Слизька послідовність
Слизька́ послідо́вність (англ. slippery sequence) — це невелика частина кодонної нуклеотидної послідовності (зазвичай УУУАААС), яка контролює швидкість і шанс рибосомального зсуву рамки зчитування. Слизька послідовність спричиняє швидше рибосомальне пересування, що, у свою чергу, може спричинити «ковзання» зчитування рибосоми. Це дозволяє тРНК зсуватися на 1 основу (-1) після того, як вона спарується зі своїм антикодоном, змінюючи рамку зчитування[2][3][4][5][6]. −1 зсув рамки зчитування, запущений такою послідовністю, є запрограмованим рибосомальним зсувом рамки зчитування. За ним йде спейсерна область та вторинна структура РНК. Такі послідовності поширені у вірусних поліпротеїнах[1].
Зсув рамки зчитування відбувається через зміщене (воблівське) спаровування основ. Знижена вільна енергія Гіббза вторинних структур вказує на те, як часто відбувається зсув рамки зчитування[7]. Напруження на молекулі мРНК також відіграє певну роль[8]. Список слизьких послідовностей, виявлених у вірусів тварин, наведено у публікації Хуан та ін[9].
Слизькі послідовності, які спричиняють 2-основне «ковзання» (−2 зсув рамки зчитування), були побудовані з УУУУУУА-послідовності ВІЛ[8].
- ↑ а б Jacks T, Madhani HD, Masiarz FR, Varmus HE (November 1988). Signals for ribosomal frameshifting in the Rous sarcoma virus gag-pol region. Cell. 55 (3): 447—58. doi:10.1016/0092-8674(88)90031-1. PMID 2846182.
- ↑ Green L, Kim CH, Bustamante C, Tinoco I (January 2008). Characterization of the mechanical unfolding of RNA pseudoknots. Journal of Molecular Biology. 375 (2): 511—28. doi:10.1016/j.jmb.2007.05.058. PMID 18021801.
- ↑ Yu CH, Noteborn MH, Olsthoorn RC (December 2010). Stimulation of ribosomal frameshifting by antisense LNA. Nucleic Acids Research. 38 (22): 8277—83. doi:10.1093/nar/gkq650. PMC 3001050. PMID 20693527.
- ↑ Dr Ian Brierley Research description. Department of Pathology, University of Cambridge. Архів оригіналу за 2 жовтня 2013. Процитовано 28 липня 2013.
{{cite web}}: Cite має пустий невідомий параметр:|df=(довідка) [Архівовано 2013-10-02 у Wayback Machine.] - ↑ Molecular Biology: Frameshifting occurs at slippery sequences. Molecularstudy.blogspot.com. 16 жовтня 2012. Процитовано 28 липня 2013.
- ↑ Farabaugh PJ, Björk GR (March 1999). How translational accuracy influences reading frame maintenance. The EMBO Journal. 18 (6): 1427—34. doi:10.1093/emboj/18.6.1427. PMC 1171232. PMID 10075915.
- ↑ Cao S, Chen SJ (March 2008). Predicting ribosomal frameshifting efficiency. Physical Biology. 5 (1): 016002. Bibcode:2008PhBio...5a6002C. doi:10.1088/1478-3975/5/1/016002. PMC 2442619. PMID 18367782.
- ↑ а б Lin Z, Gilbert RJ, Brierley I (September 2012). Spacer-length dependence of programmed -1 or -2 ribosomal frameshifting on a U6A heptamer supports a role for messenger RNA (mRNA) tension in frameshifting. Nucleic Acids Research. 40 (17): 8674—89. doi:10.1093/nar/gks629. PMC 3458567. PMID 22743270.
- ↑ Huang X, Cheng Q, Du Z (2013). A genome-wide analysis of RNA pseudoknots that stimulate efficient -1 ribosomal frameshifting or readthrough in animal viruses. BioMed Research International. 2013: 984028. doi:10.1155/2013/984028. PMC 3835772. PMID 24298557.
{{cite journal}}: Обслуговування CS1: Сторінки із непозначеним DOI з безкоштовним доступом (посилання)
|
Це незавершена стаття з молекулярної біології. Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її. |