleaz etkinliği gözlemlenebilir. Nükleaz etkinliği sonucu geriye 3′-OH uç kalacak şekilde bir veya iki nükleotitlik parçalar nükleik asidin 3' ucundan kırpılır. rNTP moleküllerinin varlığında bu nükleaz etkinliği maskelenir ve yerine polimeraz aktivitesi gelir.[2]
İlişkili proteinler
[değiştir | kaynağı değiştir]Aynı evrimsel aileye ait ilişkili proteinler arasında T3 ve SP6 RNA polimerazları ve mitokondrial RNA polimerazlar sayılabilir.[3] T7 RNA polimeraz ailesi, yapısal ve evrimsel olarak çok altbirimli RNA polimerazlar ailesinden (bakteriyel ve ökaryotik RNA polimeraz alt-birimleri de dahil olmak üzere) farklıdır. Bakteriyel RNA polimerazlara tezat olarak, T7 polimeraz rifampisin antibiyotiği tarafından inhibe olmaz. Buna rağmen, bu enzim ile daha kompleks yapılı diğer RNA polimerazlar pek çok ortak özelliklere sahiptir.[4]
Uygulama
[değiştir | kaynağı değiştir]Biyoteknoloji uygulamalarında, T7 RNA polimeraz vektör içine klonlanmış DNA'nın transkripsiyonu için kullanılır. Bu vektörlerde genelde birbirine ters yönde iki farklı faj promotörü bulunur (örneğin T7 ve T3 veya T7 ve Sp6). Böylece farklı polimerazlar kullanılarak vektöre sokulmuş DNA'nın iki ipliğinden de RNA elde edilebilir. BSA veya spermidin kullanılması enzimin aktivitesini artırır. Bu sistem ile homojen işaretlenmiş tek iplikli RNA elde edilebilir.[5]
Kaynakça
[değiştir | kaynağı değiştir]- ^ McAllister WT (1993). "Structure and function of the bacteriophage T7 RNA polymerase (or, the virtues of simplicity)". Cell. Mol. Biol. Res. 39 (4). ss. 385-91. PMID 8312975.
- ^ Sastry SS, Ross BM (Mart 1997). "Nuclease activity of T7 RNA polymerase and the heterogeneity of transcription elongation complexes". J. Biol. Chem. 272 (13). ss. 8644-52. doi:10.1074/jbc.272.13.8644. PMID 9079696. 25 Eylül 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 19 Şubat 2011.
- ^ Sousa R, Mukherjee S (2003). "T7 RNA polymerase". Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. Cilt 73. ss. 1-41. doi:10.1016/S0079-6603(03)01001-8. PMID 12882513.
- ^ Martin CT, Esposito EA, Theis K, Gong P (2005). "Structure and function in promoter escape by T7 RNA polymerase". Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. Cilt 80. ss. 323-47. doi:10.1016/S0079-6603(05)80008-X. PMID 16164978.
- ^ "T7 RNA Polymerase" (PDF). 21 Kasım 2004 tarihinde kaynağından arşivlendi (PDF). Erişim tarihi: 18 Şubat 2011.
Dış bağlantılar
[değiştir | kaynağı değiştir]- T7 RNA Polymeraz Enzimolojisi7 Eylül 2006 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. (İngilizce)
- OpenWetWare5 Ocak 2011 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi. (İngilizce)