Nella stagione 2006-2007 il Foligno disputa il girone B del campionato di Serie C2, con 62 punti vince il torneo e sale direttamente in Serie C1, la seconda promossa è la Paganese che si piazza al quarto posto in campionato, ma poi vince i Play-off e sale in Serie C1. Gli azzurri di Giovanni Pagliari hanno costruito la promozione, la seconda in Serie C1 della sua storia, tra le mura amiche dello Stadio Enzo Blasone, dove hanno ottenuto 41 punti, dei 51 disponibili, senza mai perdere. Hanno raccolto 26 punti nel girone di andata dominato dal Rovigo, e 36 punti facendo meglio di tutti, in un girone di ritorno irresistibile, che ha creato le premesse del ritorno in Serie C1, dopo ventitré anni di assenza. L'argentino Juan Martin Turchi con 18 reti in campionato è stato di gran lunga il più prolifico, vincendo anche il titolo di cannoniere del girone B. Nella Coppa Italia di Serie C il Foligno disputa il girone G di qualificazione, vinto dal San Marino con 8 punti, uno in più del Foligno, che ha perso (1-0) lo scontro diretto.
^Giornata rinviata all'11 marzo 2007, in segno di lutto e di condanna, per i gravi fatti di Catania del 2 febbraio 2007, nel dopo Catania-Palermo, dove ha perso la vita l'ispettore di Polizia Filippo Raciti.
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