בשנת 1088, הקיסר הביזנטיאלכסיוס הראשון נתן את האי פטמוס לחייל-כומר יוחנן כריסטודולוס. חלקו הגדול יותר של המנזר הושלם על ידי כריסטודולוס שלוש שנים מאוחר יותר. הוא חיזק את החלק החיצוני בגלל האיומים של פיראטים וסלג'וקים טורקים.[2] בספרייה שוכנים 330 כתבי יד (267 על קלף), כולל 82 כתבי יד של הברית החדשה. זעירים: 1160-1181, 1385-1389, 1899, 1901, 1966, 2001-2002, 2080-2081, 2297, 2464-2468, 2639, 2758, 2504, 2639.[3] נכון לשנת 2012, 40 נזירים מתגוררים בפטמוס. המנזר כולל, בין שרידיו, את גולגולתו של תומאס הקדוש השליח.[4]