署及其他附屬機構 |
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| 行政院衛生署署長 | 楊志良（2009年8月6日 – 2011年2月9日） → 邱文達（2011年2月9日 – 2013年7月22日） |
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| 行政院環境保護署署長 | 沈世宏（2008年5月20日 –2014年3月2日 ） |
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| 行政院海岸巡防署署長 | 王進旺（2008年5月20日 –2014年12月7日 ） |
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| 行政院經濟建設委員會主任委員 | 蔡勳雄（2009年9月10日 – 2010年5月20日） → 劉憶如（2010年5月20日 – 2012年2月6日） |
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| 行政院大陸委員會主任委員 | 賴幸媛（2008年5月20日 – 2012年9月28日） |
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| 行政院國軍退除役官兵輔導委員會主任委員 | 曾金陵（2009年9月10日 – 2013年7月31日） |
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| 行政院青年輔導委員會主任委員 | 王昱婷（2008年5月20日 – 2011年2月9日） → 李允傑（2011年2月9日 – 2012年2月6日） |
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| 行政院原子能委員會主任委員 | 蔡春鴻（2008年5月20日 – 2016年1月31日） |
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| 行政院國家科學委員會主任委員 | 李羅權（2008年5月20日 – 2012年2月6日） |
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| 行政院研究發展考核委員會主任委員 | 宋餘俠（2009年9月10日 – 2009年9月29日，副主委代理） → 朱景鵬（2009年9月30日 – 2012年7月10日） |
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| 行政院農業委員會主任委員 | 陳武雄（2008年5月20日 – 2012年2月6日） |
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| 行政院文化建設委員會主任委員 | 黃碧端（2008年5月20日 – 2009年11月16日） → 盛治仁（2009年11月16日 – 2011年11月28日﹞ → 曾志朗（2011年11月28日 –2012年2月6日） |
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| 行政院勞工委員會主任委員 | 王如玄（2008年5月20日 – 2012年9月30日） |
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| 行政院體育委員會主任委員 | 戴遐齡（2008年5月20日 – 2012年12月31日） |
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| 行政院客家委員會主任委員 | 黃玉振（2008年5月20日 –2014年7月7日 ） |
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| 行政院原住民族委員會主任委員 | 孫大川（2009年9月10日 – 2013年7月31日） |
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| 行政院金融監督管理委員會主任委員 | 陳冲（2008年11月28日 – 2010年5月17日）｜ 陳裕璋（2010年5月17日 – 2013年7月31日） |
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