Původně kostel kláštera benediktinek, založeného kolem roku 1350. Od husitských válek kostel sloužil německým utrakvistům. Klášter dočasně obnoven před rokem 1499, zanikl 1589. Od té doby farní. Úpravy po požáru 1689 (zejména nová klenba 1694), zajišťovací v souvislosti s asanací okolí (1906–21).
V samém jádru Židovského Města pražského byl roku 1346 založen klášter benediktinek, při jehož východní straně vznikl tento jednolodní gotický chrám. Při jižním průčelí kostela až do r. 1932 stávala také fara. Gotika baroknímu slohu částečně ustoupila po požáru z roku 1689. Zajímavý je hlavní oltář - ten pochází z gotické svatyně, jenž stávala nedaleko. Jednalo se o chrám sv. Kříže, který stával naproti sv. Šimonovi a Judě - v místech dnešního hotelu Interkontinental. Od východu k sv. Duchu přiléhá zajímavá stavba tzv. Španělské synagogy.
Mass, Turyna Petr, 26.1. 2004