TMEM63A
Transmembranski protein 63A jest protein koji je kod ljudi kodiran genom TMEM63A sa hromosoma 1.[5][6][7] Zreli ljudski protein ima približno 92,1 kilodaltona (kDa), sa relativno visokom konzerviranošću mase u ortolozima.[8] Protein sadrži 11 transmembranskih domena i umetnut je u lizosomsku membranu.[9][10] BioGPS analiza za TMEM63A kod ljudi pokazuje da je gen sveprisutno eksprimiran, sa najvišim nivoima ekspresije pronađenim u T-ćelija ma i dendritskim ćelijama.[11]
Aminokiselinska sekvenca
[uredi | uredi izvor]Dužina polipeptidnog lanca je 807 aminokiselina, a molekulska težina 92.126 Da.
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MMDSPFLELW | QSKAVSIREQ | LGLGDRPNDS | YCYNSAKNST | VLQGVTFGGI | ||||
| PTVLLIDVSC | FLFLILVFSI | IRRRFWDYGR | IALVSEADSE | SRFQRLSSTS | ||||
| SSGQQDFENE | LGCCPWLTAI | FRLHDDQILE | WCGEDAIHYL | SFQRHIIFLL | ||||
| VVVSFLSLCV | ILPVNLSGDL | LDKDPYSFGR | TTIANLQTDN | DLLWLHTIFA | ||||
| VIYLFLTVGF | MRHHTQSIKY | KEENLVRRTL | FITGLPRDAR | KETVESHFRD | ||||
| AYPTCEVVDV | QLCYNVAKLI | YLCKEKKKTE | KSLTYYTNLQ | VKTGQRTLIN | ||||
| PKPCGQFCCC | EVLGCEWEDA | ISYYTRMKDR | LLERITEEER | HVQDQPLGMA | ||||
| FVTFQEKSMA | TYILKDFNAC | KCQSLQCKGE | PQPSSHSREL | YTSKWTVTFA | ||||
| ADPEDICWKN | LSIQGLRWWL | QWLGINFTLF | LGLFFLTTPS | IILSTMDKFN | ||||
| VTKPIHALNN | PIISQFFPTL | LLWSFSALLP | SIVYYSTLLE | SHWTKSGENQ | ||||
| IMMTKVYIFL | IFMVLILPSL | GLTSLDFFFR | WLFDKTSSEA | SIRLECVFLP | ||||
| DQGAFFVNYV | IASAFIGNGM | ELLRLPGLIL | YTFRMIMAKT | AADRRNVKQN | ||||
| QAFQYEFGAM | YAWMLCVFTV | IVAYSITCPI | IAPFGLIYIL | LKHMVDRHNL | ||||
| YFVYLPAKLE | KGIHFAAVNQ | ALAAPILCLF | WLYFFSFLRL | GMKAPATLFT | ||||
| FLVLLLTILV | CLAHTCFGCF | KHLSPLNYKT | EEPASDKGSE | AEAHMPPPFT | ||||
| PYVPRILNGL | ASERTALSPQ | QQQQQTYGAI | HNISGTIPGQ | CLAQSATGSV | ||||
| AAAPQEA |
Gen
[uredi | uredi izvor]Pregled
[uredi | uredi izvor]TMEM63A nalazi se na negativnom lancu DNK hromosoma 1, na lokaciji 1q42.12, obuhvatajući bazne parove od 226,033.237 do 226,070.069.[7] Aliasi uključuju KIAA0489 i KIAA0472. Proizvod ljudskog gena je 4.469 bp iRNK sa 25 predviđenih egzona.[12] Postoji devet predviđenih izoformi gena za preradu, od kojih tri kodiraju proteine. Promotorska analiza sprovedena je korištenjem El Dorada [13] preko softverske stranice Genomatix. Predviđeni promotorski region obuhvata 971 parova baza, od 226,070.920 do 226,069.950 na negativnom lancu hromosoma 1.
Gensko susjedstvo
[uredi | uredi izvor]TMEM63A nalazi se u blizini gena EPHX1 na pozitivnom lancu DNK na hromosomu 1, kao i Lefty 1 gena na negativnom smislenom lancu.[7] Ostali geni u istoj oblasti na hromosomu 1 uključuju SRP9 i Lefty 3 na pozitivnom lancu i MIR6741 i PYCR2 na negativnom lancu.
Ekspresija
[uredi | uredi izvor]TMEM63 je sveprisutno eksprimiran u cijelom ljudskom tijelu na različitim nivoima, javlja se sa najvećom relativnom prevalencijom u CD 8+ T ćelije i CD 4+ T ćelijama.[11][14] Umjereni relativni nivoi ekspresije također se primjećuju u cijelom mozgu, posebno u potiljačnom režnju, tjemenom režnju i gušterači.[14] Analiza TMEM63A ekspresije kod miša, koristeći BioGPS, otkrila je više varijabilnih obrazaca ekspresije, pri čemu je najveća ekspresija uočena u želucu i debelom crijevu.[11] Faktor transkripcije, predvidio je program El Dorado iz Genomatix, koji je otkrio da je TMEM63A visoko reguliran E2F regulatorima ćelijskog ciklusa i EGR1, faktorom za koji se vjeruje da je gen supresor tumora sa ekspresijom u mozgu.[13] Predviđa se da je 3' UTR vezan za regulatorni element miR-9/9ab.[15]
Protein
[uredi | uredi izvor]Svojstva
[uredi | uredi izvor]Zreli oblik ljudskog proteina TMEM63A ima 807 aminokiselinskih ostataka sa izoelektričnom tačkom od 6,925.[8] Prilično je konzerviran među ortolozima. BLAST-ovo poravnavanje otkrilo je da protein sadrži tri domena: RSN1_TM i dva domena nepoznate funkcije (DUF4463 i DUF221).[16] Predviđa se da je RSN1_TM uključen u transport Golgijevih vezikula i egzocitozu. DUF4463 je citosolni i daleko homologan sa RNK-vezujućim proteinima. Ovaj domen može se koristiti za određivanje orijentacije proteina u membrani, pri čemu je N-terminal proteina unutar lizosoma, a C-terminal lociran je u citosolu.
Posttranslacijska modifikacija određena je eksperimentalno i pomoću bioinformatičke analize. Postoje dva vjerovatna mjesta glikozilacija na proteinu: N38 i N450.[17] Predviđena su korišćenjem NetNGlyc programa iz ExPASy i sekvence aminokiselina TMEM63A, kao i pretpostavljene orijentacije proteina u membrani.[18] Postoje tri vjerovatna mjesta fosforilacije na proteinu: S85, S98 i S735, koja su predviđena pomoću NetPhos programa.[19]
Protein ima tri izoforme. Zreli protein je označen kao izoforma CRA. Druge dvije izoforme su X1 i X2, koje imaju po 630, odnosno 468 aminokiselinskih ostataka. Izoformi X1 nedostaje N-kraj zrelog proteina, dok izoformi 2 nedostaje C-kraj.[8]
Interakcije
[uredi | uredi izvor]Koristeći informacije zasnovane na tekstu, smatra se da TMEM63A potencijalno stupa u interakciju sa šest drugih proteina: EEF1D,[20] FAM163B, CPNE9, TMEM90A, STAC2, HEATR3 i WDR67.[21]
Funkcija
[uredi | uredi izvor]Funkcija TMEM63A nije poznata, iako je jedno istraživanje otkrilo da se nalazi u regiji koja je vjerovatno regulirana putem mir-200-a, povezana s homeostazom epitela.[22] Drugi su otkrili da je u kvantitativnom lokusu svojstava, povezan sa haloperidolski izazvanom katalepsijom.[23]
Evolucijska historija
[uredi | uredi izvor]Paralozi
[uredi | uredi izvor]TMEM63A ima dva paraloga: TMEM63B, koji se nalazi na 6p21.1, i TMEM63C, na C14orf171.[24] Poravnavanje između njih pokazuje da je TMEM63C bliži TMEM63B nego TMEM63A.[8] BLAST poravnanje je pokazalo homologiju TMEM63A i TMEM63B sa proteinima koji su udaljeni poput biljaka, dok je TMEM63C bio homologan samo toliko udaljen kao kod drosophila.[16] Ovo ukazuje da se TMEM63C vjerovatno odvojio od ta dva u ranoj fazi. beskičmenjaks.
Rasprostranjenost ortologa
[uredi | uredi izvor]TMEM63A ima veliki raspon ortologa, sa homolozima prisutnim u organizmima koji su udaljeni poput biljaka.
| Rod i vrsta | Uobičajeno ime | Razred | Pristup | Postotak identiteta |
|---|---|---|---|---|
| Otolemur garnettii | Lemur | Mammalia | XP_003791028.1 | 91% |
| Vicugna pacos | Alpaka | Mammalia | XP_006198896.1 | 92% |
| Mus musculus | Miš | Mammalia | NP_659043.1 | 90% |
| Trichechus manatus latirostris | Zapadnoindijska morska krava | Mammalia | XP_004375949.1 | 89% |
| Canis lupus familiaris | Pas | Mammalia | NP_001274088.1 | 89% |
| Myotis davidii | Mišouhi šišmiš | Mammalia | XP_006761379.1 | 80% |
| Pelodiscus sinensis | Kineska mehkooklopna kornjača | Sauropsida | XP_006118107.1 | 71% |
| Alligator sinensis | Kineski aligator | Reptilia | XP_006016630.1 | 70% |
| Ficedula albicollis | Muharica | Aves | XP_005043078.1 | 69% |
| Gallus gallus | Crvena divlja kokoš | Aves | XP_419384.3 | 68% |
| Xenopus tropicalis | Zapadna kandžasta žaba | Amphibia | NP_001072343.1 | 65% |
| Ictalurus punctatus | Kanalski somić | Actinopterygii | AHH42519.1 | 54% |
| Culex quinquefasciatus | Južni kućni komarac | Insecta | XP_001861445.1 | 34% |
| Clonorchis sinensis | Kineski jetreni metilj | Trematoda | GAA53916.1 | 23% |
| Oryza sativa | Azijska riža | Liliopsida | NP_001065504.1 | 20% |
Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000196187 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000026519 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Nagase T, Ishikawa K, Suyama M, Kikuno R, Miyajima N, Tanaka A, Kotani H, Nomura N, Ohara O (Apr 1999). "Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XI. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro". DNA Res. 5 (5): 277–86. doi:10.1093/dnares/5.5.277. PMID 9872452.
- ^ Seki N, Ohira M, Nagase T, Ishikawa K, Miyajima N, Nakajima D, Nomura N, Ohara O (Feb 1998). "Characterization of cDNA clones in size-fractionated cDNA libraries from human brain". DNA Res. 4 (5): 345–9. doi:10.1093/dnares/4.5.345. PMID 9455484.
- ^ a b c "Entrez Gene: TMEM63A transmembrane protein 63A".
- ^ a b c d "TMEM63A Analysis". Biology Workbench. San Diego Supercomputing Center- University of California San Diego. Arhivirano s originala, 11. 8. 2003. Pristupljeno 8. 5. 2014.
- ^ Schroder BA, Wrocklage C, Hasilik A, Saftig P (19. 10. 2010). "The Proteome of Lysosomes". Proteomics. 10 (22): 4053–4076. doi:10.1002/pmic.201000196. PMID 20957757. S2CID 25869334.
- ^ Schroder BA, Wrocklage C, Pan C, Jager R, Kosters B, Schafer H, Elsasser HP, Mann M, Hasilik A (28. 8. 2007). "Integral and Associated Lysosomal Membrane Proteins". Traffic. 8 (12): 1676–1686. doi:10.1111/j.1600-0854.2007.00643.x. PMID 17897319.
- ^ a b c "BioGPS: TMEM63A". Pristupljeno 12. 5. 2014.
- ^ "Ensembl: TMEM63A". Pristupljeno 8. 5. 2014.
- ^ a b "El Dorado". Genomatix. Pristupljeno 17. 4. 2014.[mrtav link]
- ^ a b "GDS596/214833_at/TMEM63A". NCBI.
- ^ "TargetScanHuman 6.2". Whitehead Institute for Biomedical Research. Pristupljeno 23. 4. 2014.
- ^ a b Marchler-Bauer A, et al. (2011). "CDD: A Conserved Domain Database for the functional annotation of proteins". Nucleic Acids Res. 39 (D): 225–229. doi:10.1093/nar/gkq1189. PMC 3013737. PMID 21109532.
- ^ "O94886 (TM63A_HUMAN)". UniProtKB. Pristupljeno 5. 5. 2014.
- ^ Gupta R, Jung E, Brunak S (2004). "Prediction of N-glycosylation sites in human proteins". journal zahtijeva
|journal=(pomoć) - ^ Blorn N, Gammeltoft S, Brunak S (1999). "Sequence- and structure-based prediction of eukaryotic protein phosphorylation sites". Journal of Molecular Biology. 294 (5): 1351–1362. doi:10.1006/jmbi.1999.3310. PMID 10600390.
- ^ "GeneCards". Weizmann Institute of Science. Pristupljeno 16. 5. 2014.
- ^ "String Database". Pristupljeno 16. 5. 2014.
- ^ Bonnet E, Tatari M, Joshi A, et al. (2010). "Module network inference from a cancer gene expression data set identifies microRNA regulated modules". PLOS ONE. 5 (4): e10162. Bibcode:2010PLoSO...510162B. doi:10.1371/journal.pone.0010162. PMC 2854686. PMID 20418949.
- ^ Hofstetter JR, Hitzemann RJ, Belknap JK, Walter NA, McWeeney SK, Mayeda AR (2008). "Characterization of the quantitative trait locus for haloperidol-induced catalepsy on distal mouse chromosome 1". Genes, Brain and Behavior. 7 (2): 214–223. doi:10.1111/j.1601-183x.2007.00340.x. PMID 17696997.
- ^ Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ (oktobar 1990). "Basic local alignment search tool". J. Mol. Biol. 215 (3): 403–10. doi:10.1016/S0022-2836(05)80360-2. PMID 2231712.
Dopunska literatura
[uredi | uredi izvor]- Gregory SG, Barlow KF, McLay KE, et al. (2006). "The DNA sequence and biological annotation of human chromosome 1". Nature. 441 (7091): 315–21. Bibcode:2006Natur.441..315G. doi:10.1038/nature04727. PMID 16710414.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et al. (1997). "Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library". Gene. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
- Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.