Weidenfeller debuteerde in het profvoetbal in 2000 bij 1. FC Kaiserslautern. Daarvoor speelde hij zes wedstrijden. In 2002 verkaste hij transfervrij naar Borussia Dortmund. Weidenfeller was daar in eerste instantie tweede keeper achter Jens Lehmann. Toen die in 2003 vertrok naar Arsenal FC werd hij eerste keus. In de tweede helft van het seizoen 2007/08 miste Weidenfeller een deel van de competitie door een operatie aan zijn schouder. Nadat hij daarvan herstelde, liep hij tijdens een training een scheurtje op in de binnenband van zijn linkerknie.[1][2] In 2008 hield Weidenfeller zijn doel 498 minuten achter elkaar schoon. Johan van den Bergh beëindigde zijn reeks op vrijdag 12 december2008 in de thuiswedstrijd tegen Borussia Mönchengladbach. Hij kwam uiteindelijk tot 349 competitiewedstrijden, 29 bekerwedstrijden en 69 Europese wedstrijden voor Borussia Dortmund in 16 seizoenen bij de club.[3]