Die Badminton-Bundesligasaison 1998/1999 bestand aus einer Vorrunde im Modus "Jeder-gegen-jeden" mit Hin- und Rückspiel und einer anschließenden Play-off-Runde. In der Play-off-Runde traten der 1. und der 4. sowie der 2. und der 3. in einem Hin- und Rückspiel gegeneinander an. Die Sieger der beiden Partien ermittelten den deutschen Meister, ebenfalls in einem Hin- und Rückspiel. Meister wurde der BC Eintracht Südring Berlin. Absteigen mussten die Bottroper BG (aus wirtschaftlichen und Personalgründen) und die SG Anspach.