각국 축구 협회는 2개 클럽이 출전할 수 있지만, AFC 챔피언스리그 출전권(플레이오프 포함)을 갖고 있는 축구 협회는 1개 클럽만 출전할 수 있다.
각국 리그 우승 클럽은 조별 리그 자동 출전권을 획득한다.
각국 컵 대회 우승 클럽 또는 리그 준우승 클럽은 AFC 출전 규정에 의한 자동 출전권 또는 플레이오프 출전권을 획득한다.
2013년 대회부터 지난 대회 AFC컵 결승전 출전 클럽에 주어지던 AFC 챔피언스리그 플레이오프 출전 자격을 얻은 클럽이 AFC 챔피언스리그 출전 규정을 채우지 못할 경우 국내 리그, 국내 컵 경기 성적에 의한 다음 연도의 AFC컵 출전 자격을 얻지 않는 한 이듬해 AFC컵에 출전하지 못한다.
금년도에는 타지키스탄이 새로 참가하기 때문에 인도와 몰디브의 클럽은 동아시아 지역에 편성되며 동아시아와 서아시아 양쪽 모두 4개 조로 구성된다.
조별 예선 추첨은 2012년 12월 6일에 진행되었다. 같은 협회에 속해 있는 클럽은 서로 같은 조에 편성되지 않는다. 조별 예선은 32개 팀을 8개 조로 나누어 홈 앤 어웨이 방식으로 진행되며 각 조의 1, 2위 팀이 16강전에 진출한다.진행되며 각 조의 1, 2위 팀이 16강전에 진출한다.
8강전 이후의 대진 추첨(홈 개최 팀도 함께 결정함)은 2013년6월 20일에 진행된다. 이 추첨에서는 서로 다른 지역의 팀끼리 대결하는 것이 가능해진다. 또한 같은 협회에 속해 있는 2개 팀은 8강전에서 서로 대결하지 않는다. 1차전은 2013년9월 17일, 2차전은 9월 24일에 열렸다.