Sein größter Einzelerfolg war der Gewinn des Springens in Oberstdorf bei der Vierschanzentournee 1992/93. Bei der Skiflug-WM 1994 in Planica sprang er erstmals über 200 m. Offiziell wurde die Weite aber nicht anerkannt, da er den Flug nicht stehen konnte.
Zu Beginn der Saison 1998/99 konnte Duffner an seine alten Erfolge nicht mehr anknüpfen und beabsichtigte nach mehreren Wettbewerben, in denen er nach dem ersten Durchgang ausgeschieden war, bereits seinen Rücktritt vom Profiskispringen. Jedoch wurde er auf Initiative des Bundestrainers Reinhard Heß in das Aufgebot für die Nordischen Skiweltmeisterschaften 1999 in Ramsau aufgenommen. Trotz seines Sturzes im zweiten Durchgang erreichte er mit dem Team gemeinsam mit Dieter Thoma, Sven Hannawald und Martin Schmitt vor Japan und Österreich Platz eins. Anfang November 2002 brach sich Duffner im Trainingslager den linken Oberarm und startete erst spät in den Weltcup. In der Saison 2003/04 sprang er nur noch im Continental Cup. Am 22. März 2004 verabschiedete sich Christof Duffner mit einem Flug auf 191,5 m als Vorspringer bei der Skiflug-WM in Planica von seiner aktiven Laufbahn.
Duffner hat eine Zwillingsschwester sowie eine jüngere Schwester. Christof Duffner ist seit Dezember 2006 verheiratet und hat drei Mädchen (Drillinge). Er ist gelernter Werkzeugmacher und war als Oberfeldwebel bei der Bundeswehr in der Sportfördergruppe Todtnau am Feldberg stationiert. Heute ist Duffner Lehrer für Technik und Werken. Er hat zudem den Trainerschein und betreut den Schwarzwälder Nachwuchs.
↑Stadt Landshut, Sportchronik 1074-76: ... 1976 ... Empfang der deutschen Olympiamannschaft im Oktober beim Bundeskanzler Helmut Schmidt und Auszeichnung mit dem Silbernen Lorbeerblatt ...
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Nikkola, Nykänen, Ylipulli, Puikkonen |
1992: 
Okabe, Saitō, Harada, Funaki |
2002: 
Widhölzl, Kofler, Koch, Morgenstern |
2010: 
Tande, Stjernen, Forfang, Johansson |
2022: