Pēc franku karaļvalsts sabrukuma 1003. gadā un līdz 1416. gadam šī teritorija pastāvēja kā Savojas grāfiste (La Maison de Savoie), bet no 1416. gada līdz 1714. gadam — kā Savojas hercogiste, kad tā tika pievienota Sardīnijas Karalistei. Napoleona III valdīšanas laikā 1860. gadā Savoja tika iekļauta Francijas sastāvā.
Savoja atrodas ģeogrāfiski nozīmīgā vietā. Šajā reģionā krustojas daudzi Eiropas kontinenta ceļi, tas izvietojies Alpu rietumu grēdā. Viduslaiku politiski teritoriālajā struktūrā Savoja atradās starp Francijas karalisti un Lombardijas līdzenumiem dienvidos no Alpiem. Tas arī izskaidro vairākkārtējās Savojas politiskās pakļautības izmaiņas.
Mūsdienās Savojas iedzīvotāju vidū vērojamas zināmas separātisma tendences. Daļa šī reģiona iedzīvotāju iestājas par lielāku Savojas autonomiju Francijas sastāvā.