BACコンティグとは？ わかりやすく解説

出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』 (2020/05/13 15:55 UTC 版)

「コンティグ」の記事における「BACコンティグ」の解説

コンティグはまた、トップダウンまたは階層的シーケンシング戦略が使用されている場合において、染色体の物理的マップを形成するような、重複するクローンを指す。このシーケンシング方法では、リードのアセンブリを行う前に、シーケンシングに先立って低解像度のマップを作成する。このマップは、シーケンスに使用されるクローンの相対位置とオーバーラップを識別する際に利用される。そして、連続的なゲノム配列を形成するための重複したクローンのセットを、コンティグと呼ぶ。染色体全体をカバーするコンティグを形成するクローンの最小数は、シーケンシングに使用されるタイリングパスを構成する。タイリングパスが選択されると、そのコンポーネントのBACはより小さなフラグメントに断片化され、シーケンスされる。したがってコンティグは、階層的なシーケンスの枠組みの中で必要となる概念である 。コンティグマップの組み立てにはいくつかのステップが含まれる。まず、DNAをより大きな断片（50〜200kb）に断片化し、BACまたはPACにクローン化してBAC ライブラリーを形成する。これらのクローンはゲノム/染色体全体をカバーする必要がある。また、染色体全体をカバーするBACのコンティグを組み立てることも、理論的には可能である が、大抵の場合には現実ではない。この手法においても多くの場合、ギャップが残り、マップ領域をカバーするようなスキャフォールドが得られることが多い 。コンティグ間のギャップは、以下に概説するさまざまな方法で埋めることができる。

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