Гистондеацетилаза 3

Материал из Википедии — свободной энциклопедии
Перейти к навигации Перейти к поиску
Гистондеацетилаза 3
Доступные структуры
PDBПоиск ортологов: PDBe RCSB
Список идентификаторов PDB

4A69

Идентификаторы
ПсевдонимыHDAC3, HD3, RPD3, RPD3-2, histone deacetylase 3
Внешние IDOMIM: 605166 MGI: 1343091 HomoloGene: 48250 GeneCards: HDAC3
Расположение гена (человек)
5-я хромосома человека
Хр.5-я хромосома человека[1]
5-я хромосома человека
Расположение в геноме HDAC3
Расположение в геноме HDAC3
Локусн/дНачало141,620,876 bp[1]
Конец141,636,870 bp[1]
Расположение гена (Мышь)
18-я хромосома мыши
Хр.18-я хромосома мыши[2]
18-я хромосома мыши
Расположение в геноме HDAC3
Расположение в геноме HDAC3
Локус18 19.81 cM|18 B3Начало38,068,897 bp[2]
Конец38,088,069 bp[2]
Паттерн экспрессии РНК
Bgee
ЧеловекМышь (ортолог)
Наибольшая экспрессия в
Наибольшая экспрессия в
Дополнительные справочные данные
BioGPS
Дополнительные справочные данные
Генная онтология
Молекулярная функция
Компонент клетки
Биологический процесс
Источники: Amigo, QuickGO
Ортологи
ВидЧеловекМышь
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_003883

NM_010411

RefSeq (белок)

NP_003874
NP_001341968
NP_001341969
NP_001341970

NP_034541

Локус (UCSC)Chr 5: 141.62 – 141.64 MbChr 18: 38.07 – 38.09 Mb
Поиск по PubMedИскать[3]Искать[4]
Логотип Викиданных Информация в Викиданных
Смотреть (человек)Смотреть (мышь)

Гистондеацетилаза 3 (англ. Histone deacetylase 3) — фермент, кодируемый у человека геном HDAC3 [5][6].

Гистоны играют важнейшую роль в регуляции транскрипции, клеточного цикла и процессов развития. Ацетилирование/деацетилирование гистонов изменяет структуру хромосом и влияет на доступ факторов транскрипции к ДНК. Белок, кодируемый этим геном принадлежит семейству гистондезацетилаз/acuc/APHA. Он имеет функциональность гистондеацетилазы и подавляет транскрипцию, когда связан с промотором. Он может участвовать в регуляции транскрипции путём связывание с фактором транскрипции цинковый палец YY1 . Этот белок также может негативно регулировать функцию p53 и, таким образом, модулировать рост клеток и апоптоз. Этот ген рассматривается в качестве потенциального гена-супрессора опухоли[7].

Этот фермент участвует в координации синантропного бактериально-зависимого кишечного гомеостаза при экспрессии в эпителиальных клетках кишечника.

Альтернативные функции

[править | править код]

Гистондезацетилазы могут регулировать с помощью эндогенных факторов, биологически активных компонентов, синтетических ингибиторов и бактериально полученных сигналов. Исследования на мышах с определённой делецтией HDAC3 в эпителиальных клетках кишечника[англ.] (IEC) показали экспрессию гена дерегулированных IEC. В этих делециях мутантных мышей, наблюдались потеря клеток Панета, нарушение функции IEC и изменения в составе кишечных комменсальных бактерий. Тот факт что эти негативные эффекты не наблюдались у стерильных мышей, указывает на то, что эффекты делеции видны только в присутствии кишечной микробной колонизации. Но негативные последствия делеций HDAC3 происходят не из-за наличия изменённого микробиоценоза, потому что колонии нормальных стерильных мышей с изменённой микрофлорой не показали негативных эффектов, наблюдаемых у делеционных мутантов.

Хотя точный механизм и специфика сигналов не вполне понятны, ясно что HDAC3 взаимодействует с полученными сигналами синантропных бактерий кишечной микрофлоры. Эти взаимодействия ответственны за калибровки откликов эпителиальных клеток в плане необходимости установки нормальных отношений между хостовыми и синантропными клетками, а также для поддержания кишечного гомеостаза[8][9][10][11].

Модельные организмы

[править | править код]

Модельные организмы были использованы при исследовании функций HDAC3. Условная линия нокаутных мышей, называемая Hdac3tm1a(EUCOMM)Wtsi [12][13] была создана в рамках программы международного Консорциума нокаутных мышей[англ.], проектом мутагенеза с высокой пропускной способностью генерирации и распространения животных моделей болезней заинтересованным ученым[14][15][16].

Мужские и женские особи проходили стандартизированный фенотипический скриннинг для определения последствий делеции[17][18].

Двадцать шесть тестов проводились на мутантных мышах и наблюдались два существенных нарушения[17]. Не было гомозиготных мутантных эмбрионов определено во время беременности, и в отдельных исследованиях ни доживали до конца лактации. Остальные тесты были проведены на гетерозиготных мутантных взрослых мышах; никаких существенных отклонений не наблюдались у этих животных[17].

Взаимодействия

[править | править код]

HDAC3, как было выявлено, взаимодействует с:

Примечания

[править | править код]
  1. 1 2 3 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000171720 - Ensembl, May 2017
  2. 1 2 3 GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000024454 - Ensembl, May 2017
  3. Ссылка на публикацию человека на PubMed: Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. Ссылка на публикацию мыши на PubMed: Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. Emiliani S., Fischle W., Van Lint C., Al-Abed Y., Verdin E. Characterization of a human RPD3 ortholog, HDAC3 (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1998. — April (vol. 95, no. 6). — P. 2795—2800. — doi:10.1073/pnas.95.6.2795. — PMID 9501169. — PMC 19648.
  6. Dangond F., Hafler D.A., Tong J.K., Randall J., Kojima R., Utku N., Gullans S.R. Differential display cloning of a novel human histone deacetylase (HDAC3) cDNA from PHA-activated immune cells (англ.) // Biochem Biophys Res Commun[англ.] : journal. — 1998. — March (vol. 242, no. 3). — P. 648—652. — doi:10.1006/bbrc.1997.8033. — PMID 9464271.
  7. Entrez Gene: HDAC3 histone deacetylase 3.
  8. Donohoe D.R., Bultman S.J. Metaboloepigenetics: interrelationships between energy metabolism and epigenetic control of gene expression (англ.) // J. Cell. Physiol.[англ.] : journal. — 2012. — Vol. 227, no. 9. — P. 3169—3177. — doi:10.1002/jcp.24054. — PMID 22261928. — PMC 3338882.
  9. Haberland M., Montgomery R.L., Olson E.N. The many roles of histone deacetylases in development and physiology: implications for disease and therapy (англ.) // Nat. Rev. Genet. : journal. — 2009. — Vol. 10, no. 1. — P. 32—42. — doi:10.1038/nrg2485. — PMID 19065135. — PMC 3215088.
  10. Kim G.W., Gocevski G., Wu C.J., Yang X.J. Dietary, metabolic, and potentially environmental modulation of the lysine acetylation machinery (англ.) // Int J Cell Biol : journal. — 2010. — Vol. 2010. — P. 632739. — doi:10.1155/2010/632739. — PMID 20976254. — PMC 2952894.
  11. Dashwood R.H., Ho E. Dietary histone deacetylase inhibitors: from cells to mice to man (англ.) // Semin. Cancer Biol. : journal. — 2007. — Vol. 17, no. 5. — P. 363—369. — doi:10.1016/j.semcancer.2007.04.001. — PMID 17555985. — PMC 2737738.
  12. International Knockout Mouse Consortium. Дата обращения: 25 мая 2015. Архивировано из оригинала 20 марта 2012 года.
  13. Mouse Genome Informatics. Дата обращения: 25 мая 2015. Архивировано 24 сентября 2015 года.
  14. Skarnes W.C., Rosen B., West A.P., Koutsourakis M., Bushell W., Iyer V., Mujica A.O., Thomas M., Harrow J., Cox T., Jackson D., Severin J., Biggs P., Fu J., Nefedov M., de Jong P.J., Stewart A.F., Bradley A. A conditional knockout resource for the genome-wide study of mouse gene function (англ.) // Nature : journal. — 2011. — Vol. 474, no. 7351. — P. 337—342. — doi:10.1038/nature10163. — PMID 21677750. — PMC 3572410.
  15. Dolgin E. Mouse library set to be knockout (англ.) // Nature. — 2011. — June (vol. 474, no. 7351). — P. 262—263. — doi:10.1038/474262a. — PMID 21677718.
  16. Collins F.S., Rossant J., Wurst W. A mouse for all reasons (англ.) // Cell. — Cell Press, 2007. — January (vol. 128, no. 1). — P. 9—13. — doi:10.1016/j.cell.2006.12.018. — PMID 17218247.
  17. 1 2 3 Gerdin A.K. The Sanger Mouse Genetics Programme: High throughput characterisation of knockout mice (англ.) // Acta Ophthalmologica[англ.] : journal. — 2010. — Vol. 88, no. S248. — doi:10.1111/j.1755-3768.2010.4142.x.
  18. van der Weyden L., White J.K., Adams D.J., Logan D.W. The mouse genetics toolkit: revealing function and mechanism. (англ.) // Genome Biol[англ.] : journal. — 2011. — Vol. 12, no. 6. — P. 224. — doi:10.1186/gb-2011-12-6-224. — PMID 21722353. — PMC 3218837.
  19. Hoogeveen A.T., Rossetti S., Stoyanova V., Schonkeren J., Fenaroli A., Schiaffonati L., van Unen L., Sacchi N. The transcriptional corepressor MTG16a contains a novel nucleolar targeting sequence deranged in t (16; 21)-positive myeloid malignancies (англ.) // Oncogene : journal. — 2002. — September (vol. 21, no. 43). — P. 6703—6712. — doi:10.1038/sj.onc.1205882. — PMID 12242670.
  20. Amann J.M., Nip J., Strom D.K., Lutterbach B., Harada H., Lenny N., Downing J.R., Meyers S., Hiebert S.W. ETO, a target of t(8;21) in acute leukemia, makes distinct contacts with multiple histone deacetylases and binds mSin3A through its oligomerization domain (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — 2001. — October (vol. 21, no. 19). — P. 6470—6483. — doi:10.1128/MCB.21.19.6470-6483.2001. — PMID 11533236. — PMC 99794.
  21. Petre-Draviam C.E., Williams E.B., Burd C.J., Gladden A., Moghadam H., Meller J., Diehl J.A., Knudsen K.E. A central domain of cyclin D1 mediates nuclear receptor corepressor activity (англ.) // Oncogene : journal. — 2005. — January (vol. 24, no. 3). — P. 431—444. — doi:10.1038/sj.onc.1208200. — PMID 15558026.
  22. Lin H.M., Zhao L., Cheng S.Y. Cyclin D1 Is a Ligand-independent Co-repressor for Thyroid Hormone Receptors (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2002. — August (vol. 277, no. 32). — P. 28733—28741. — doi:10.1074/jbc.M203380200. — PMID 12048199.
  23. Watamoto K., Towatari M., Ozawa Y., Miyata Y., Okamoto M., Abe A., Naoe T., Saito H. Altered interaction of HDAC5 with GATA-1 during MEL cell differentiation (англ.) // Oncogene : journal. — 2003. — December (vol. 22, no. 57). — P. 9176—9184. — doi:10.1038/sj.onc.1206902. — PMID 14668799.
  24. Ozawa Y., Towatari M., Tsuzuki S., Hayakawa F., Maeda T., Miyata Y., Tanimoto M., Saito H. Histone deacetylase 3 associates with and represses the transcription factor GATA-2 (англ.) // Blood : journal. — American Society of Hematology[англ.], 2001. — October (vol. 98, no. 7). — P. 2116—2123. — doi:10.1182/blood.V98.7.2116. — PMID 11567998.
  25. 1 2 3 4 Zhang J., Kalkum M., Chait B.T., Roeder R.G. The N-CoR-HDAC3 nuclear receptor corepressor complex inhibits the JNK pathway through the integral subunit GPS2 (англ.) // Mol. Cell[англ.] : journal. — 2002. — March (vol. 9, no. 3). — P. 611—623. — doi:10.1016/S1097-2765(02)00468-9. — PMID 11931768.
  26. Wen Y.D., Cress W.D., Roy A.L., Seto E. Histone deacetylase 3 binds to and regulates the multifunctional transcription factor TFII-I (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2003. — January (vol. 278, no. 3). — P. 1841—1847. — doi:10.1074/jbc.M206528200. — PMID 12393887.
  27. Tussié-Luna M.I., Bayarsaihan D., Seto E., Ruddle F.H., Roy A.L. Physical and functional interactions of histone deacetylase 3 with TFII-I family proteins and PIASxbeta (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2002. — October (vol. 99, no. 20). — P. 12807—12812. — doi:10.1073/pnas.192464499. — PMID 12239342. — PMC 130541.
  28. 1 2 3 Fischle W., Dequiedt F., Fillion M., Hendzel M.J., Voelter W., Verdin E. Human HDAC7 histone deacetylase activity is associated with HDAC3 in vivo (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2001. — September (vol. 276, no. 38). — P. 35826—35835. — doi:10.1074/jbc.M104935200. — PMID 11466315.
  29. 1 2 Grozinger C.M., Hassig C.A., Schreiber S.L. Three proteins define a class of human histone deacetylases related to yeast Hda1p (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1999. — April (vol. 96, no. 9). — P. 4868—4873. — doi:10.1073/pnas.96.9.4868. — PMID 10220385. — PMC 21783.
  30. 1 2 3 4 Fischle W., Dequiedt F., Hendzel M.J., Guenther M.G., Lazar M.A., Voelter W., Verdin E. Enzymatic activity associated with class II HDACs is dependent on a multiprotein complex containing HDAC3 and SMRT/N-CoR (англ.) // Mol. Cell[англ.] : journal. — 2002. — January (vol. 9, no. 1). — P. 45—57. — doi:10.1016/S1097-2765(01)00429-4. — PMID 11804585.
  31. 1 2 Grozinger C.M., Schreiber S.L. Regulation of histone deacetylase 4 and 5 and transcriptional activity by 14-3-3-dependent cellular localization (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2000. — July (vol. 97, no. 14). — P. 7835—7840. — doi:10.1073/pnas.140199597. — PMID 10869435. — PMC 16631.
  32. Petrie K., Guidez F., Howell L., Healy L., Waxman S., Greaves M., Zelent A. The histone deacetylase 9 gene encodes multiple protein isoforms (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2003. — May (vol. 278, no. 18). — P. 16059—16072. — doi:10.1074/jbc.M212935200. — PMID 12590135.
  33. Zhou X., Richon V.M., Rifkind R.A., Marks P.A. Identification of a transcriptional repressor related to the noncatalytic domain of histone deacetylases 4 and 5 (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2000. — February (vol. 97, no. 3). — P. 1056—1061. — doi:10.1073/pnas.97.3.1056. — PMID 10655483. — PMC 15519.
  34. Baek S.H., Ohgi K.A., Rose D.W., Koo E.H., Glass C.K., Rosenfeld M.G. Exchange of N-CoR corepressor and Tip60 coactivator complexes links gene expression by NF-kappaB and beta-amyloid precursor protein (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 2002. — July (vol. 110, no. 1). — P. 55—67. — doi:10.1016/S0092-8674(02)00809-7. — PMID 12150997.
  35. Mahlknecht U., Will J., Varin A., Hoelzer D., Herbein G. Histone deacetylase 3, a class I histone deacetylase, suppresses MAPK11-mediated activating transcription factor-2 activation and represses TNF gene expression (англ.) // J. Immunol.[англ.] : journal. — 2004. — September (vol. 173, no. 6). — P. 3979—3990. — doi:10.4049/jimmunol.173.6.3979. — PMID 15356147.
  36. 1 2 3 Yoon H.G., Chan D.W., Reynolds A.B., Qin J., Wong J. N-CoR mediates DNA methylation-dependent repression through a methyl CpG binding protein Kaiso (англ.) // Mol. Cell[англ.] : journal. — 2003. — September (vol. 12, no. 3). — P. 723—734. — doi:10.1016/j.molcel.2003.08.008. — PMID 14527417.
  37. 1 2 Yoon H.G., Chan D.W., Huang Z.Q., Li J., Fondell J.D., Qin J., Wong J. Purification and functional characterization of the human N-CoR complex: the roles of HDAC3, TBL1 and TBLR1 (англ.) // EMBO J. : journal. — 2003. — March (vol. 22, no. 6). — P. 1336—1346. — doi:10.1093/emboj/cdg120. — PMID 12628926. — PMC 151047.
  38. 1 2 Li J., Wang J., Wang J., Nawaz Z., Liu J.M., Qin J., Wong J. Both corepressor proteins SMRT and N-CoR exist in large protein complexes containing HDAC3 (англ.) // EMBO J. : journal. — 2000. — August (vol. 19, no. 16). — P. 4342—4350. — doi:10.1093/emboj/19.16.4342. — PMID 10944117. — PMC 302030.
  39. 1 2 Underhill C., Qutob M.S., Yee S.P., Torchia J. A novel nuclear receptor corepressor complex, N-CoR, contains components of the mammalian SWI/SNF complex and the corepressor KAP-1 (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2000. — December (vol. 275, no. 51). — P. 40463—40470. — doi:10.1074/jbc.M007864200. — PMID 11013263.
  40. 1 2 Guenther M.G., Lane W.S., Fischle W., Verdin E., Lazar M.A., Shiekhattar R. A core SMRT corepressor complex containing HDAC3 and TBL1, a WD40-repeat protein linked to deafness (англ.) // Genes Dev. : journal. — 2000. — May (vol. 14, no. 9). — P. 1048—1057. — PMID 10809664. — PMC 316569.
  41. 1 2 Guenther M.G., Yu J., Kao G.D., Yen T.J., Lazar M.A. Assembly of the SMRT-histone deacetylase 3 repression complex requires the TCP-1 ring complex (англ.) // Genes Dev. : journal. — 2002. — December (vol. 16, no. 24). — P. 3130—3135. — doi:10.1101/gad.1037502. — PMID 12502735. — PMC 187500.
  42. 1 2 Franco P.J., Li G., Wei L.N. Interaction of nuclear receptor zinc finger DNA binding domains with histone deacetylase (англ.) // Mol. Cell. Endocrinol.[англ.] : journal. — 2003. — August (vol. 206, no. 1—2). — P. 1—12. — doi:10.1016/S0303-7207(03)00254-5. — PMID 12943985.
  43. Shi Y., Hon M., Evans R.M. The peroxisome proliferator-activated receptor delta, an integrator of transcriptional repression and nuclear receptor signaling (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2002. — March (vol. 99, no. 5). — P. 2613—2618. — doi:10.1073/pnas.052707099. — PMID 11867749. — PMC 122396.
  44. Wu W.S., Vallian S., Seto E., Yang W.M., Edmondson D., Roth S., Chang K.S. The growth suppressor PML represses transcription by functionally and physically interacting with histone deacetylases (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — 2001. — April (vol. 21, no. 7). — P. 2259—2268. — doi:10.1128/MCB.21.7.2259-2268.2001. — PMID 11259576. — PMC 86860.
  45. Nicolas E., Ait-Si-Ali S., Trouche D. The histone deacetylase HDAC3 targets RbAp48 to the retinoblastoma protein (англ.) // Nucleic Acids Res. : journal. — 2001. — August (vol. 29, no. 15). — P. 3131—3136. — doi:10.1093/nar/29.15.3131. — PMID 11470869. — PMC 55834.
  46. Fischle W., Verdin E., Greene W.C. Duration of nuclear NF-kappaB action regulated by reversible acetylation (англ.) // Science : journal. — 2001. — August (vol. 293, no. 5535). — P. 1653—1657. — doi:10.1126/science.1062374. — PMID 11533489.
  47. Fajas L., Egler V., Reiter R., Hansen J., Kristiansen K., Debril M.B., Miard S., Auwerx J. The retinoblastoma-histone deacetylase 3 complex inhibits PPARgamma and adipocyte differentiation (англ.) // Dev. Cell[англ.] : journal. — 2002. — December (vol. 3, no. 6). — P. 903—910. — doi:10.1016/S1534-5807(02)00360-X. — PMID 12479814.
  48. Lai A., Lee J.M., Yang W.M., DeCaprio J.A., Kaelin W.G., Seto E., Branton P.E. RBP1 recruits both histone deacetylase-dependent and -independent repression activities to retinoblastoma family proteins (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — 1999. — October (vol. 19, no. 10). — P. 6632—6641. — PMID 10490602. — PMC 84642.
  49. Schroeder T.M., Kahler R.A., Li X., Westendorf J.J. Histone deacetylase 3 interacts with runx2 to repress the osteocalcin promoter and regulate osteoblast differentiation (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2004. — October (vol. 279, no. 40). — P. 41998—42007. — doi:10.1074/jbc.M403702200. — PMID 15292260.
  50. Vaute O., Nicolas E., Vandel L., Trouche D. Functional and physical interaction between the histone methyl transferase Suv39H1 and histone deacetylases (англ.) // Nucleic Acids Res. : journal. — 2002. — January (vol. 30, no. 2). — P. 475—481. — doi:10.1093/nar/30.2.475. — PMID 11788710. — PMC 99834.
  51. Li G., Franco P.J., Wei L.N. Identification of histone deacetylase-3 domains that interact with the orphan nuclear receptor TR2 (англ.) // Biochem. Biophys. Res. Commun.[англ.] : journal. — 2003. — October (vol. 310, no. 2). — P. 384—390. — doi:10.1016/j.bbrc.2003.08.145. — PMID 14521922.
  52. Franco P.J., Farooqui M., Seto E., Wei L.N. The orphan nuclear receptor TR2 interacts directly with both class I and class II histone deacetylases (англ.) // Mol. Endocrinol.[англ.] : journal. — 2001. — August (vol. 15, no. 8). — P. 1318—1328. — doi:10.1210/mend.15.8.0682. — PMID 11463856.
  53. Tan F., Lu L., Cai Y., Wang J., Xie Y., Wang L., Gong Y., Xu B.E., Wu J., Luo Y., Qiang B., Yuan J., Sun X., Peng X. Proteomic analysis of ubiquitinated proteins in normal hepatocyte cell line Chang liver cells (англ.) // Proteomics : journal. — 2008. — July (vol. 8, no. 14). — P. 2885—2896. — doi:10.1002/pmic.200700887. — PMID 18655026.
  54. Yang W.M., Yao Y.L., Sun J.M., Davie J.R., Seto E. Isolation and characterization of cDNAs corresponding to an additional member of the human histone deacetylase gene family (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 1997. — October (vol. 272, no. 44). — P. 28001—28007. — doi:10.1074/jbc.272.44.28001. — PMID 9346952.
  55. Yao Y.L., Yang W.M., Seto E. Regulation of transcription factor YY1 by acetylation and deacetylation (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — 2001. — September (vol. 21, no. 17). — P. 5979—5991. — doi:10.1128/MCB.21.17.5979-5991.2001. — PMID 11486036. — PMC 87316.

Литература

[править | править код]