6 Januari - Di Jakarta, Indonesia diadakan KTT (Konferensi Tingkat Tinggi) Tsunami yang dihadiri banyak pemimpin dunia seperti Menlu AS; Colin Powell, Sekjen PBB; Kofi Annan dan lain lain untuk membahas dampak dan menolong korban gempa bumi Samudra Hindia 2004.[1]
13 Januari - Paris Club memberikan moratorium utang sebesar US$ 350 juta kepada Indonesia hingga penilaian perlunya moratorium dari Bank Dunia selesai.[2]
24 Januari - Gempa berkekuatan 6,2 SR mengguncang Palu, Sulawesi Tengah. Rakyat langsung mengungsi karena takut kemungkinan adanya tsunami seperti yang terjadi di Aceh.[3]
2 Februari - Gempa berkekuatan 5,2 SR di bagian selatan Kabupaten Garut merobohkan puluhan rumah dan merusak ratusan rumah lainnya. Tercatat juga adanya gempa susulan di Palu serta gempa di Pulau Bali dan Lombok.[5]
7 Februari - Wabah demam berdarah dengue semakin meluas setelah Jakarta menyusul Jawa Barat dengan diberikannya status kejadian luar biasa (KLB) kepada kota ibu kota tersebut.[6]
1 Maret - Meski ditolak DPR, harga BBM resmi naik rata-rata sebesar 29 persen kecuali untuk minyak tanah rumah tangga yang tetap Rp 700/liter.[15]
3 Maret - Pengadilan Indonesia memutuskan Abu Bakar Baasyir bersalah dalam tuduhan konspirasi pengeboman Bali 2002, dan dihukum penjara dua setengah tahun.[16] Ia kemudian dibebaskan Juni 2006, satu seperempat tahun kemudian.[17]
13 Maret - Sebanyak 17 penumpang tewas dan sekitar 30 orang lainnya masih dalam pencarian, akibat gelombang "bono" yang menghantam speed boat "Tuakal" di Teluk Meranti, Riau.[18]
18 Maret - Pollycarpus Budihari Priyanto, pilot Garuda Indonesia, resmi ditahan sebagai tersangka dalam kasus pembunuhan aktivis HAM, Munir.[19]
21 Maret - Dua bom meledak di Ambon, Maluku, yang mengakibatkan 19 orang luka-luka.[20][21]
23 Maret - Sedikitnya 28 warga di Kabupaten Aceh Utara menderita muntah darah dan sesak napas setelah menghirup gas milik Exxon Mobil Indonesia yang bocor.[22]
28 Maret - Gempa di Sibolga, Sumatera Utara menewaskan lebih dari seribu orang, dengan jumlah korban terbesar dari Pulau Nias. Gempa tersebut menimbulkan kepanikan akan terjadinya tsunami seperti beberapa bulan sebelumnya. Tsunami tidak terjadi. (Lihat pula: Gempa bumi Sumatra Maret 2005).[23]
28-31 Maret - Kongres II PDI-P berlangsung di Denpasar, Bali dan dijadwalkan berakhir tanggal 2 April. Megawati Soekarnoputri terpilih secara aklamasi untuk kembali memimpin PDI-P untuk periode 2005-2010. Kongres akhirnya ditutup dua hari lebih cepat.[24][25]
2 April - Sebuah helikopter Australia berpenumpang 11 prajuritnya yang sedang melakukan tugas kemanusiaan jatuh di sekitar Teluk Dalam.[26] Dua hari kemudian Presiden SBY menganugerahkan penghargaan Satya Lencana Bakti Sosial kepada 11 prajurit Australia tersebut di Canberra, Australia.
Pesawat jenis Twin Otter yang berpenumpang 17 orang dinyatakan hilang dalam penerbangan dari Timika menuju Enarotali, Papua. Pesawat tersebut diduga jatuh di daerah pegunungan.[30]
Gunung Talang yang berada di daerah Solok, Sumatera Barat meletus dan menyemburkan debu dan abu. Sekitar 27 ribu warga dievakuasi. Letusan tersebut disusul oleh lima letusan lanjutan yang salah satunya menyebabkan gempa bumi berkekuatan 5,2 skala Richter.[31]
17 April - Sembilan orang dari berbagai negara yang disebut dengan Bali Nine ditangkap karena menyelundupkan heroin di Bali. Mereka dijatuhi hukuman mati dan seumur hidup pada tahun 2006.[32]
Terjadi insiden di perbatasan Timor Timur, Lettu Teddy Setiawan ditembak mati polisi perbatasan Timor Timur.[33]
19-24 April - Konferensi Tingkat Tinggi Asia-Afrika 2005 dibuka oleh Presiden SBY di Bandung dan Jakarta. Konferensi ini dihadiri 89 kepala negara/pemerintahan dan mengulangi kesuksesan Indonesia menggelar acara yang serupa 50 tahun silam.[34]
12 Mei - Status "darurat sipil" di provinsi Aceh akan diturunkan menjadi status "tertib sipil" terhitung mulai 18 Mei karena berbagai hal yang bersifat kedaruratan sudah tertangani.[36]
20 Mei - Ketua Komisi Pemilihan Umum (KPU), Nazaruddin Sjamsuddin, dijadikan tersangka dalam kasus dugaan korupsi di KPU.[37]
Akhir pelaksanaan Ujian Nasional tingkat SMA/sederajat tahun ajaran 2004/2005.[41]
Kedutaan Indonesia di Australia menerima kiriman surat yang diduga berisi antraks yang diduga terkait dengan putusan pengadilan Schapelle Corby, seorang penyelundup obat-obatan asal Australia yang tertangkap di Bali.[42]
6 Juni - Awal pelaksanaan Ujian Nasional tingkat SMP/sederajat tahun ajaran 2004/2005.
8 Juni - Akhir pelaksanaan Ujian Nasional tingkat SMP/sederajat tahun ajaran 2004/2005.
11 Juni - Bayi kembar siam Nia dan Mia mulai dioperasi di RS Cipto Mangunkusumo oleh sebuah tim dokter yang terdiri dari dua dokter anestesi dan enam dokter bedah. Walaupun kondisi dada dan perut menyatu, masing-masing bayi memiliki satu jantung yang hanya dipisahkan oleh selaput. Nia Ayu Lestari dan Mia Ayu Lestari lahir pada 22 Maret 2005 dari pasangan Nurlela dan Mulyadi.[43]
16 Juni - Nurdin Halid, ketua PSSI, dinyatakan tidak bersalah oleh Majelis Hakim Pengadilan Negeri Jakarta Selatan, dalam kasus korupsi distribusi minyak goreng. Sementara tim Jaksa Penuntut Umum mengajukan kasasi kasus ini ke Mahkamah Agung.[44]
Nia, atau dikenal dengan Nurlela II, salah seorang bayi kembar siam yang telah menjalani operasi pemisahan di RSCM, meninggal dunia karena kebocoran jantung.[45]
Sembilan nelayan Indonesia kabur dari pelabuhan Nhulunbuy dengan menggunakan kapal nelayan mereka. Saat ini Australia telah mengirimkan pasukannya untuk mengejar mereka.
Kelangkaan BBM dalam dua hari terakhir menyebabkan sebagian besar SPBU di Malang, Jawa Timur, terpaksa tutup. Di Mataram, BBM juga langka karena keterlambatan pasokan dari Stasiun Manggis, Bali.[46]
Yamin Labuso dan Erikson Hutagaol, dua dari tiga warga Indonesia yang diculik gerilyawan di wilayah Mindanao, Filipina, tiba di Indonesia. Namun Ahmad Resmiadi, warga Indonesia lainnya masih disandera para gerilyawan.[47]
Akhir kegiatan belajar-mengajar tahun ajaran 2004/2005.
22 Juni - Tiga mantan direktur Bank Indonesia, yaitu Heru Supraptomo, Hendro Budiyanto, dan Paul Sutopo, akhirnya dijebloskan ke penjara setelah Mahkamah Agung memutuskan bahwa mereka bersalah dalam kasus korupsi BLBI. Dalam kasus yang merugikan negara lebih dari 2 triliun ini, mereka bertiga hanya dihukum 1,5 tahun penjara.[48]
23 Juni - Mantan Menteri Agama Republik Indonesia Said Agil Husin Al Munawar, resmi ditahan di Rumah Tahanan Mabes Polri dalam kasus penyelewengan Dana Alokasi Ummat (DAU) Departemen Agama.[49]
Eksekusi hukuman cambuk, untuk pertama kalinya dilakukan terhadap 26 orang terpidana yang dijatuhi hukuman oleh Mahkamah Syar’iyah Bireuen berlangsung di depan publik di halaman Masjid Agung Bireuen, Aceh seusai salat Jumat yang melibatkan 12 eksekutor dari wilayatul hisbah atau polisi syariat.[50]
Pemerintah Indonesia meminta agar para relawan asing tidak keluar malam di Aceh, setelah peristiwa tertembaknya Eva Yeung, salah seorang relawan dari Palang Merah dan Bulan Sabit Merah Internasional. Saat ini kondisi Eva Yeung telah membaik setelah dirawat di Rumah Sakit Mount Elizabeth, Singapura.[51]
Annike Nelce Bowaire, Siswi SMAN I Serui, meraih medali emas di lomba fisika dunia, The First Step to Nobel Prize in Physics (FS) yang berpusat di Warsawa, Polandia. Dia adalah orang kedua dari Papua yang memperoleh prestasi itu setelah Septinus George Saa pada tahun 2004.[52]
Mahkamah Agung Republik Indonesia mengeluarkan keputusan peninjauan kembali (PK) yang memperingan vonis Tommy Soeharto dari 15 menjadi 10 tahun penjara, sehingga diperkirakan Tommy Soeharto yang ditahan di Lembaga Permasyarakatan Batu, Nusakambangan bebas pada tahun 2007.[53]
29 Juni - Menjelang pelaksanaan pilkada di Kabupaten Poso, sebuah bom meledak di tengah keramaian Pasar Sentral Poso. Ini adalah ledakan bom kedua dalam kurun kurang dari 24 jam setelah Selasa malam (28/6) sebuah bom meledak di teras bekas Kantor DPC PDIP Poso. Ledakan ini tidak mengakibatkan korban jiwa.[54]
Pemerintah Indonesia tidak menaikkan harga bahan bakar minyak (BBM) meski harga minyak mentah di pasar internasional membubung tinggi. Pemerintah saat ini berkonsentrasi dalam mengamankan stok BBM di dalam Negeri.
Dua kereta rel listrik kelas ekonomi bertabrakan di kawasan Pasar Minggu, Jakarta. Sedikitnya dua orang meninggal dan 50 orang luka-luka.[55]
11 Agustus - Kebakaran hutan di Indonesia yang menyebabkan polusi udara di dua kota di Malaysia: Port Klang dan Kuala Selangor, mencapai level 500 yang berbahaya. Akibatnya sekolah-sekolah terpaksa diliburkan. Ini merupakan kejadian yang terburuk sejak 1998.
15 Agustus - Pemerintah Indonesia dan GAM kembali duduk di meja perundingan yang diketuai oleh Martti Ahtisaari. Setelah terjadinya Tsunami yang meluluh-lantakkan Aceh, GAM akhirnya setuju untuk menyerahkan seluruh senjatanya dan pemerintah Indonesia setuju untuk menarik seluruh tentara Indonesia, memberikan otonomi, dan pemilihan langsung boleh diselenggarakan. Perjanjian damai berhasil ditandatangani dan secara resmi mengakhiri gerakan separatis GAM.
16 Agustus - Pemerintah Belanda, melalui Menteri Luar Negeri Bernard Bot, mengakui kemerdekaan Indonesia pada 17 Agustus 1945.
18 Agustus - sehari setelah peringatan hari kemerdekaan RI, terjadi gangguan sistem interkoneksi listrik Jawa-Bali; listrik di Jakarta dan Banten mati total selama tiga jam dan menyebabkan pemadaman di sebagian Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, dan Bali. Mati listrik ini memengaruhi jutaan pengguna, menyebabkan gangguan di bidang transportasi kereta, pesawat, rumah sakit, dan menyebabkan kebakaran karena penggunaan lilin. (Lihat pula: Mati listrik Jawa-Bali 2005)
20 Agustus - Presiden Susilo Bambang Yudhoyono memerintahkan badan intelijen nasional dan kepolisian untuk memeriksa mati listrik yang memengaruhi 100 juta orang — terbesar di dunia — tersebut.
31 Agustus - Pemerintah Indonesia membebaskan 200 tahanan GAM, tindakan yang merupakan bagian dari ditandatanganinya persetujuan perdamaian.
2 September - Sebuah pekuburan di atas bukit di Padang longsor; 11 orang tewas dan 14 lainnya masih tertimbun.
5 September - Sebuah pesawat penumpang Mandala Airlines Penerbangan 91 mengalami kecelakaan di Medan, Sumatera Utara, menewaskan sekitar seratus penumpangnya dan lima puluh orang lainnya di darat. Gubernur Sumatera Utara, Rizal Nurdin dan mantan gubernur, Raja Inal Siregar dipastikan meninggal dunia.
13 September - Rois, tersangka pelaku Bom Kuningan, divonis hukuman mati oleh Pengadilan Negeri Jakarta Selatan.
15 September - Aceh Monitoring Mission (AMM) memulai tugasnya memantau proses damai di Aceh. GAM memulai penyerahan senjata tahap pertama sebagai bagian dari Nota Kesepahaman (MoU) perdamaian di Banda Aceh kepada tim dari AMM. Badan ini nantinya dibubarkan Desember 2006.
18 September - Polisi membubarkan pertemuan petani di Lombok; 27 orang petani ditembak (termasuk 1 anak-anak), 8 terkena pukulan dan 3 lainnya ditangkap oleh pihak kepolisian Lombok Tengah.
19-25 September - Indonesia Terbuka 2005 diselenggarakan di Gelora Bung Karno, Jakarta. Indonesia meraih medali emas untuk ganda putra dan campuran.
25 September - Persipura Jayapura untuk pertama kalinya menjuarai Liga Indonesia setelah mengalahkan Persija 3-2 di final. PSIS Semarang meraih tempat ketiga setelah mengalahkan PSMS Medan 2-1.
27 September - Di mana-mana terlihat antrian panjang di SPBU-SPBU oleh para pemakai kendaraan yang mengantisipasi kenaikan BBM pada 1 Oktober.
Harga bahan bakar minyak (BBM) di seluruh Indonesia naik dengan persentase kenaikan paling kecil sekitar 80%.
Bom Bali 2005 - hampir tiga tahun setelah Bom Bali pertama, tiga buah bom bunuh diri kembali meledak di Bali. Sekurang-kurangnya 22 orang tewas dan sekitar dua ratus lainnya luka-luka akibat ledakan yang terjadi di sebuah klub di Pantai Kuta dan di Jimbaran.
19 Oktober - Banjir bandang di Semadam, Aceh Tenggara; sedikitnya 12 orang tewas.
Bank Indonesia mengeluarkan pecahan 10 ribu dan 50 ribu baru.
29 Oktober - Tiga siswi SMU di Poso yang sedang berjalan ke sekolah Kristen dipenggal kepalanya oleh sekelompok orang tak dikenal, kekerasan ini merupakan bagian dari konflik beragama yang masih terus melanda Poso.
31 Oktober - 42 anggota Majelis Rakyat Papua (MRP) dilantik oleh Menteri Dalam Negeri Mohammad Ma'ruf setelah menanti selama empat tahun sejak 2001-2005 ketika Undang-Undang Otonomi Khusus diberlakukan.
9 November - Polri melakukan penyergapan di sebuah vila di Kota Batu; Dr. Azahari, buronan teroris dari Malaysia, dipastikan tewas setelah diidentifikasi lewat sidik jarinya.
13 November - Peringatan Tujuh Tahun Tragedi Semanggi I diadakan di Sekretariat Jaringan Solidaritas Keluarga Korban Pelanggaran HAM (JSKK).
25 November - Pemerintah Indonesia diizinkan oleh Roche Holding untuk memroduksi Tamiflu untuk menghadapi flu burung. Hal ini dapat dilakukan karena Tamiflu tidak memiliki perlindungan paten di Indonesia.
5 Desember - Presiden Susilo Bambang Yudhoyono mengumumkan perombakan pada Kabinet Indonesia Bersatu. Tiga menteri digeser posisinya, tiga dicopot, sementara tiga lainnya adalah orang baru.
9 Desember - Sebanyak 55 orang dilaporkan meninggal dunia dalam peristiwa kelaparan di Kabupaten Yahukimo, Papua, yang telah berlangsung sejak 11 November.
13-18 Desember - Aksi protes menyambut pembukaan Konferensi Tingkat Menteri WTO yang berlangsung di Hong Kong.
26 Desember - Peringatan satu tahun bencana tsunami yang telah menewaskan lebih dari 120 ribu jiwa di Indonesia, Thailand, Sri Lanka, Malaysia dan negara lainnya.
28 Desember - Mantan kepala BKPM, Theo Toemion ditahan KPK karena dugaan tindak pidana korupsi saat menjabat periode 2003-2004 yang merugikan negara sebesar 32 miliar rupiah.
31 Desember - Ledakan bom di pasar di Kota Palu menyebabkan 8 orang meninggal dunia dan melukai 45 lainnya. (Lihat pula: Bom Palu 2005)