მისი მმართველობის დროს ქვეყანაში მძვინვარებდა პროტესტანტული კონფესიონალიზმი. ის აქტიურად დევნიდა პროტესტანტებს და ცდილობდა ქრისტიანობის გაერთიანებას, მაგრამ უშედეგოდ. ასევე მან ვერ შეძლო მისი ერთ-ერთი დასახული მიზნის მიღწევა: ოსმალების განდევნა უნგრეთიდან.
1575 წელს პოლონეთისა და ლიტვის მემამულეთა ნაწილმა გადაწყვიტა მაქსიმილიანი აერჩიათ სტეფანე ბატორის საწინააღმდეგოდ პოლონეთის მეფედ, თუმცა მისმა კანდიდატურამ ვერ მოიპოვა სათანადო მხარდაჭერა და იძულებული გახდა უარი ეთქვა პოლონეთზე.
მაქსიმილიანის გარდაცვალების შემდეგ, მისი 8 ვაჟიდან იმპერატორად აირჩიეს უფროსი, რუდოლფ II, ხოლო დანარჩენები იმპერიის სხვადასხვა ნაწილების მმართველობას დასჯერდნენ.
Volker Bibl: Kaiser Maximilians II. Erklärung vom 18. August 1568 über die Ertheilung der Religions – Concession. In: Mitteilungen des Instituts für österreichische Geschichtsforschung 20 (1899), S. 638 ff.
Viktor Bibl: Maximilian II. der rätselhafte Kaiser – ein Zeitbild. Hellerau bei Dresden, 1929.
Grete Mecenseffy: Maximilian II. in neuer Sicht in: Jahrbuch der Gesellschaft für die Geschichte des Protestantismus in Österreich 92 (1976), S. 42–53.
Friedrich Edelmayer (Hrsg.): Kaiser Maximilian II. Kultur und Politik im 16. Jahrhundert. Oldenbourg, München 1992, ISBN 3-486-55932-X.
Paula Sutter Fichtner: Emperor Maximilian II. Yale Univ. Press, New Haven, Conn. u.a. 2001, ISBN 0-300-08527-3.
Richard Reifenscheid: Die Habsburger in Lebensbildern, Piper Verlag 2007, ISBN 978-3-492-24753-5