Clément Mary commence, en 2016 sa deuxième saison au sein de la formation Sojasun espoir-ACNC. Une chute malheureuse lors de la première étape du Tour de Bretagne et une fracture de la clavicule[3] le contraignent à l'abandon après seulement trois kilomètres de course, sur une épreuve qui constituait l'un des principaux objectifs de sa saison[4]. Mary parvient finalement à se rattraper pendant l'été, et se classe 3e de la première et de la quatrième étape du Kreiz Breizh Elites, ce qui lui permet de prendre la 2e place du classement général de cette épreuve figurant au calendrier UCI Europe Tour en catégorie 2.2, à seulement neuf secondes du vainqueur, le NéerlandaisJeroen Meijers[5]. En fin de saison, et après deux années sous les couleurs de Sojasun espoir-ACNC, auréolées d'un titre de champion de France amateur, Clément Mary quitte le club et s'engage en faveur de l'UC Nantes Atlantique pour la saison 2017[6].