Nato a New York da madre austriaca e padre canadese,[1] da piccolo si trasferisce con la famiglia a Bruxelles.[2] Qui inizia a giocare nelle giovanili del Royale Union Rixensartoise. Dal 2013 al 2017 ha rappresentato l'Università di Toronto a livello scolastico.[3][4] La sua carriera da calciatore inizia nella League1 Ontario, con le maglie di North Toronto Nitros e Alliance United. Il 7 marzo 2019 viene acquistato dal Pacific, in vista della stagione inaugurale della Canadian Premier League.[5] In tre stagioni totalizza 59 presenze e 5 reti. Il 25 gennaio 2022 viene acquistato dal Toronto FC, firmando un contratto fino al 2023 e con opzione di estenderlo per le annate 2024 e 2025.[6] Ha esordito in MLS il 5 marzo seguente, in occasione dell'incontro perso per 1-4 contro i N.Y. Red Bulls.
^(EN) MacNaughton finds new home on West Coast, su pacificfc.canpl.ca, 7 marzo 2019. URL consultato il 23 novembre 2022 (archiviato dall'url originale il 30 aprile 2019).