Az 1988–1989-es labdarúgó-bajnokságot a Honvéd nyerte a Ferencváros és az MTK előtt. Az MLSZ meg akarta szüntetni a „békés döntetleneket”, ezért bevezette, hogy ha 90 perc után eldöntetlen a mérkőzés, akkor az Európa Kupákból ismert módon, 5-5 tizenegyes rúgásával dőljön el a végeredmény. Amely csapat 90 perc alatt tudott győzni, az 3 pontot kapott, ha tizenegyesek döntöttek akkor a győztes 2 a vesztes 1 pontot kapott. A „tizenegyes-bajnokság” csak egy évet élt meg.
Érdekesség, hogy a Videoton - amely az egész bajnokságban a legkevesebb alkalommal győzött tizenegyespárbajban - a korábbi két- és a későbbi hárompontos rendszerben is bajnok lett volna, így viszont 4. helyen végzett.
Októberben újabb bundabotrány robbant ki. Az ügy sok válogatott játékost is érintett, ezért Máltán tartalékosan játszott VB selejtezőt a nemzeti csapat. A 2-2-es eredmény kevés volt a továbbjutáshoz. A szövetségben uralkodó fejetlenség miatt Mezey György, szövetségi kapitány az MLSZ feloszlatását követelte. Annyit sikerült elérnie, hogy tavasszal már Bicskei Bertalan lett a kapitány.
Forrás: sporthirado.hu 1A hazai csapatok a bal oldali oszlopban szerepelnek. Színek: Zöld = hazai győzelem; Sárga = döntetlen; Piros = vendéggyőzelem. Döntetleneknél a felsőindexben a tizenegyes párbajok eredményei láthatóak
Az osztályozó mérkőzéseken az első osztályban 13. és 14. helyen végzett csapatok játszottak az NB II. két csoportjának második helyezettjeivel. A párharcokat két mérkőzésen, kuparendszerben bonyolították le. A győztesek jogot szereztek arra, hogy az 1989–1990-es szezonban az NB I-ben szerepeljenek.
Mindkét osztályozó szoros eredményt hozott és csak a második mérkőzések utolsó perceiben dőlt el az NB I-es tagság. Szegeden egy kezezésért, az utolsó percben megadott tizenegyessel jutott fel a Vasas. A gól után a középkezdésre nem jutott idő. A játékvezetőket a pályára berohanó tömeg megkergette. Szombathelyen 2 perccel a lefújás előtt tudott fordítani a Haladás.