Negredo speelde als jeugvoetballer bij Rayo Vallecano. In het seizoen 2004/2005 debuteerde hij in het eerste elftal van de Madrileense club, dat destijds in de Segunda División B speelde. In 2005 ging Negredo bij Real Madrid Castilla spelen, waarmee hij twee seizoenen uitkwam in de Segunda División A. De aanvaller vertrok in 2007 naar UD Almería. In zijn eerste seizoen behaalde Negredo met zijn team een verrassende achtste plaats in de eindstand van de Primera División. In 2009 haalde Real Madrid hem voor vijf miljoen euro terug, om Negredo vervolgens voor 15 miljoen euro te verkopen aan Sevilla FC. Hij tekende in 2011 een contract tot 2016, met een gelimiteerde afkoopsom van 50 miljoen euro. Op 1 juni 2013 scoorde hij op de laatste speeldag van het seizoen vier doelpunten tegen Valencia CF (4-3). Door het verlies liep Valencia CF de vierde plaats en dus kwalificatie voor de voorrondes voor de Champions League mis.
Negredo tekende in 2013 een vierjarig contract bij Manchester City, dat circa €20.750.000,- voor hem betaalde aan Sevilla FC, met nog €5.300.000,- in het vooruitzicht aan eventuele bonussen.[1] Hij speelde er één seizoen en werd in zijn tweede contractjaar verhuurd aan Valencia CF. Dat lichtte na afloop daarvan een koopoptie in zijn contract en nam hem voor €30.000.000,- definitief over.[2]