1968. gadā publicēja darbu Political Order in Changing Societies, kurā oponēja modernizācijas teorētiķu uzskatiem, ka ekonomiskais un sociālais progress noteikti novedīs pie demokrātijas nodibināšanās dekolonizētajās valstīs. Tajā pašā gadā Hantingtons bija prezidenta Lindona Džonsona padomdevējs un publiski aizstāvēja Dienvidvjetnamas lauku rajonu bombardēšanu Vjetnamas kara laikā. 1977. un 1978. gadā Hantingtons bija ASV Nacionālās Drošības padomes koordinators.
Pēdējais Hantingtona darbs ir 2004. gadā izdotais Who Are We? The Challenges to America's National Identity, kurā proponēts, ka imigrācija ASV, sevišķi no Latīņamerikas, apdraud ASV nacionālo identitāti.
Hantingtons ir divreiz izvirzīts ievēlēšanai ASV Zinātņu akadēmijā, tomēr abas reizes tika nobalsots pret, lielā mērā pateicoties matemātiķa Serža Langa pārmetumiem par matemātikas metožu nekorektu izmantošanu Hantingtona darbos.