CRISPR/Cpf1-Methode
Das CRISPR/Cpf1-Methode (englisch Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats from Prevotella and Francisella) ist eine biochemische Methode zur Erzeugung von gentechnisch veränderten Organismen.
Eigenschaften
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]Das CRISPR/Cpf1-System entstammt – wie auch das CRISPR/Cas9-System und das CRISPR/Cas12b-System – einem adaptiven antiviralen Abwehrmechanismus, dem CRISPR, jedoch aus den Gattungen Prevotella und Francisella.[1] Wie bei diesem wurde und werden auf der Basis des Systems Methoden zur Nutzung des Systems als Werkzeug für die biotechnologische Forschung für verschiedene Organismen entwickelt.
Vergleich mit Cas9
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]Im Vergleich zum CRISPR/Cas-System ist die beim CRISPR/Cpf1-System verwendete Endonuklease Cpf1 (auch Cas12a genannt[2]) ein kleineres Enzym, das nur eine RNA als Vorlage benötigt (keine tracrRNA), um doppelsträngige DNA an einer gezielten Stelle zu schneiden. Weiterhin besitzt Cpf1 andere Erkennungs- und Schnittstellen und erzeugt einen Basenüberhang an einem der beiden DNA-Stränge (sticky end), der möglicherweise die homologe Rekombination erleichtert.[3] Wie für verschiedene Anwendungen des CRISPR/Cas-Systems, wurden auch für die Cpf1-basierten Genommanipulationen Patente angemeldet.[4][5]
Unterschiede zwischen Cas9, Cpf1 und Cas12b
| Eigenschaft | Cas9[3] | Cpf1 (Cas12a)[2][3] | Cas12b[6] |
|---|---|---|---|
| Struktur | 2 RNA notwendig | 1 RNA notwendig (keine tracrRNA) | 2 RNA notwendig |
| Überhang | keinen (blunt end) | sticky end | sticky end |
| Schnittstelle | proximal zur Erkennungssequenz | distal zur Erkennungssequenz | distal zur Erkennungssequenz |
| Zielsequenz | G-reiches PAM | T-reiches PAM | T-reiches PAM |
| Zelltyp | teilende Zellen | ruhende Zellen | unbekannt |
Weblinks
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- Heidi Ledford: Werkzeug der Genmanipulation - Gentechnik: CRISPR verändert alles. In: Spektrum der Wissenschaft. vom 24. Juni 2015.
Einzelnachweise
[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]- ↑ R. Sorek, V. Kunin, P. Hugenholtz: CRISPR–a widespread system that provides acquired resistance against phages in bacteria and archaea. In: Nature reviews. Microbiology. Band 6, Nummer 3, März 2008, S. 181–186, ISSN 1740-1534, doi:10.1038/nrmicro1793, PMID 18157154.
- ↑ a b Winston X. Yan, Pratyusha Hunnewell, Lauren E. Alfonse, Jason M. Carte, Elise Keston-Smith, Shanmugapriya Sothiselvam, Anthony J. Garrity, Shaorong Chong, Kira S. Makarova, Eugene V. Koonin, David R. Cheng, David A. Scott: Functionally diverse type V CRISPR-Cas systems. In: Science. 363, 2019, S. 88, doi:10.1126/science.aav7271.
- ↑ a b c Heidi Ledford: Alternative CRISPR system could improve genome editing. In: Nature. 526, 2015, S. 17, doi:10.1038/nature.2015.18432.
- ↑ Even CRISPR: A new way to edit DNA may speed the advance of genetic engineering. In: Economist, 3. Oktober 2015.
- ↑ EPO erteilt CRISPR-Patent an Broad. In: transkript.de. 28. Februar 2017, archiviert vom (nicht mehr online verfügbar) am 12. März 2017; abgerufen am 9. März 2017.
- ↑ UniProt T0D7A2: cas12b – CRISPR-associated endonuclease Cas12b – Alicyclobacillus acidoterrestris (strain ATCC 49025 / DSM 3922 / CIP 106132 / NCIMB 13137 / GD3B) – cas12b gene (uniprot.org) (englisch) vom 16.10.2013, abgegriffen 24.01.2019