La unua skriba dokumento pri ekzisto de vilaĝo Hodonín estas el la jaro 1329 en raportoj de klostro Vilémov, kiun posedis sinjoroj el Lichtenberg. Post husanaj militoj la posedantoj ŝanĝiĝis ĝis en la jaro 1747 ekposedis sinjorejon Nasavrky, al kiu Hodonín apartenis, familiaro de Auersperk, kies ĉefa sidejo estis Slatiňany. Jan Adam de Auersperk posedis ankaŭ la sinjorejojn Seč (pli frue Oheb kaj Bojanov) kaj Žleby. En la jaro 1839 Hodonín estis alligita al Libkov kaj en la jaro 1920 ĝi ree memstariĝis. En la jaro 1964 ĝi kreis komunumon kun České Lhotice kaj en la jaro 1990 Hodonín memstariĝis.
Loka nomo Hodonín devenas el persona nomo Hodoně (Hodona, Godona).