Piliw ang Naga Se sa Hapon.[1] Nahimutang ni sa prepektura sa Kumamoto-ken, sa habagatan-kasadpang bahin sa nasod, 1,000 km sa kasadpan sa Tokyo ang ulohan sa nasod. Ang kinahabogang dapit sa palibot dunay gihabogon nga 385 ka metro ug 3.1 km sa sidlakan sa Naga Se.[saysay 1] Ang kinadul-ang mas dakong lungsod mao ang Ushibuka, 3.3 km sa habagatan-sidlakan sa Naga Se. Sa rehiyon palibot sa Naga Se, kapuloan, mga lawis, nga bato nga pormasyon, ug salog sa dagat talagsaon komon.[saysay 2]
Ang klima kasarangan. Ang kasarangang giiniton 16 °C. Ang kinainitan nga bulan Agosto, sa 24 °C, ug ang kinabugnawan Pebrero, sa 6 °C.[3] Ang kasarangang pag-ulan 2,641 milimetro matag tuig. Ang kinabasaan nga bulan Hunyo, sa 594 milimetro nga ulan, ug ang kinaugahan Enero, sa 62 milimetro.[4]