თითქმის ორნახევარი საუკუნის განმავლობაში უცხოელ დამპყრობთა განუწყვეტელი შემოსევებით ეკონომიკურად და პოლიტიკურად დასუსტებულ საქართველოს XV საუკუნის შუა წლებში ახალი აგრესიული სახელმწიფო ოსმალეთი დაუმეზობლდა. საქართველოში გაძლიერდა შინაფეოდალური ომები. 1463 საქართველოს მეფე გიორგი VIIIჩიხორის ბრძოლაში (ახლანდელი ჩხარის ჩრდილო-აღმოსავლეთით) დაამარცხა ბაგრატ ბაგრატიონმა, რომელმაც თავი იმერეთის მეფედ გამოაცხადა (შემდეგში ქართლ-იმერეთის მეფე ბაგრატ VI). 1465 სამცხე-საათაბაგოს მთავარმა ყვარყვარე II-მ გიორგი VIII ტყვედ ჩაიგდო. ამით ისარგებლა ბაგრატმა, რომელმაც 1466 ქართლი დაიჭირა და თავი მეფეთა მეფედ გამოაცხადა. ტყვეობიდან განთავისუფლებულმა გიორგი VIII-მ ვერ შეძლო ტახტის დაბრუნება, კახეთში გადავიდა და საფუძველი ჩაუყარა კახეთის სამეფოს დამოუკიდებელ არსებობას. ქართლისა და იმერეთის მეფე გახდა ბაგრატ VI (1466–1478) ქართლ-იმერეთის სამეფოში შინაფეოდალური ბრძოლები გრძელდებოდა მეფე კონსტანტინე II-ის (1478–1505) დროსაც. 1483 არადეთის ბრძოლაში ყვარყვარე II-მ დაამარცხა კონსტანტინე II, ამით ისარგებლა ბაგრატ VI-ის ძემ ალექსანდრემ და 1484 თავი დასავლეთ საქართველოს მეფედ გამოაცხადა. კონსტანტინე II-ის ცდა, აღედგინა ქართლ-იმერეთის ერთიანობა, 1489 მარცხით დამთავრდა. ასე ჩაეყარა საფუძველი ქართლის სამეფოს დამოუკიდებელ არსებობას.
XV საუკუნის 90-იანი წლების დასაწყისში კონსტანტინე II და ქართლის სამეფოს სხვა პოლიტიკური მოღვაწენი იძულებული გახდნენ შერიგებოდნენ შექმნილ ვითარებას, ზავი დაედოთ კახეთისა და იმერეთის მეფეებთან და ათაბაგთან. სამცხე-საათაბაგო თუმცა ქართლის სამეფოს შემადგენლობაში შედიოდა, მაგრამ ფაქტობრივად სამთავრო იყო. სამეფო სამთავროებს შორის ბრძოლა გრძელდებოდა. 1513 წელს ქართლის სამეფომ კახეთის სამეფო დაიპყრო,მაგრამ ქართლ-კახეთის გაერთიანებულმა სამეფომ მხოლოდ 1513–1520 წლებამდე იარსება. მას ბოლო მოუღო სპარსეთის და ოსმალეთის აგრესიამ. 1518 წელს ქართლის სამეფო იძულებული გახდა მიეღო სპარსეთის იმპერიის ვასალობა. 1520 წელს კახეთის დამოუკიდებელი სამეფო კვლავ აღდგა. სამეფო-სამთავროთა გაერთიანებისათვის ბრძოლის მარცხი იმითაც იყო გაპირობებული, რომ სხვა სამეფოები ქართლის სამეფოს პირველობას არ უთმობდნენ. ქართლის სამეფო ცდილობდა თავი დაეღწია სპარსეთის ვასალობისაგან. ამის გამო 1522 წელს ქართლს ყიზილბაშთა ლაშქარი შემოესია. დამპყრობლებმა თელეთის ბრძოლის შემდეგ დაიკავეს ქალაქი თბილისი. 1524 წელს ირანში შინაური ბრძოლის გამწვავების პირობებში ქართლის სამეფომ თბილისი დაიბრუნა და, როგორც ჩანს, ვასალობისაგან განთავისუფლდა. ამ დროიდან 16 წლის განმავლობაში ქართლის სამეფო ფაქტობრივად სუვერენული სახელმწიფო იყო. 1541–1554 წლებში ირანის შაჰი თამაზ I ოთხჯერ შემოესია ქართლს. თბილისი აიღო და ქალაქში ყიზილბაშთა გარნიზონი ჩააყენა. ქართლის მეფემ ლუარსაბ I-მა (1527–1556) პარტიზანული ბრძოლა გააჩაღა. 1547 წლის იანვარში შაჰი მეორედ შეესია ქართლს, მოარბია ჯავახეთი, რომელიც ქართლის სამეფოს შემადგენლობაში შედიოდა და ათაბაგ ქაიხოსრო II-ს დაუმორჩილა, მაგრამ ქართლი ბრძოლას განაგრძობდა. ლუარსაბმა კვლავ დაიბრუნა ჯავახეთი.
XVII საუკუნის 30-იანი წლებიდან ქართლის სამეფოს მართავდნენ სპარსეთის შაჰის მიერ დანიშნული ხანები. 1735-1744 წლებში დამყარებული იყო პირდაპირი სპარსული მმართველობა ყიზილბაშობის სახით. ყიზილბაშობას ბოლო მოუღო ქართლის აჯანყებამ, რომელიც ერთდროულად იყო ქართული სამეფოების შიდაომი და ოსმალეთისა და სპარსეთის იმპერიების ბრძოლა ქართლის დასაუფლებლად. აჯანყება დამარცხდა, მაგრამ ნადირ-შაჰი იძულებული გახდა ავტონომია მიეცა ქართლის სამეფოსთვის. დიდი ხნის შემდეგ ქრისტიანულად ხელდასმული მეფე გახდა თეიმურაზ II, რომელიც 1744 წელს სვეტიცხოველში ეკურთხა ქართლის მეფედ. ამავდროულად კახეთის სამეფოს ტახტი დაიკავა თეიმურაზის შვილმა ერეკლე II-მ. თეიმურაზისა და ერეკლეს პოლიტიკის და სამხედრო კამპანიების შედეგად ქართლის სამეფოს გავლენის ქვეშ მოექცნენ ყაზახის მხარე, ერევნის, განჯისა და ნახიჩევანის სახანოები, უშუალოდ სამეფოს საზღვრებში მოექცა შამშადილი. ქართლისა და კახეთის სამეფოს გაერთიანებულმა ძალებმა 1752 წელს ყირხბულახის ბრძოლაში დაამარცხეს პუშტუნების სამხედრო ლიდერი აზატ-ხანი და განამტკიცეს ჰეგემონია კავკასიაში.