Na passages bij SC Verl, VfB Lübeck en Alemannia Aachen werd hij op 7 september 2006 aangesteld als coach van Hannover 96. Op 19 augustus 2009 nam hij er zelf ontslag nadat de club extreem slecht aan het seizoen begonnen was. Vier maanden later werd Hecking coach van 1. FC Nürnberg. In december 2012 verliet hij de club en ging hij aan de slag bij VfL Wolfsburg. Tijdens het seizoen 2014/15 bracht hij die Wölfe naar de tweede plaats, achter Bayern München. In mei 2015 won hij met VfL Wolfsburg de DFB-Pokal.